アニメ｜ポケットモンスター アドバンスジェネレーションの動画を全話無料で視聴できる配信サイト

ポケモンマスターを目指し、まだ見ぬ地、ホウエン地方へ旅立ったサトシとピカチュウ。だが、ピカチュウの様子がおかしい。高熱にうなされているピカチュウ治療のため、ホウエン地方で有名なポケモン博士、オダマキに連絡を取ったサトシ。
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ホウエン地方での新たな冒険の旅を始めたサトシとピカチュウ。ひょんなことから新人ポケモントレーナーのハルカとホウエンリーグへの参加登録のため、ポケモンセンターのあるコトキタウンを目指していた。しかしまだポケモンの扱いに慣れないハルカとの道中はドタバタ。何とかポケモンセンターに辿り着いた一行は…。

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ホウエンリーグへの参加登録を済ませたサトシたちは、ホウエン地区最初のジム戦に望むため、意気揚々とトウカシティへ向かっていた。しかしハルカは、トウカシティに着くなり、ジムを避けるように街中に消えていったため、サトシは一人でトウカジムの門を叩いた。中から出てきたのはポケモントレーナーに憧れる小さな男の子。

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ハルカに加え、その弟マサトとも一緒に旅をする事になったサトシ。良くも悪くも賑やかになった一行は、一番近いポケモンジムのあるカナズミシティを目指す・・・。森の中で“つばめポケモン”スバメに出会ったサトシ達は、縄張り荒らしとしてスバメの群れに襲われてしまう。
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カナズミシティを目指し旅を続けるサトシ達は、森で異様に大きな“まめだぬきポケモン”のジグザグマに遭遇する。しかしそれは短パンをはき自然とふれあい、ポケモンの着ぐるみを着てポケモンの気持ちを理解するという一風変わった少年、キヨの変装した姿だった。

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カナズミシティに向かう森の中を行くサトシ一行。この辺では最近、非道なポケモン密猟者が暗躍しているらしい。密猟者が使った捕獲ネットの一部を見つけたことから、犯人逮捕の手助けをすることになるサトシたち・・・。その頃、いつものようにピカチュウゲットのため落とし穴を掘ろうとしていたロケット団は…。

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旅の途中、森の中で以前から気になっていた“もりトカゲポケモン”キモリに出会ったサトシは、ゲットしようと大いに張り切るが、気持ちが先走って斜面を転がり落ちてしまう。そのままハルカたちとはぐれてしまったサトシの転がり着いた先には、枯れながらもなお神秘的な巨大樹が。

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森の公園でランチをとるサトシ達一行。旅で最も楽しい時間の一つだ。そんな楽しい時間を茂みの中から黒い影が狙う！“どくへびポケモン”ハブネークが食料を狙っていたのだ。ハルカのポケモン　アチャモはもてあそばれ食料を取られてしまうが、サトシのキモリが鮮やかに取りかえす！

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カナズミシティへの道中、長かった森を抜け久しぶりに街へ辿り着いたサトシ達は、それぞれ都会を満喫しようと2組に別れ、別行動を取ることにした。とりあえず腹ごしらえと、マサトを連れたサトシは、路地で怯えている“きのこポケモン”キノココを発見する。

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旅の途中、サトシ達は「世界最強のポケモンがいる」とうたう非公式のポケモンジムを見つける。一行は「世界最強」という言葉を疑いながらも興味津々、さっそくジムの門を叩く。中から出てきたのは少年アントニーと“みずどりポケモン”ぺリッパー。

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旅の途中、サトシ達一行は迷い込んだポケモン保護区で、カクリという女性と“かみつきポケモン”のグラエナ達に出会う。彼女らはこの保護区を密猟者から守っているポケモン保護官なのだとか。強そうなグラエナと、保護官とドクターの資格を持つカクリを憧れの眼差しで見る一行。

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旅の途中、サトシ達はひと休みしていた湖で“うきくさポケモン”のハスボーたちと、フラワーショップの三姉妹ノリコ、レイコ、ナオコと知り合う。彼女達の店にお邪魔することになった一行は、おいしい木の実の料理を頂きながら、ポケモンに様々な効果のあるという木の実の話に花を咲かせる。

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ホウエン地方最初のジム戦に臨むためカナズミシティを目指すサトシ達は、カナズミシティまでほど近い場所にある他目的施設「カナズミホール」で、ポケモンコンテストの開催を聞きつける。強さで勝負するポケモンバトルとは違い、技の鮮やかさや、ポケモンの育ち具合で勝敗を決めるポケモンコンテスト。

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意気揚々と深い森の中を行くサトシ達。この森を抜ければ最初の目的地カナズミシティだ。そこにひょっこり現れた一匹の“いもむしポケモン”ケムッソ。先のポケモンコンテストで目の当たりにした“ちょうちょポケモン”アゲハントの美しさに心奪われているハルカは、すかざずアゲハントの進化前のケムッソゲットへ乗り出す。

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ホウエン地方最初のジム戦に臨むため、カナズミシティまでとうとうやってきたサトシ達一行。早速カナズミジムのジムリーダー兼ポケモントレーナーズスクールの先生のツツジと知り合えたサトシ達だが、ジム戦の前にポケモンについて様々なことを学ぶトレーナーズスクールを見学させてもらうことに。

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カナズミシティに着いたサトシ達は、ついにホウエン地方最初のジム戦に挑む日を迎えた！以前からバトルよりも技の鮮やかさ等を競うポケモンコンテストに興味のあったハルカは、コンテストを目指すことを決心しジム戦を辞退。今回はサトシ一人の挑戦だ。

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カナズミジムでジム戦に勝利し、心は早くも次のムロジムに向かっているサトシとその一行。しかし、ムロジムのあるムロ島（じま）への連絡船待ちで、一行はしばしカナズミシティで自由行動を取ることに。街でマサトは、アパレルから食品まで何でも作る夢のような会社、デボンコーポレーション社長のツワブキと知り合う。

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一月に数本しか出ないムロ島（じま）行きの連絡船に乗ろうとしていたサトシ達一行は、ハルカの勘違いでひと便乗り過ごしてしまう。責任を感じムロ行きの船を探していたハルカだったが、元船乗りのハギという老人と知り合い、意気投合。ハギはムロまで船を出してくれるという。

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次のジム戦に臨むため、サトシ達はハギ老人の船でムロジムのあるムロ島（じま）へ向けて、意気揚々と船を走らせていた。しかし、気持ちのよい船旅にすっかりくつろいでしまった一行は、しばしのバカンスを楽しもうとハギ老人の秘密の無人島に立ち寄ることに。

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早くもホウエン地方二つ目のジムバッジをゲットすべく、ムロジムにやってきたサトシ達。ところがムロのジムリーダートウキは、サトシのジム戦の申し入れを断ってサーフィンに出かけてしまった。ジム戦に燃えていたサトシは腹を立てしつこく追いすがり、半ば強引にジム戦を受けてもらう。

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ムロでのジム戦でジムリーダーのトウキに完敗したサトシは、自分の未熟さを痛感しムロ島（じま）でしばらく修行を積むことに決めた。しかしその矢先、サトシ達のポケモンを奪おうとロケット団が現れた！なんとか退けたサトシ達だったが…。

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ムロジム再戦に向けて修行をする為、凄腕トレーナーと噂のダイゴを探して「石の洞窟」にやってきたサトシ達は、洞窟内で待ち構えていたロケット団の落とし穴にまんまとはまってしまう。だがその時、緩い地盤に穴を掘ったのが災いし、辺り一帯の地面が陥没！！

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サトシ達一行は、ムロ島（じま）の海辺にテントを張りポケモン修行を続けていた。そんな中、突如サトシ達を襲った砂中を走る謎の生き物！捕まえようと一同が協力しても押さえられない凄まじいパワーの持ち主は、テントを荒らすだけ荒らしてどこかへ消えてしまった。

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気はいいが少々荒っぽい“ごろつきポケモン”ヘイガニを新たな仲間に加え、サトシ達はムロ島（じま）での修行を続けていた。そこへ現れたロケット団とのバトルの中で、ヘイガニは急に高熱を出し倒れてしまう。モンスターボールに収容したいところだが、ボールは離れたキャンプテントに干して来てしまった！

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ムロジムのジムリーダー・トウキに勝つため修行を続けているサトシ達は、鍛練と珍しいポケモン探しを兼ね、名もなき川の源流をたどる冒険に出た。一行はその川の支流が流れ込む小さな沼で“ぬまうおポケモン”のミズゴロウと沼の主“沼じい”と知り合う。

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とある洞窟で修行を続けていたサトシ達は、寝ていた“おおごえポケモン”ドゴームをうっかり怒らせてしまう。暴れ出したドゴームから逃げようとしているうち、なんと一行はピカチュウ達、持ちポケモンとはぐれてしまうのだった・・・。その頃、なんとか外に脱出できたピカチュウをはじめとするポケモン一行は…。

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ムロジム突破を目指し修行を続けるサトシ達は、とある洞窟でカズキという少年の秘密基地を発見する。しかし、興味本位で勝手に中に入ったサトシ達を見つけたカズキは怒り、すぐ追い出してしまう。そんなやりとりを見ていたロケット団はカズキの秘密基地を乗っ取ろうとするが…。

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今日もムロ島で修行に励むサトシ達。そこへ一行のポケモンを奪おうとロケット団が襲いかかって来た！そのバトルの最中、なんとハルカの“さなぎポケモン”カラサリスは“ちょうちょポケモン”アゲハントへと進化した！！念願の進化に大喜びするハルカだったが、面白くないのはロケット団のムサシ。

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今日もムロ島（じま）で修行を続けるサトシ達は、暴れん坊でトラブルメイカーであるヘイガニの振る舞いに少々困っていた。何とか協調性をつけさせたいサトシは、精神修行として、閉鎖された金鉱でのきもだめしを提案する。ヘイガニを恐い目に会わせておとなしくさせようというのだ。

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ムロジムのジムリーダー・トウキに再戦するため修行を続けるサトシ達に、何とトウキの一番弟子と名乗るバトルガールのシノブが勝負を挑んで来た！一番弟子と名乗るわりにはかつてのサトシの様に力任せに攻撃してくるシノブを、修行で鍛えられたサトシは落ち着いて受け流していく。

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ムロジム再戦の為修行を続けていたサトシは、とうとうジムリーダー・トウキにリターンマッチを受けてもらえることに！トウキの秘密の練習場を舞台に移してのバトルは、前回の対戦とは攻守の立場が逆転してしまうことに・・・。修行の成果を発揮し、力技で押してくるトウキのポケモンを軽やかにかわして…。
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ムロジムリターンマッチを終えたサトシ達一行は、ハルカのポケモンコンテスト出場の為、開催地であるカイナシティへと船で向かっていた。しかし、ロケット団の罠にはまり船は故障。波に揺られるまま無気味な座礁船、通称「捨てられ船」のあるポイントへ流れ着くのだった。

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カイナシティーへやってきたハルカは、さっそくポケモンコンテスト優勝を目指し、“ちょうちょポケモン”のアゲハントと共に特訓をはじめた。特訓中のハルカはシュウと名乗る少年と出会うが、彼もまたコンテスト優勝を狙うポケモンコーディネーターであった。

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ポケモンコンテストの優勝を目指すハルカはサトシ達にアチャモを預け、アゲハントと共に練習を続けていた・・・。そのころサトシ達はジョーイさんから頼まれ、これからポケモントレーナーになる子供にわたす３匹のポケモンの健康診断を手伝うことに・・・。

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ポケモンコンテスト開催の日、会場は満員の大盛況である！！そんな中、控え室のハルカは緊張して落ち着かない様子。コンテスト１次審査のテーマは“魅せる演技”！ポケモンたちによる、色とりどりの技がとびかう中、ライバルであるシュウは“いばらポケモン”ロゼリアで高得点を獲得する！！
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ポケモンコンテストも終わり、サトシ達はカイナシティでの最後の1日を過ごそうとしていた。ハルカとタケシは街までお買い物、サトシ・ピカチュウ・マサトは“海の博物館”を見学することにした。博物館は残念な事に休館であったが、サトシ達はちょうど“クスノキ館長”に出会い中を案内してもらうことに。

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キンセツシティを目指して旅を続けるサトシ達は、途中の峠道にあるポケモンセンターへとやってきた。ところが中には人の気配は無く、奥の部屋は荒らされて床に“ねむりごな”が落ちていた。事件の匂いを感じたサトシ達はセキュリティカメラのビデオテープを見てみることに・・・。

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キンセツシティーを目指すサトシ達は、深い霧のでる山道を歩いていた。山中には村があり、そこには道しるべの灯台があった。サトシ達は灯台に置かれた“光る石”を守るイズナとカズチと出会うが、カズチはサトシの格好を見て、村に伝えられる勇者だと思い込んでしまう。

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キンセツシティーへ向かう途中、サトシ達はある街にたどり着いた。一行は“ささやきポケモン”ゴニョニョを連れたアキナと出会い、これから開催されるからくり屋敷大会へ一緒に参加することに。大会は、からくり大王の作った仕掛けを切り抜けて行くもので、優勝者はポロック一年分がもらえるという！！

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キンセツシティーに着いたサトシ達は、三つ目のバッジをゲットするため、キンセツジムへと向かう。ジムに入ると突如機械仕掛けのライコウが現れピカチュウとバトルに・・。その後、姿を現したジムリーダー・テッセンとのジムバトルを開始するが、サトシはテッセンをあっさりと倒してしまった。
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キンセツでのジム戦を終えたサトシ達はハルカのポケモンコンテストのためにハジツゲタウンへ向かうことに。一行は途中の川で流れて来たスイカを見つけ、拾って食べようとするが、そこにサトシ達をスイカ泥棒と思い込んだ少女ナッチが現れマグマッグとジュプトルで攻撃してきた！

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サトシ達はハルカ湖と呼ばれる湖のほとりにある町へとやってきた。そこでは間もなく行なわれるという祭りに向けてロミオはバルビート、ジュリエはイルミーゼと、それぞれのポケモンと共にダンスの練習に励んでいた。ところがロミオはバルビートへの指示をミスしてしまい、情けない姿をサトシたちに見せてしまうことに・・・。

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ハジツゲタウンに向かうサトシ達は崖の斜面にある山道を歩いていた。そこで一行は突然崖の上から飛び降りてくる不思議な“いしあたまポケモン”タツベイと出会う。サトシはポケモンの持ち主ミッシェルに会い、タツベイは“空を飛びたい”と思っている事を知る・・。

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ハジツゲタウンを目指すサトシ達は、道中の砂漠にあるオアシスでカスミとトゲピーに久しぶりに会う約束をしていた。カスミはオアシスのホテルで開催されるトゲピー祭りに参加しようとしていたのだが、実行委員に変装したロケット団にだまされトゲピーはミラージュ王国なる国へとさらわれてしまう！

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ミラージュ王国の次期国王の座を狙うハンゾウの罠によって宮殿へとやってきたカスミとサトシ達は、そこで出会ったセーラ姫の助けでトゲピーと共に国外へ脱出しようとしていた。しかし一行はハンゾウのヌケニン、テッカニンから襲撃をうけ、トゲピーを奪い去られてしまう。

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ハジツゲタウンに向かい旅を続けるサトシ達は食料を切らし、空腹のまま荒野をさまよっていた。一行は荒野を開墾して暮らしているかちぬきファミリーに助けられ、一家の長男リョウヘイがポケモンリーグのチャンピオンになるために厳しい旅に出ている事を聞く。

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ハジツゲタウンを目指して、旅を続けるサトシ達は草むらで元気の無いエネコを見つける。弱っている原因が解らず悩むサトシ達だったが、香りでポケモンを癒す“ポケモンアロマテラピー”の存在を雑誌で見ていたタケシの考えで、“ポケモンアロマテラピー”の研究をしている“緑の館”へエネコを連れて行く事に。

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ハジツゲタウンを目指し、旅を続けるサトシ達は、とある森で“短パン小僧”のキヨと再会を果たす。キヨは以前サトシ達と会った後、トウカジムにチャレンジしたがバトルに敗れ、この森で一から修行し直しているところだった。サトシ達は、キヨの修行に付き合う事にするが、バトルの途中で、キヨのザングースの様子がおかしくなる。

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ハジツゲタウンを目指して旅を続けるサトシ達は、美しい湖のほとりにあるポケモンセンターに到着した。そこで“マサトくん”と言う同じ名前の少年と出会うが、マサトとは気が合わずにケンカをしてしまう。ポケモンセンターを出た後、マサトは湖のほとりでアメタマを可愛がるマサトくんを見つける。

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サトシ達は、ついにハジツゲタウンに到着した。ハルカの二度目の挑戦となるポケモンコンテストがいよいよ幕を開けるのだ！サトシ達はポケモンセンターで、チャーレムを連れたコーディネーターのグレースに出会う。グレースはハルカの為に色々とアドバイスをしてくれるが、ハルカには逆にプレッシャーとなってしまう。

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ハルカとアゲハントにとって二度目の挑戦となる、ポケモンコンテスト・ハジツゲ大会がついに始まった。一次審査ではライバルのシュウ、グレース共に華麗な技を決め、高得点を叩き出す。そして、ハルカとアゲハントも、練習のかいあって高得点を出し、二次審査進出を決める。

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コンテストを終えたサトシ達は、次の目的地フエンタウンを目指し、山道を歩いている途中、学ラン姿の応援団と出会う。しかも、その中には山の灯台にいたはずのカズチの姿が！聞けば、カズチはサトシ達と別れた後、ポケモントレーナーになる為に旅を始め、その途中でこの応援団に出会ったのだと言う。

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えんとつ山へ向かう為に“炎の抜け道”と呼ばれる洞窟を進んでいたサトシ達は、マグマッグの群れに追われ、なだらかな丘が広がる牧場へとたどり着いた。サトシ達は牧場でドンメルを飼うヨウコと出会い、家に泊めてもらえる事になる。すると、ハルカがエネコに本当のバトルを経験させたいと言い出し、ヨウコとバトルをする事に！

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次のジムがあるフエンタウンを目指して旅を続けるサトシ達は、えんとつ山のふもとにたどりついた。そこからロープウェイで山頂へ向かうサトシ達だったが、山の中腹で突如ゴンドラが停止してしまう。非常電話で駅員を呼んでも全く返事が無い事に疑問を感じたサトシは、一人ゴンドラから降り、直接助けを求めに行く事に。

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ようやく、目的地のフエンタウンに到着したサトシ達は、さっそく、フエンジムを訪れた。しかし、ジムリーダーのアスナと共にバトルフィールドへ向うと、フィールドは穴だらけでボロボロ、審判もいないと言う酷い状況になっていた。アスナに話を聞いてみると…。

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サトシ達はいよいよ、ホウエン地方4つ目のバッジをかけたジム戦を迎えた。ジムリーダーになったばかりのアスナは初のジム戦。対して、ジム戦の経験が豊富なサトシは、自信満々でバトルに臨んだ。序盤は、ほのおポケモンの対策を考えていたサトシがバトルをリード。

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トウカジムを次の目的地に決め、フエンタウンを出発したサトシ達は、道中の山道で数匹のパッチールに出くわした。その中には、額のぶち模様がハート形の珍しいものも。そこに、ハートのパッチールを捕まえようと追い掛けてきたという女性、クレアが現れるが、ハートのパッチールは茂みの中に逃げ込んでしまう。

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トウカシティを目指して旅を続けるサトシ達。キンセツシティを経由するルートを選んだのだが、途中で道に迷ってしまう。すると、山道の上空で“せきたんポケモン”のコータスが数匹のポケモン達に攻撃されているのを発見する。コータスを助けたサトシ達は、この場所が…。

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５つ目のバッジを手に入れる為トウカジムを目指すサトシ達は、トウカシティへの中継地点であるキンセツシティに到着した。久しぶりの大きな街を楽しみながら歩いていると、通りから少し離れた空き地に、色々な種類のゲームを揃えたゲーム場を見つける。サトシ達は自分のポケモンをモンスターボールから出し…。

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ポケモンコンテストが開かれるシダケタウンを目指して旅を続けるサトシ達は、ロケット団とのバトルでエネコの声が出なくなった為、道中にあるポケモン診療所に立ち寄った。治療を受け、エネコは元気を取り戻すが、手当てをしてくれた女性が噂に聞く伝説のコーディネーター、アヤネと知ったサトシ達は、色々と話を聞いてみる事に。

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サトシ達はポケモンコンテスト・シダケ大会が開かれる、シダケタウンに到着した。一行がポケモンセンターに立ち寄ると、ハルカのライバル、シュウが傷付いたロゼリアを預けていた。事情を聞けば、仮面をつけた謎のトレーナーにバトルを挑まれ負けてしまい、今回のコンテストには出られないのだと言う。

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ポケモンコンテストが開かれるシダケタウンにやってきたサトシ達は、気弱な少年キミマロと出会う。彼の母親はポケモンが大嫌いで、息子のキミマロに『ポケモン禁止令』を出していた。そんなキミマロも実はポケモンが好きだと言う事を知り、サトシ達は、彼の父親タムラマロと協力し…。

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次のジム戦の為、トウカシティを目指すサトシ達は森の奥にある小さな村に立ち寄った。そこでタケシのハスボーは、突然ハスブレロに進化してしまう。ハスブレロを見つけるやいなや、拝み始める村人を見て疑問に思うサトシ達。聞けば、村では２週間前から何故か水が干上がってしまったい、村の水の神とされる…。

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トウカシティを目指すサトシ達は途中、迷い込んだ森の中で傷付いたチルットを見つける。前日の嵐が原因でケガをして、群れからはぐれてしまったのではないかと考えた一行は、チルットのケガが治るまで面倒を見る事に。サトシ達の懸命な看病により傷は治り、仲間の元へ帰ろうとするチルット。

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次のジムがあるトウカシティへ向かう途中、とある町へやって来たサトシ達だったが、突如謎の警戒警報が発令される所に出くわす。ジュンサーに話を聞けば、この町では、ある時期になると、ゴクリンの群れがやって来て、町中の食料を奪っていってしまうらしい。これまでの被害があまりに甚大だった為…。

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トウカシティを目指すサトシ達は、途中の森で朝食をとっていた。楽しく過ごす一行だったが、キモリの様子がおかしい事に気付く。サトシの問いかけにも全く反応しないキモリを心配していると、遠くから大声をあげ、暴れながら飛び出してくるドゴームが！！そこへ駆けつけた少年のガイに話を聞くとこのドゴーム…。

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サトシたちはいよいよ目的地のトウカシティに近付いてきた。その道中で、サトシは自分のポケモン達に、キモリから進化したジュプトルを紹介する。みんなが歓迎している中、ヘイガニだけは気に入らない様子。そんな時、木々の間からルンパッパを連れたヒゲの男パンチョが現れる。

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トウカシティでのジム戦に向かうサトシ達は、となり街のキタトウカシティに到着した。一行がポケモンセンターに立ち寄ると、ハルカとマサトの姿を目にした街の人々は大騒ぎ！街の憧れのジムリーダー、センリの子供であるハルカとマサトは、たちまち群衆に囲まれ大人気！辺りを見渡すと、いたるところセンリだらけ。
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再びセンリにジム戦を挑み、５つめのバッジをゲットするためにサトシはトウカシティにやってきた。この街はハルカとマサトにとっては久しぶりの故郷でもあった。実家に戻ったハルカたちは、両親に会えるのを楽しみにしていたが、父センリの姿は見えず、母ミツコの様子がなんだかいつもと違うことを不思議に思う。

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いよいよ五つ目のバッジをかけた戦いが、トウカジムで始まった！ジムリーダーは、ハルカとマサトの父センリ。再び挑むサトシは今度こそセンリを倒そうと気合い十分でフィールドに立った。まずはピカチュウで先制攻撃をねらうサトシに対して、センリはナマケロを投入。
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トウカジムで５つめのバッジをゲットしたサトシ一行は、次の目的地ヒワマキシティーを目指す前に、オダマキ研究所に寄ることにしたところ、ばったりオダマキ博士に遭遇。聞けばこれからオーキド博士を迎えに行くという。サトシはオダマキに同行し、ハルカ、マサトは先に研究所で待つはずだったが、偶然にもオーキド博士と合流。

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次の目的地ヒワマキシティに向かうサトシたちは、途中カテキンタウンで一夜を明かすが、なかなか出発の準備が出来ないハルカにサトシはイライラ。口喧嘩の絶えないサトシたちの前に、突如ド派手な衣裳の二人組オスカーとアンドリューが現れ、２対２のタッグバトルを挑んできた。

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ヒワマキシティを目指すサトシたちは、森の中で道に迷い、いきなり飛び出したエアームドにハルカを連れ去られてしまう。急いで後を追うサトシたちの前に、分厚い木の扉と謎の男たちが行く手を阻む。彼ら、この森の村人たちにとって、その扉の先は禁断の地と呼ばれ、足を踏み入れた者は…。

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次の目的地へと旅を続けるサトシたちは、シワブキタウンに立ち寄った。ハルカは自分のフシギダネに、初めて目にする街を見せてあげるが、慣れないフシギダネはいたずらばかり。ポケモンセンターで、オーキド博士とテレビ電話で連絡をとったサトシたちは、サトシのフシギダネを転送させて二匹を直接遊ばせてあげようと思いつく。

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ヒワマキシティを目指すサトシたちはその道中、湖のほとりでひと休み。これまで戦ってきたバトルで獲得したバッジを眺めて感慨深げなサトシだったが、うっかりした拍子に、バッジをケースごと水中に落としてしまう！その途端、湖から巨大ナマズンが現れ、バッジケースをパクリと口にくわえたまま水中へ・・・。

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ホウエンリーグ出場のため旅を続け、キリキリ山に登るサトシたち一行。しかし、深い霧に包まれた山の中でサトシとピカチュウは皆とはぐれてしまう。迷子になったサトシたちは、霧の中から突如現れた謎のおばあさんに遭遇するが、彼女は奇妙なわらべ歌を歌いながら再び霧に消えてしまう。

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旅の途中サトシたちは、ルイボスタウンに立ち寄った。この街でポケモンコンテストがあると知ったハルカは大喜び。ライバルのシュウにも再会し火花を散らしていると、熱狂的なママさんたちの応援を受け二人とも呆然。自ら「ポケモン大好きママさんズ」と名乗るその一団の一人、ツキコも大会に出場するという。

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いよいよルイボスタウンでのポケモンコンテストが始まった！一次審査で、アゲハントは次々と技を決め余裕たっぷりのハルカ。共に練習したツキコも、試合のカンを取り戻しいい出来ばえ。ライバルのシュウもロゼリアの花吹雪で会場を魅了する。揃って二次審査進出を決めたハルカ。

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次のジム戦のあるヒワマキシティを目指すサトシたちは、旅の途中、元気のない様子のバネブ−に出会う。頭の真珠をどこかで無くしてしまい困っていると知ったサトシたちは、一緒に探してあげることに。ところが、丸いモノを見つけると何でも頭にのせてしまうバネブ−に、一行は振り回されてばかり！

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ヒワマキシティを目指し旅を続けるサトシたちは、途中クロスゲートタウンで強風にあおられた“わたりどりポケモン”チルットを助け、少年カイトと知り合う。風の交差点と呼ばれるこの街では、リングを使ってトレーナーとポケモンのコンビネーションを競うポケリンガ大会がおこなわれるという。

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ヒワマキシティへの旅の途中、道に迷ったサトシたちは雨宿りさせてもらおうと入った洋館に閉じ込められてしまう！出られずにイライラするハルカとマサト。口喧嘩の末に飛び出していったマサトは、皆の怒りの念を食べようと待ち構えていた“にんぎょうポケモン”カゲボウズとでくわす。

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サトシたちは旅の途中、広い森でひと休み。ピカチュウたちもポケモンフーズを食べてのんびりムード。ところが、ヘイガニに自分の分を横取りされたアチャモは怒り心頭、一気に険悪状態に。他のポケモンたちも巻き込んで大混乱！一方、やはり食料を探してさまよっていたロケット団たちは、森のキノココの食料を奪うが…。

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六つ目のバッジがあるヒワマキシティのすぐそばまで近づいて来たサトシたちは、途中の道で大雪にあい遭難しそうになる。そこで一行は、天気によって姿の変わる“てんきポケモン“のポワルンとでくわす。ポワルンに導かれ、お天気研究所に案内されたサトシたちは、天気データを集中させている巨大なコントロールマシンに驚く。

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６個目のバッジをゲットするため、サトシ達はついにヒワマキシティに到着した。街は年に一度のフェザー・カーニバルという空をテーマにしたお祭りで大にぎわい。そこで一行は、エアームドの背に子供達を乗せて遊ばせているナギと出会う。彼女は“ひこうタイプ”専門のヒワマキジムのジムリーダーだという。

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いよいよ６つ目のバッジをかけたジムバトルがヒワマキジムで始まった！気合い充分のサトシ、対するナギは、戦いを前に静かに空に祈りを捧げていた。“ひこう”と“ドラゴン”２つのタイプを持つチルタリスを出したナギに対して、サトシは“ひこうタイプ”が苦手なジュプトルで挑むが・・・！果たしてサトシの作戦とは！？

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ヒワマキジムで、フェザーバッジをゲットしたサトシ達は次のジム戦を目指して旅を続ける途中、道ばたで身動きの取れなくなったバクーダを助ける。そこで出会ったタカヤは、小さな村でも映画を見せてあげられるようにフィルムと映写機を運んで旅をしているという。その様子を伺っていたロケット団は…。

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ホウエンリーグ出場を目指すサトシたちは次の目的地ミナモシティへの道中、四方を山に囲まれたバレータウンにたどり着いた。旅の疲れを癒そうとポケモンセンターに立ち寄るが、何やら様子のおかしいジョーイさんに門前払いされてしまう。仕方なく野宿することになったサトシ達は、怪しげな二人組に襲われる！

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ミナモシティを目指すサトシたちは途中、おもしろい看板を見つけ立ち寄る事にした。「バナナナマケロ園」というその場所は、ナマケロだけを集めた動物園であり、バナナのスィーツもあると知ってマサト、ハルカは大喜び。ところが、園は人気もなくひっそりと寂しい様子。

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いよいよ目的地のミナモシティに近づいてきたサトシたち。ところが、手前の森でいきなり現れたロケット団の襲撃に逢った一行は、爆風でちりぢりに吹き飛ばされてしまう。目が覚めたピカチュウは爆発のショックで記憶喪失になってしまっていた！！一緒に飛ばされたニャースはチャンスとばかりにピカチュウにウソを吹き込み…。

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ついにミナモシティに到着したサトシたち。街の公園で行われていたきのみ市場の賑わいにすっかりワクワクの一行は、そこで、カナタと相棒の“あやつりポケモン”ブーピッグと友達になり、カナタの家に招待される。そして、ハルカたちはきのみブレンダーの機械を使ってポロック作りに挑戦することに！
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いよいよ始まったポケモンコンテスト・ミナモ大会！だが、一番手で登場したハルカとワカシャモに、思わぬトラブルが。競技中、転んだハルカの頭上にワカシャモの炎が降りかかってしまったのだ！呆然とし見守るサトシたち。なんとか危機を乗り切りハルカは辛くもフィニッシュ。

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３つめのリボンをゲットしたハルカたちは、次のジムがあるトクサネシティを目指し、連絡船に乗りこんだ。ところが行き先を間違えてしまい、一行の乗った船はバンバ島にたどり着いてしまう！大陸とは違う珍しいポケモンを見つけられるかもと胸踊らせていた矢先、フシギソウやリザードを連れた少年ジミーと出会う。

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７個目のバッジをゲットするためにトクサネ島を目指すサトシたちは、中継地のレフレ島に向かう途中、小舟で漂うバネブーを見つける。またしても頭の上の真珠を落としてしまったバネブーを助けるために、ポケモンたちは海に潜って探すがなかなか見つからない。

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トクサネジムを目指し、島から島へと旅するサトシたちは、ワズワ島（とう）のビーチで、ソウヤという男に出会った。彼は海に潜って見つけたお宝を、土産物として売るトレジャーハンターなのだ。そんな彼が、大昔に沈んだ船の財宝を見つけたかもと聞いてサトシたちは大騒ぎ！早速海へと財宝探しに向かうが…。

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７つめのバッジをゲットするため、トクサネ島（じま）を目指して旅を続けるサトシたちは、イロハ三島（さんとう）にたどり着いた。島のポケモンセンターで、元気のないワカシャモを預けた一行は、ばったりオダマキ博士と再会した。この辺りではパールルがハンテールとサクラビスにそれぞれの島で別々に進化するのだという。

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次の目的地トクサネシティへと島々を船で経由しながら旅を続けるサトシたちはガンガ島（とう）にたどり着いた。その地でポケモンバトルに勝つため筋力トレーニングに励む一団にでくわし、一緒に筋トレをするはめに・・・。そしてサトシは島で最強のトレーナー、イワシミズからダブルバトルを挑まれる！

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トクサネシティへ向かって船で旅を続ける途中、ロケット団にピカチュウを奪われそうになったサトシたち。戦いの最中、ピカチュウの電撃が引き起こした爆発で、サトシたちとロケット団は海に飛ばされてしまった。助けを求め漂流していると突如マグマ団の潜水艦が出現し、サトシたちは捕まってしまう！
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超古代ポケモンをめぐるマグマ団とアクア団に遂に対決の時が来た。マグマ団が捕獲したカイオーガを解き放ったアクア団のボス、アオギリは紅色の珠で世界征服のためカイオーガを蘇らせる！一方マグマ団の持つ、グラードンをコントロールできる藍色の珠がなんとピカチュウに融合してしまった！

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７個目のバッジをゲットするため、ついにトクサネシティに到着したサトシ達は、この町にある宇宙センターに行くことに。センター内で迷っていると、地下訓練室でポケモンバトルをする二人と出会う。彼ら双子のフウとランは、ヤジロンの念力を使って無重力状態の空間でバトルをしていたのだ！

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いよいよサトシのホウエン地方７つ目のバッジをかけたジムバトルが、トクサネジムで始まった！このジムは、地上だけでなく宙に浮かぶ惑星も含めた立体的なバトルフィールド。ルナトーンとソルロックを使う双子のジムリーダー、フウとランを相手に、変則ダブルバトルに挑戦するサトシはピカチュウとオオスバメで立ち向かう！

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８個目のジムバッジゲットを目指すサトシは、目的地のルネ島へ向かう途中、とある島にたどり着く。そこで食事をしようと立ち寄った店で偶然にも、四天王の一人のゲンジと出会い、一行は大はしゃぎ！船長である彼の案内で、巨大な帆船を見に行ったサトシは、ポケモンバトルに誘われ四天王との対決に気合い充分で臨むが！？

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次の目的地ルネシティへ向かう道中でサトシたちは、ある島に立ち寄った。島で“いわつぼポケモン”のユレイドルを目撃したマサトは、追いかけてるうちに一行とはぐれてしまう。マサトを必死で探す一行はその途中でドクターモロボシと名乗る男に出会う。彼は、古代のポケモンを蘇らせる研究をしており…。

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最後のジムバッジゲットを目指すサトシたち一行は、ポケモンコンテストが開かれるイザベ島のプリカシティに到着した。４つ目のリボンに挑戦するハルカとフシギダネは、調子も上々で、一次審査を楽々クリア。一方、会場には全身緑色の衣装に身を包んだ挑戦者ハーリーが、“あくタイプ”のノクタスと共に勝ち進んでいた。

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8個目のバッジゲットを目指すサトシ達はイザベ島を横断中、滅びの谷にやってきた。そこで出会った仙人のシゲモリに連れられ、大（おお）いなる力が封印されていると言われる伝説の巨大モンスターボールがある湖に案内してもらうことに。そこへ噂を聞きつけやってきたロケット団が巨大モンスターボールを奪おうとしたために…。

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サトシ一行は旅の途中、野原でひと休み。腕試しにタケシと久しぶりにポケモンバトルをする事に。ところがバトル中、コータスのオーバーヒート攻撃でハスブレロが彼方に吹き飛ばされ、森にいた“あざむきポケモン”のクチートに激突してしまう！その拍子でクチートはハスブレロに恋してしまうが、ハスブレロは知らんぷり。

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イザベ島を横断中、広大な荒野に迷い込んでしまったサトシたち。そこは“ありじごくポケモン”ナックラーの巨大な巣穴だった。危険区域である巣穴の安全を守るレンジャーのアキコと、ナックラー研究員のヘイハチローと知り合った一行。ナックラーが作る地下迷宮にあるという…。

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サトシ達はセルロスタウンを目指す道中、けわしい岩山のふもとにあるリヤド村に到着した。この村では、滅多に姿を現さないといわれる“わざわいポケモン”のアブソルが、最近頻繁に現れては災い事を起こすので困っているらしい。村の少年ノボルから、災いの原因がアブソルではないことを証明すべく…。

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ホウエン地方８つ目のバッジゲットをめざし旅を続けるサトシたち。イザベ島の山頂で、イタズラ好きの“ゆきかさポケモン”ユキワラシからバッジケースを奪われてしまう。吹雪の中、追いかけるサトシだったが急斜面に足を滑らせ深い谷底に転落！助けにきたピカチュウは運悪くユキワラシと共にロケット団に捕まってしまい絶体絶命！

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サトシたちは次の目的地セルロスタウンへの旅の途中、森の中でひと休み。すると、マサトがぐったり弱っている“きもちポケモン”ラルトスを見つける。どうやら川に落ちて濡れたため、熱があるらしい。ラルトスをポケモンセンターへと連れて行こうとする一行、ところが…。

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ついにルナシティに到着し気合いの入るサトシは、ジム戦を前に水の都と呼ばれるこの町の名物、アートフェスティバルを楽しむことに。観衆から大人気を集める、水のアーティスト・アダン。彼の水系ポケモンを巧みに使った芸術的なステージに魅了される一行。

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サトシは８つ目のバッジをかけてルネジムに挑んだが、ジムリーダー・アダンの放つ水タイプポケモンたちはかなり手強く、苦戦を強いられる。頼みのジュプトル、ヘイガニも、対する“ランデブーポケモン”ラブカスと、ナマズンの巧みな攻撃に翻弄され倒れてしまう。

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次の目的地へと旅を続けるサトシたちは、経由地のギバン島（とう）に立ち寄るが、そこでハルカはモンスターボールを何者かに盗まれてしまう！犯人は、丸いものを集める奇妙な習性をもつマッスグマだと知ったサトシたちは、飼い主のケイマと共に後を追うが、そこにロケット団が現れて・・・。

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キナギタウンでの次のポケモンコンテストに向け闘志を燃やすハルカの前に、ライバルのシュウが現れた。特訓の成果を見せようと二人は海辺でバトルを始めるが、その最中ロケット団の襲撃にあい全員バラバラになってしまう。仲間の行方を探すハルカは、島の老人ロクスケと出会い、自分たちが磁石のきかない樹海の森…。

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ハルカの出場するポケモンコンテストを翌日に控え、開催地のキナギ島（とう）へ向かうサトシたち。ところが、船の故障により、やむなく近くのドント島（とう）に立ち寄ることに。一行はその島でゴロゴロ転がるダイナミックな愛のダンスでメスにプロポーズするオスのドンファンたちに遭遇する。

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いよいよポケモンコンテスト・キナギ大会の朝がやってきた！ポケモンセンター前の広場では早くも試合前のコーディネーターたちがポケモンたちと調整にはげんでいる。絶好調なハルカのポケモンたちだが、エネコだけはよそ見がち。その時、サトシと特訓中だったユキワラシが暴走して広場は大混乱に。

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激闘の続くキナギ大会。ハルカとエネコは無事に一次審査を突破した。この島で知り合ったトシキとエリコも勝ち残っている。二次審査はコンテストバトル。美しく華麗に技を決める事が勝負の鍵となるのだ。最初のバトルはムサシンスキー対エリコ。

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カイナシティ目指して旅を続けるサトシたちは、木の実のたくさんある島にたどり着いた。島のポケモンセンターにあるブレンドルームでハルカは特製ポロック、ハルカデリシャスを完成させる。さっそくポケモンたちに食べさせるが、あまりのマズさにポケモンたちは倒れてしまった。

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カイナシティへの旅の途中に立ち寄った島で、サトシはユキワラシと「れいとうビーム」の特訓を続けていた。すると突然、山から巨大なおにぎりが転がり落ちてきた！　後にはそれを追いかけて猛然と走る一人の少年の姿が・・・。彼の名前はマサムネ、世界一のウルトラトレーナーを目指して旅をしているという。

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豪華客船セント・フラワー号に乗り、カイナシティを目指すサトシたち。しかし船には解散したマグマ団のバンナイが乗船しているという。船の中には、グランドフェスティバル優勝者に手渡される「リボンカップ」が飾られていたが、なんとカップは偽物とすり替えられていた！

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ポケモンマスターを目指し、旅をつづけるサトシ。そして、トップコーディネーターを目指す、ハルカ。サトシはポケモンリーグ・サイユウ大会出場のためのジムバッジ、８つをゲット。ハルカも、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバル出場を目標に、リボン５つをそろえた。そんな二人の挑戦は、ここからはじまっていた・・・。

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いよいよポケモンコンテスト・グランドフェスティバル当日がやってきた！ハルカは予備戦を前にして緊張気味だが、母親のミツコの激励や、各地の仲間から届いたたくさんの電報を読み、気合いが入る。共に大会に出場するシュウやハーリーと再会したハルカだったが…。

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激闘の続くグランドフェスティバル。シュウ、ハーリーと共に予備戦を突破したハルカは、明日の本戦に備えて練習に励んでいた。そんな中、ユキワラシの特訓中だったサトシは、フェスティバル参加者のトンペイに出会う。トンペイはコンテストパスとリボンをなくしてしまったらしい。
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激闘の続くグランドフェスティバル。２次審査のコンテストバトル１回戦、ハルカ対ハーリーの試合が始まった！ジュペッタとノクタスを使うハーリーに対してアゲハントとフシギダネで迎え撃つハルカだが、相手をわざとカッコ悪く見せることでポイントを減らそうとするハーリーの作戦の前に苦戦する。

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サトシたちは、ハルカが福引きで当てたチケットで、飛行機に乗りサイユウ島（とう）に向かうことになった。しかし、その福引きも飛行機もロケット団の罠だった！ロケット団本部に向かおうとする飛行機だが、トラブルが発生しとある小島に不時着してしまう。サトシたちはそこで、ロビンと名乗る男と出会う。

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ついにサイユウシティへと到着したサトシたちは、街で有名なラーメン店・サイユウ軒へと向かった。しかし、一行は迷い込んだ路地でヤミカラスの群れに襲われてしまう。そんな時、一行は長靴を履いたニャースとトレーナーのテツヤに助けられる。大会の聖火ランナーを務めるというテツヤ。

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サイユウ大会の前日、サトシは大会に備えてポケモンたちとトレーニングに励んでいた。そこに、転がってくる巨大なオニギリが！後を追いかけてくるのはサトシのライバル、マサムネだった。しかし、マサムネはロケット団の仕掛けた落とし穴に落ちてしまい、テツヤに 助けられるのだった。

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いよいよ予選トーナメントの当日がやってきた！予選トーナメントはダブルバトルで争われる。マサムネの相手はガラガラとカイリキーで戦うガロン。マサムネはガーディとグライガーで迎え撃つ。バトルは互いに一歩も譲ることなく消耗戦にもつれ込む。一方、サトシの相手はトロピウスとマルノームで戦うトモノ。

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予選トーナメント１回戦を見事突破したサトシは、激闘の末2回戦も勝ち残った。サトシの３回戦の相手は“ほほえみの貴公子”と呼ばれるヒュウガ。炎タイプのポケモン、リザードンとマグマラシで戦うヒュウガに対して、氷タイプのオニゴーリ、草タイプのジュプトルで戦うサトシ。

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ポケモンリーグ・サイユウ大会、見事に予選トーナメントを勝ち進んだサトシは、決勝トーナメント1回戦をカエデと戦っていた。カエデの頭脳的な作戦に大苦戦するサトシだが、辛くも勝利し２回戦へと進出した。その夜、ポケモンセンターでは２回戦の組み合わせが発表され、サトシとマサムネが対戦することに。試合に勝つ喜びと…。

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サイユウ大会２回戦で戦うことになったサトシ。相手はなんと、ライバルのマサムネ。だが、マサムネは攻撃を仕掛けずに逃げ回るばかりで試合はサトシがリードする展開に。しかし、そんなマサムネを信頼するポケモンたちの姿を目にして、マサムネは己の闘志に火をつける。２人の友情を超えた本気バトルは、後半戦に入り過熱する！

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3回戦に突入したポケモンリーグ・サイユウ大会。サトシの対戦相手はテツヤ。一進一退の攻防を続ける2人のバトルはついに最終局面。サトシはピカチュウ、テツヤは長靴をはいたニャースによって勝負を決めることになった。果たして、この戦いを制し、ベスト4に進むのはどっちだ!?

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サイユウ大会が終わり、それぞれの家へと帰るサトシと仲間たち。仲間と別れたサトシは途中、懐かしい思い出の場所、トキワジムに立ち寄る。そこにサングラスをかけた何やら怪しい男が現れた。妙に余裕たっぷりの男、エニシダ。彼は、新しいバトル施設、バトルフロンティアの存在をサトシに教える。

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はげしいバトルの日々をつかの間忘れることができるふるさと、マサラタウンにサトシは帰ってきた。ひさしぶりに会う息子の姿に、サトシのママはご機嫌な様子。オーキド研究所に預けたポケモンたちもここでのどかに暮らしていたが、サトシたちとの再会に大喜び！　せい揃いで一行を歓迎する。

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マサラタウンを旅立ったサトシたちは、お月見山のふもとを通りかかる。この辺りには、大変珍しい“ほしがたポケモン”のピィが生息するのだった。人間には警戒心の強いピィも、サトシたちのポケモンには心を許して、すぐに仲良くなる。そこに突如として現れたロケット団！

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サトシたちは新たに挑むバトルフロンティア最初の目的地、バトルファクトリーに行く途中、道に迷ってしまった。そんな一行が偶然目撃したのは伝説のポケモン、フリーザーが華麗に宙を舞う姿だった。雪の中、長い尾を揺らす美しい姿にしばし圧倒されるサトシたち・・・。

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ダツラは、ついにフリーザーをパートナーに選んだ！　対して、このバトルのためにサトシが呼び寄せたのは、修行を積んで鍛え上げられたリザードンだった。氷タイプのフリーザーに対して、リザードンの攻撃は効果抜群に効く。だが、ダツラの指示を受け、どんどん本領を発揮してくるフリーザー。

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バトルアリーナに向かう旅の途中、サトシたちは岩だらけの険しい山のなかへと入っていった。山道を歩き疲れてヘトヘトになり、そこで休憩時間をとることになった。すると、ちょっと目を離したすきに、サトシのポケモンたちがささいな誤解からイシツブテたちとケンカになってしまう。
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森を行くサトシたちは突然、仕掛けられた網の中に捕まった。この罠の主は、“おおごえポケモン”ドゴームをパートナーにするミツオ。ミツオは間違ってサトシたちを捕らえてしまったのだった。ミツオが本当に狙っている獲物は、“ふうせんポケモン”プリン。彼の娘、リサがプリンと一緒に歌を唄いたがっているからだった。

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食いしん坊のハルカに付き添い、道中森のケーキ屋に寄り道したサトシたち。そんなところへ、“でんせつポケモン”ウインディが駆けてきた。食欲も忘れて魅了されるハルカ。さらにウインディを追いかけて現れたのは、ハルカのライバル、シュウだった。ゲットしようとするシュウだが、ウインディは「しんそく」により…。

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ポケモンコンテストが開かれるというヤマブキシティに向かうことにしたサトシたちは、道中ワンリキーたちに追われているコダックの姿を見かける。その後を追い、コダックを救出したサトシたち。このコダックをトレーナーに返すことを決意する。

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ヤマブキシティを目指すサトシたちは、駆け出したゴンベを追いかけて、森の中にあるレストランへと立ち寄った。同じころ、腹ペコのロケット団も別のレストランに入ったのだが。実はこの二つのレストランは、料理に関する意見が合わず仲の悪い姉妹、レースとトランが同じ建物に別々の入り口をつくって営業しているのだった。

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ついにヤマブキシティの目前までたどり着いたサトシたち。だがゴードンの研究所に誤って入り込んだところを泥棒と間違われ、“いもむしポケモン”キャタピーに捕まってしまう。ゴードンはポケモンに役立つ発明品をつくる研究者だというが、どれもヘンテコで使えそうにないものばかり・・・。

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ヤマブキシティに着いたものの、ハルカはコンテストを目前に出場させるポケモンをまだ決めかねていた。そんなハルカを手助けにきたのは、何度もウソをつき邪魔ばかりしてきたハーリー。すっかり心を入れ替えた様子のハーリーに、ハルカは安心してアドバイスを受けた。

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いよいよヤマブキシティでのポケモンコンテストがはじまる！またもハーリーの汚いワナにはまったハルカは、この怒りをコンテストの場にぶつけようと気合い充分。ハーリーは実力でもノクタスとのコンビネーションですばらしいパフォーマンスを披露。一方のハルカも負けじとワカシャモと息を合わせて勝ち進む。

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ポケモンコンテスト出場を終えたハルカは念願のグルメスポット巡り。ヤマブキシティ名物バトル・ラーメンを食べようと胸を弾ませるのだが、肝心の店主キョウタロウがどこかへ行ってしまう。後を追ってたどり着いたのは、格闘タイプのポケモン道場。道場の師匠で父親のハマグリは、ラーメン屋をやめて道場を継げ…。
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次の目的地バトルアリーナを目指す道中、不気味な廃鉱山の町に迷い込んだサトシたち。ゴーストタウンになった町の外には、暗い闇の中にオバケがウジャウジャいるようだ。怯えたサトシたちは建物に逃げ込んだものの、今度は奥の方から音楽が聞こえてくる・・・。おっかなビックリ確かめに行った先にいたのは…。

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いよいよ次の目的地バトルアリーナに近づいてきたサトシたち。しかしその道中でゴンベが体調を崩して食欲をなくしてしまう。とある城の管理人だという老人と老婆に幸運にも助けられたサトシたちだが、城でバッタリ出会ったのはロケット団！なんとこの城はコジロウの家だったのだ！

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バトルアリーナを前に最後のトレーニングに励むサトシとタケシ。その最中、タケシのミズゴロウはヌマクローに進化するが、勢い余って放った攻撃は“わたげポケモン”モココにぶつかってケガをさせてしまう。ポケモンの持ち主モモコが、治療のためにモココを運んだ先はポケモンの漢方屋。

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バトルアリーナに到着したサトシは、バトルに向けて気合い充分。格闘タイプのポケモンを使いこなすフロンティアブレーン、コゴミに真っ向から勝負を挑むのだった。コゴミの“めいそうポケモン”チャーレムに対して、サトシはオーキド研究所から呼び寄せたカビゴンで迎え撃つ。ポケモン同士の力と力のぶつかり合い。

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三番目のバトル施設、バトルドームを目指して旅を進めるサトシたち。その途中で立ち寄った農場は、ポケモンのタマゴを預かって飼育をする育て屋だった。ポケモンのタマゴを見たことのないハルカはやや興奮気味。農場の娘シロミはポケモンコーディネーターになることを夢見ながらも、この地を離れられずにタマゴの世話をしていた。

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バトルドームに向かう道中、ジルバタウンでのポケモンコンテスト開催を知ったハルカは早速出場を決意する。続々集まるコーディネーターの中、なにやら疲れた様子のサラリーマン、オガタはこの場にそぐわない感じ。だがステージ上でのオガタはガラリと人が変わり、ド派手な衣装でエレキギターをかき鳴らして登場。

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バトルドームを目指すサトシたちは途中、釣りの名所と呼ばれる湖のほとりに足を伸ばした。しかしその場所は釣り人もいない、ひっそりとうら淋しい雰囲気。この湖の番をするアサギと出会ったサトシたちは、突如湖に現れた“ならずものポケモン”シザリガーによって嫌がらせを受けて…。

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いよいよバトルドームに辿り着いたサトシたち。この地のフロンティアブレーン、ヒースは観客から熱狂的に支持されている大人気のスーパースターだった。様々な演出でショーアップされた会場の雰囲気に圧倒されるサトシ。ほのおタイプのウインディとみずタイプのラグラージのコンビで戦いを挑むヒースに対して…。

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バトルチューブを次の目的地に定め、旅を続けるサトシたち。途中、森の中で辺りに電気をまき散らす“でんきポケモン”エレキッドに出くわす。エレキッドはその強力な電気のパワーで森にいるポケモンを次々に攻撃していくのだった。暴走するエレキッドに巻き込まれたハルカは、エレキッドの頭に大事なタマゴがはさまり…。

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セキチクシティへ向かうため森を進むサトシたち。しかし森の奥は崖崩れによって通行禁止だという。一行は仕方なく進路を変えるが、突然ピカチュウが何かに導かれる様に森の奥へと入っていく。とまどうサトシたちの前に、付近を調査に来たポケモンレンジャーのヒナタが現れ、異変が起きていることを伝える。

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サトシたちはセキチクシティを目指す道中、森の中で忍者の格好をした少年、コロクと出会う。すぐに意気投合した一行は、ポケモン忍者スクールに案内され、コロクと一緒に修行をすることに。そんな中、生徒の育てたオレンの実が盗まれる事件が頻発。

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セキチクシティに到着したサトシたち一行。ハルカは到着早々はぐれてしまったゼニガメを探す最中、古ぼけた駅舎で老女クニと出会う。夫イサオが遠くの町で死んだことを理解できないまま、未だに帰りを駅のホームで待ちつづけているというクニ。二人の別れは数十年前のふとした行き違いからだった。

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バトルフロンティア制覇に向け、４個目のフロンティアシンボルをかけたバトル当日の朝がやってきた。バトルチューブへ出掛けるサトシだが、辿り着いた先はロケット団がつくった偽のバトル施設。そこでピカチュウを奪われそうになるサトシを救ったのは、この地のフロンティアブレーン、アザミだった。
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メタリカ島にある５番目のバトルフロンティア、バトルパレスを次の目的地に定め、海を横断するサトシたちの船旅がはじまった。途中立ち寄ったポプリ島で、トレーナーとポケモン同士の相性を試す行事、ポケモンオリエンテーリングの開催を知り、サトシたちはやる気満々に参加を決める。

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ポケモンコンテスト開催を知り、ポプリ島の裏側にあるモダマタウンにやって来たサトシたち。ハルカはこの大会がデビュー戦となるゴンベと初コンビを組んで、３つ目のリボンゲットを目指す。その前にまたも立ちはだかるライバル、ハーリーは真剣勝負で決着をつけると不敵な笑み。

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次のポケモンコンテストが開催されるユズリハ島に向かうサトシたち。その途中立ち寄ったカモミール島で、ジュプトルはひょんなことから“フルーツポケモン”のトロピウスと一騎打ちになるが、バトルにやぶれて負傷してしまう。そこを救ったのはジュンサーが引き連れたメガニウムだった。

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３つ目のリボン獲得を目指すハルカのため、ユズリハ島のポケモンコンテストにやってきたサトシたち。そこでハルカはライバルのシュウに憧れる新米コーディネーター、ワカナと出会う。実は彼女、シュウから一目置かれているハルカに対抗意識を持っていたのだ。いよいよ始まるコンテスト一次審査…。
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バトルパレスがあるメタリカ島に辿り着いたサトシたち。そこはジャングルが広がる自然と調和した島だった。ジュカインの復活を願ってトレーニングに励むサトシだが、未だ技の出せないジュカインは自分を責めてジャングルの中へと消える。その行方を追うサトシはスピアーの大群に襲われ、さらにピカチュウともはなればなれに。

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五番目のバトル施設、バトルパレスにやってきたサトシたち。フロンティアブレーンのウコンはなんとバトルパレス内の広々としたジャングル全体をバトルフィールドに使うのだという。この提案を喜んで受け入れたサトシだが、地形や天候など自然の力を巧みに利用した攻撃に大苦戦。

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船旅を終え、港町に着いたサトシたちは、ロケット団のたくらみで手持ちのポケモンを奪われそうになる。ゴンベの技“ゆびをふる”でなんとかピンチを脱したかと思いきや、騒動のドサクサでピカチュウ、ニャース、ウソハチ、マネネが一団とはぐれてしまう！必死で仲間をさがすサトシ＆ロケット団。

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ビルが建ち並ぶ大都会、コモダシティを訪れたサトシたちは「赤いイナズマ」の噂を耳にする。それは、赤マントで顔も体も隠し、トレーナーのポケモンに自ら技を繰り出してバトルを仕掛けてくるというのだ。ポケモンの技を使うのに、人間の言葉を話すというこの謎の怪人により、街は不安に包まれていた。

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いよいよ４個目のリボンゲットを目指し、ポケモンコンテスト アベリア大会にのぞむハルカ。大事に育ててきたイーブイの調子も上々だ。あとは大会の開始を待つばかりという時、偶然通りかかった女性がタケシのウソハチを見て、その育ての手腕をほめ讃える。彼女はポケモンブリーダーのユマと名乗り…。

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サトシたちはバトルタワーをめざす途中、山道（やまみち）で“くちづけポケモン”ムチュールに出会う。あまりの可愛さにハルカが抱き上げようとすると、林の奥から何者かが突然ワザをくり出してきた！その正体は、三体のルージュラ。あわや、バトルに突入しかけるが、ルージュラはムチュールを守ろうとしたことに気付き…。

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いよいよバトルタワーへの挑戦を目前にひかえたサトシとピカチュウは、興奮のあまりなかなか寝付けないでいた。明け方、たまらずに外へ走りに出たサトシとピカチュウは互いにバトルの勝利を誓い合う。ところがそこへ突然、野生のスピアーが襲いかかってきた！慌てるサトシたちをピンチから救ったのは…。

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バトルタワーでのリラとのバトルに一度は敗れたサトシ。悔しさをこらえきれず再戦を望むが、勢い任せなこれまでの戦い方では勝ち目がない。ポケモンの実力を引き出せなかった事を反省したサトシは、同じポケモン達で再びバトルに挑戦すべくに特訓を開始する。

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バトルピラミッドへの挑戦をめざすサトシと仲間たちは、道中の山岳地帯上空でオーロラを目撃する。それと同時にピカチュウや周囲の野生ポケモンに異変が起き、なんとモンスターボールが使用不可能となってしまう。ただならぬ様子の中、一行の前に現れたのは、かつて行動を共にしたポケモンレンジャーのヒナタだった。

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突如姿を現した、謎のポケモン デオキシスによって連れ去られてしまった、マサトとニャース。非常事態のため休戦モードに入ったサトシとロケット団は、ポケモンレンジャーのヒナタと共に仲間を救出する事に。情報によると、異常事態とデオキシスの出現は、１０年前に付近に落下した隕石と関係があるらしい。

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最後のバトル施設、バトルピラミッドへの挑戦を目指すサトシたちは、森の中でキラキラと輝く黄金のウソッキーに出くわす。この珍しいポケモンをゲットしようとするサトシだったが、うまくウソッキーに逃げられてしまう。近くの町の食堂にたどり着いた一行は、黄金のウソッキー目撃談を語ったところ…。

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ポケモンコンテスト・カジノキ大会にエントリーし、５つ目のリボンゲットを目指すハルカ。すでにリボンを５つ集め、グランドフェスティバル出場を決めたライバルのハーリーにプレッシャーをかけられ、発憤したハルカは猛練習にはげむ。一方ハーリーは、今回のコンテストに変装しエントリーしていたロケット団に近づき…。

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ライバル・ハーリーとロケット団の妨害にもめげず、コンテスト一次予選を通過したハルカ。しかし、二次審査のコンテストバトルは強敵揃いで油断できない。苦戦しつつも勝ち進むハルカだったが、ハーリー達の悪だくみはまだ終わったわけではなかった！巧妙に張りめぐらされたワナが迫るなか…。

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今日もピカチュウゲットに失敗して「やな感じー！」と飛ばされたロケット団の３人。ムサシ、コジロウ、ニャースはそれぞれのダメさ加減に愛想をつかし、ついにトリオを解散することに！ちょうどそのころ、サトシたちは道中のサビシティで行われるワンデートーナメント・ポケモンバトルに参加しようとしていた。

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バトルピラミッドを目前に、ニビシティに立ち寄ったサトシたち。久しぶりに訪れたタケシの実家のニビジムは、なぜか以前とは似ても似つかぬ悪趣味な外見になっていた。残された弟たちによれば、ジムリフォーマーと名乗る妙な業者が、タケシの両親を言葉巧みに言いくるめて、改装を始めたのだという。

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サトシ一行は最後のバトル施設、バトルピラミッドを目前にしながら、古代の地下通路に落ちてしまう。サトシが古代遺跡のワナにかかり、一行は絶体絶命のピンチにおちいるが、伝説のポケモン、レジロックを使う男によって助けられた。男の名は、ジンダイ! 彼に気のゆるみを指摘されるサトシだったが…。

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ハルカのグランドフェスティバル出場に向け、セキエイ高原を目指す一行は、農夫に追われたエイパムの群れに会う。出会い頭にサトシは帽子を、ハルカは大切なリボンケースを奪い取られてしまう。聞けば、それまでおとなしかった山のポケモンたちが、最近では果樹園の木の実を根こそぎ取ってしまい、迷惑しているという。

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サトシ一行はついに、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバルが行われるセキエイ高原にたどりついた。2度目のグランドフェスティバル挑戦で優勝を狙うハルカは気合い充分だが、出場者はみんなリボンを5つ以上ゲットした強者ばかり、さらに会場内には ライバルのシュウ、謎の黒ずくめコーディネーター…。

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ポケモンコンテスト・グランドフェスティバル・セキエイ大会の予選を無事突破したハルカ！しかし、本選ではさらなる激戦が待ち受けるのだった。特にライバルのシュウが発する気迫と、彼を古くから知るコーディネーター、サオリの実力を目の前に、たじろぐハルカ。しかし、負けてはいられない！

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グランドフェスティバルの二次審査二回戦、ハルカはついにライバルのシュウと激突する！互いにポケモン２体ずつで戦う“ダブルバトル”での対戦は、どちらも一歩も譲らないスリリングな展開に。激しくも美しい技が乱れ飛ぶ、迫力のバトルに会場は大いに盛り上がる。かつて無いほどの大接戦を制し、勝つのはハルカか？
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バトルピラミッドをめざす道中、イタズラ者のエイパムを追いかけていたサトシは、近くの村で行われる“王様”選びというイベントに出くわした。聞けば、村に伝わる王冠をみんなで奪い合い、日没の時点で手にしていた者が、次の一年間王様になれるという風変わりなもの。

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サトシたちは、フェンネル谷に向かう途中、人間の声を真似る“おんぷポケモン”のペラップと、それを追う女性、アンリに出会った。アンリはペラップを訓練して、いっしょに漫才コンビを組もうとしており、夢は漫才グランプリで優勝し、お笑い芸人になることなのだという。しかし、漫才グランプリ出場への旅に出ようとすると…。

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サトシたちは顔にキズを持つマニューラから突然の攻撃を受けた！ピウカチュウとエイパムが応戦するも、マニューラの圧倒的な強さの前に吹き飛ばされてしまい、エイパムはかなりのダメージを負ってしまう。森林警備隊のカワダに助けられた一行は、あのマニューラは群から離れた“はぐれマニューラ”で…。

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ついにフェンネル谷にたどりつき、バトルピラミッドに再バトルを挑むサトシ。しかし、ジンダイが忙しいためバトルは翌日へ持ち越しとなる。すぐ近くのポケモンセンターに向かったサトシたちは、ポケモンバトル好きなジョーイさんに歓迎される。しかもなんと、ジョーイさんがサトシの練習バトルの相手もするという！

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バトルピラミッドでジンダイに破れたサトシは、自分の戦い方に行き詰まりを感じて悩んでいた。そこへ、陣中見舞にとやって来たのはオーキド博士。博士に預けているポケモン達や、仲間からの応援メーッセジに感動するサトシ。しかし、何よりも心を動かされたのは、ライバルのシゲルが新天地に渡り…。

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ジンダイとの再戦に向け、フェンネル谷のポケモンセンターでトレーニングをするサトシたち。ところが、ポケモンセンターを一人で切り盛りするジョーイさんが突然、病気で倒れてしまい、さぁ大変!サトシたちは協力してポケモンセンターの仕事を助ける事にするが、 そのころ、近くの山道で事故が起き…。

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バトルピラミッドへの再挑戦に備え、サトシはフシギダネ、ゼニガメ、リザードンといった懐かしい仲間たちを呼び寄せた。最初に旅を共にしたポケモンたちと山ごもりすることで、初心に戻り、ジンダイ打倒のヒントを得ようというのだ。慣れ親しんだ仲間と過ごし、何かをつかみかけるサトシ。

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バトルピラミッドの再戦は４体４のバトル！サトシは、大技と小技を巧みに使いこなすジンダイを前に苦戦するが、持ち前のガッツとポケモンたちとのコンビネーションで、一進一退の攻防をくり広げる。そしてついに、互いのポケモンはラスト１体に…。そこでジンダイが出したのは、なんと伝説のポケモン、レジアイスであった！

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バトルフロンティアとグランドフェスティバルという、それぞれの目標にひと区切りつけたサトシ、ハルカたちは、故郷に帰るため港町のトネリコタウンにやって来た。港から海を渡るハルカとマサトは、サトシたちとここでお別れだ。ちょうどお祭りでにぎわう街中で、 一行は催し物のポケモンコンテストがあることを知る。

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最後のポケモンコンテスト、決勝で激突したサトシとハルカは、共にベストを尽くして戦い抜いた。驚きの決着に沸き上がる観衆、そして互いの健闘をたたえ合う二人。しかし、別れの時は刻々と迫っていた…。旅の思い出を胸に、それぞれの家路につこうとしていた一行は、意を決したハルカからある告白を聞かされる。

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