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メジャーリーグでも活躍したプロ野球選手を父に持つ主人公・茂野大吾は中学2年生。幼なじみで少年野球時代からのチームメイトである佐倉睦子とともに私立風林中に通う。野球部に所属する大吾と睦子だったが、部員はわずか6名、睦子を含めた4人が女子だ。

部員わずか6人だった風林中の野球部に、強豪少年野球チーム南陽ライオンズ出身の仁科たち5人の新1年生が加わり、上級生の大吾たちは気を引き締めて朝練習のグラウンドへ向かう。

新監督の就任が取り消されたことで、1年生男子4人はシニアリーグに進み、風林中野球部の新戦力は、男子でひとり残された仁科に名門横浜リトル出身のアニータ＆千里を加え、結局3人だけとなった。こうしてギリギリ9人がそろった矢先、2週間後に公式戦が控えていることが判明する。

風林中野球部が県大会の初戦を迎える朝、大吾の父・吾郎は、大リーグ時代のチームメイトでもあり、小学生時代の大吾に野球の基礎を教え込んでくれた盟友・佐藤寿也と電話で語り合っていた。お互い近況を伝え合いながらも、風林中の初戦を気にかける寿也。

新生・風林中野球部の大会初戦の相手は五木（いつき）中学校。五木中のエース、横内はグラウンドに出てきた風林中のメンバーがわずか9人で、女子が6人もいることに驚く。「女子ばかりの相手になぜエースの自分が先発しなければいけないのか」と不満を隠せない横内は、トップバッターの千里と対決する。

地区予選の一回戦、風林中は初回に幸先よく3点を先取したが、五木中の先発・横内が封印していた変化球・スライダーをまじえてきたことで、打線は徐々に抑え込まれていった。風林中の先発・睦子も変化球を丁寧に投げ込み、なんとか五木打線をかわしていく。

風林中の次戦の相手は、大吾たちの小学生時代のチームメイトであった卜部（うらべ）とアンディを擁する清和（せいわ）中学校に決まった。初戦で11もの盗塁を記録し、コールド勝ちした清和中の機動力を目の当たりにした大吾やアニータは、盗塁対策の必要性を痛感する。

盗塁やバントなど脅威の機動力を誇る清和中を封じるため、ピッチャー睦子を中心にランナーへの牽制（けんせい）を入念に準備し、大吾たちは二回戦に臨む。「序盤から清和中が無謀に仕掛けてくることはない」と予測する大吾だったが、清和中のトップバッター森口がいきなり出塁。

地区予選の二回戦。清和中の機動力を警戒するあまり周りが見えなくなっていたキャッチャーのアニータは、ライトの仁科にいくつかのミスをズバリと指摘され、言葉に詰まる。小学生時代に所属していた名門・横浜リトルでも、キャッチャーのポジションをめぐり苦い思い出を抱えていたアニータ。

アニータの一発で同点に追いついた風林中だったが、終盤の6回表、清和中に長打を浴び、勝ち越しを許してしまう。さらにそのクロスプレーでキャッチャーのアニータは手首を負傷。レフトの大吾がマスクをかぶることになる。

地区予選二回戦はついに最終回へ！ 7回表、清和中に追加点を許し、さらにリードを広げられるが、緊急登板した仁科が連続三振を奪い、風林中はなんとかピンチを切り抜ける。そして7回裏、風林中の最後の攻撃は3番の沢から始まる上位打線。だが、4番のアニータは右手首を負傷したばかり…。

大吾の劇的なサヨナラヒットで、旧友の卜部＆アンディを擁する難敵・清和中を破り、地区大会準決勝に駒を進めた風林中。激戦の疲れも引きずったまま、他校の試合を偵察する風林メンバーだったが、太鳳と弥生はそそくさと球場を後にしてしまう…。

前日からの雨が上がりきらないまま、地区大会の準決勝、柳川（やながわ）中学校との対戦をむかえる。連戦のなか、負傷のアニータは6番に下がり、4番大吾、5番仁科とオーダーを組み替えて臨む風林中だが、先発ピッチャーには引き続き睦子が起用される。

関鳥の豪快な満塁ホームランで準決勝を制した風林中は、連戦となる午後からの決勝戦に向けて慌ただしく準備を始める。一方の準決勝である、英邦学院（えいほうがくいん）と大尾（おおび）中学校の対戦の偵察を睦子たちに任せ、決勝で先発する仁科の投球練習に付き合う大吾。

部員9人で勝ち上がってきた風林中と、名門・横浜シニア勢をそろえた大尾中との地区大会決勝がついにプレーボール！ ともに左利きの眉村道塁（みちる）がショート、出光がセカンドという布陣を目の当たりにした大吾は、先発世古、キャッチャー魚住とシニア出身者でセンターラインを固める大尾中の意図に気づく。

眉村道塁ら強力メンバーを擁する大尾中との決勝戦。風林中先発の仁科は序盤から力投を続けるものの、スタミナ切れと守備の乱れで3回裏に5点を失ってしまう。仁科の続投をあきらめ、4回から急きょ風林マウンドを引き継いだのは、センターの千里。

ノーヒットに抑えられていた風林中は、5回表に大尾中の二番手ピッチャー・出光を攻め、千里のタイムリーなどで2点を返す。だが、大尾中はリリーフに眉村道塁を投入、太鳳をショートゴロに打ち取って逃げ切りを図る。

千里のあとを受けて緊急登板した弥生が大尾打線を抑え込むものの、風林中の反撃も封じられ、地区大会決勝は大尾中3点リードのまま最終回に突入する。絶体絶命の7回表、風林中はツーアウトながら、一・三塁の最後のチャンス！

風林中の起死回生の逆転劇、そして、ヒジの故障を乗り越えて力投する弥生に襲いかかる大尾中の強力打線！ 大吾率いる風林中と大尾中との決勝戦は劇的な幕切れを迎える――。そんな激闘を終え、自宅に戻った大吾は気力と体力を使い果たし、消耗しきっていた。

季節は秋を迎えた。夏の大会を終えた風林中野球部は、最上級生だった丹波が引退し、新たなチーム作りを迫られる。とはいえ、残る部員はわずか8人だけ。そのため、週末の練習試合には引退した丹波に助っ人を頼み、どうにかこうにか9人での活動を続けていた。

ふたたび部員不足に見舞われた風林中。大吾は野球経験のある千里の姉・千代に声をかけたものの、あっさりと断られてしまう。推薦入学組のショート・千葉が加わったことで、かろうじて9人目の部員を確保することができたが、アニータや千里は、千代の加入をあきらめてはいなかった。

強豪・辻堂（つじどう）学園中学校との待望の練習試合が実現した風林中は、入院した千葉に代わり、マネージャー志望の千代をスタメンに組み込み、なんとか試合開始を迎える。ところが、女子が7人ということで、初回から10点ものハンデが与えられ、大吾も悔しさを隠せない。

アニータのホームランや、この日がデビューの千代にもヒットが生まれ、強豪の辻堂中を一気に引き離した風林中。しかし、辻堂の二番手に登板した1年生投手・真里男（マリオ）の豪速球と大きく変化する「マリオボール」に追撃を封じられ、練習試合は4回まで進む。

練習試合に臨み、辻堂中を大量リードしていた風林中だったが、本来の主力である辻堂A組メンバーが登場したことで、一気にリードを詰められてしまう。さらに辻堂のキャッチャーとして、大吾や睦子の小学校時代のチームメイトだった坂口光（佐藤光）が姿をあらわし、大吾たちは驚きを隠せない。

風林中野球部は辻堂中に屈辱的な敗戦を喫した。男子との差を突きつけられ、吹っ切れたような弥生や太鳳。リベンジを誓い、より一層練習に打ち込もうとする仁科やアニータ。ピッチャーとしての自信を打ち砕かれた睦子。そして、再会した光にやりこめられ、意気消沈の大吾。