舞台は、まだ女性が恋も仕事も自由に選べなかった時代。女学校に通っていた花村紅緒は許婚・伊集院忍少尉と出会い、やがて心の底から惹かれあっていくも、少尉が戦地で消息不明に。
そして「どこかで少尉が生きているのでは」と諦め切れない紅緒の前に、ある日、少尉と瓜二つだが人物・サーシャが現れる。しかし彼は紅緒のことをまったく知らない様子。ショックを受けた紅緒を励ましてくれたのは、彼女が働く出版社の編集長・青江冬星だった。
愛する人と同じ姿のサーシャ、そして過去は忘れて新しい道を歩き始めるべきだと語る冬星。2人の間で紅緒の心は激しく揺れ動く……。

『後編』では、TVアニメシリーズでは描かれなかった、原作のラストパートを初めてアニメーション化。ヒロイン・紅緒役の早見沙織をはじめ宮野真守、櫻井孝宏、梶裕貴、中井和哉ら実力派声優陣、そして2017年公開の『打ち上げ花火、下から見るか横から見るか』で助監督を務めた気鋭演出家・城所聖明らが名を連ね、怒涛のクライマックスに挑む。
愛する少尉との別れを経て、自立した女性へ成長した紅緒を待ち受ける運命とは。少女漫画誌に残る傑作ラブコメの完結を見逃さないで。

また、主題歌は早見沙織が歌う「新しい朝」に決定。『前編』に引き続き、竹内まりやが作詞・作曲を手掛ける。
『劇場版 はいからさんが通る 後編 ~花の東京大ロマン~』は10月19日(金)より全国にて公開予定。
(C)大和和紀・講談社/劇場版「はいからさんが通る」製作委員会