また、『神のみぞ知るセカイ』は音楽でも注目を集めている作品だ。2013年4月には『ハヤテのごとく!』とジョイントコンサートを開催し、多くの来場者で賑わいを見せた。『神のみぞ知るセカイ 女神篇』でもバラエティに富んだ関連CDを送り出していく。 まず、7月31日にはOratorio The World God Only Knowsが歌うオープニングテーマ「God only knows -Secrets of the Goddess-」が発売。8月からはキャラクターCDシリーズが続々登場する。そして、9月11日にはユピテルの姉妹が手掛けるエンディングテーマ「キズナノユクエ」がリリースされる。