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木ノ葉隠れの里に住むうずまきボルトは、里長である七代目火影・うずまきナルトの息子。ある日、ボルトは不良に絡まれた少年・雷門デンキを助ける。忍者学校の入学式へ行く途中、ボルトはまたデンキを見掛けるが…。

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入学式当日に騒ぎを起こし謹慎していたボルトはアカデミーに初登校するが、クラスの視線は冷たかった。そんな中、ボルトは留年した年上の生徒・結乃イワベエにけんかを売られる。相手にせずにいたボルトだが…。

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ボルトのクラスのメタル・リーは、努力家で優れた体術の使い手だが緊張しやすく、誰かに注目されたりすると途端に実力を発揮できなくなる。そんなメタルに、クラスメートの奈良シカダイが心ない言葉を掛けてしまう。

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担任・油女シノの提案で、男女のチームに分かれて屋上に設置されたフラッグを奪い合うことに。早速屋上に向かう男子チームだが、女子チームに行く手を阻まれて大苦戦。ボルトは授業で見た口寄せの術を試すが…。

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ボルトのクラスに、音隠れの里から転入生がやって来た。ミツキというその少年は、組み手の授業でイワベエを圧倒し、難問をあっさり解くなどただならぬ才能を見せる。そんな中、校内である騒ぎが起こり…。

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担任のシノに呼び出されたボルト、シカダイ、ミツキ。いつもと様子が違う担任をいぶかしむ彼らに、シノが突然襲い掛かる。容赦ない攻撃にボルトたちが翻弄される中、ミツキだけは冷たい表情でシノを見つめていた。

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最近、謎の相手からの熱視線を感じているチョウチョウは、相手を捕まえてやろうと息巻く。ついに犯人の隠蓑マギレを捕まえるが、マギレはクラス委員長・筧スミレのことが好きで、ずっと彼女を見ていたのだった。

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ボルトにしか見えない歪んだチャクラの影に操られた人々が急に暴れ出す異変は、里中に広がり始めていた。ある晩、ボルトは謎の人物から不思議な瞳術を与えられる夢を見て、母の一族の能力が覚醒したと騒ぐが…。

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父や祖父が見守る中、叔母のハナビと手合わせすることになったボルト。父に認めてもらおうと果敢に戦うが、白眼を発動させることができない。あのチャクラのような影は錯覚だったのではないかと思い始めるが…。

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自分にだけ見える謎の影に「ゴースト」と名付けたボルトは、シカダイやミツキと共に「ゴースト事件」を解決しようと張り切る。一方、かつて特殊部隊に所属していたサイは、火影の命令で同じ事件を調べていたが…。

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職場見学中にゴースト事件に巻き込まれ、スミレたちがけがを負う。ボルトは自分なら未然に防げたかもしれないと悔やみ、事件解決を改めて決意する。そんな中、シカダイとミツキがある可能性に気付き…。

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あれほど里を騒がせていたゴースト事件が、どういうわけかピタリと止まった。ボルトたちは不思議に思うが、ミツキだけは何かを知っている様子。当のミツキは、最近自分に起こった変化に戸惑っていた。

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ミツキから話を聞いたボルトは、新たな事件の発生を防ぐため、そして犯人にこれ以上罪を重ねさせないためにひた走る。一方、事件の首謀者を知った七代目火影・ナルトたち里の幹部は、その正体に衝撃を受ける。

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今回の事件の首謀者は、木ノ葉隠れの元幹部・志村ダンゾウの遺志を受け継ぐ者だった。不思議な「眼」の力で異世界へ入ったボルトは、「牛頭天王」による里の壊滅を狙う相手を前に、必死の説得を試みるが…。

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ゴースト事件が解決し、あの時ボルトに発動した謎の力が再び目覚めることはなくなっていた。大人たちが事後処理に追われる中、里にもアカデミーにも日常が戻りつつあったが、ボルトたちには一つ気掛かりなことが…。

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アカデミーの定期試験が近づき、準備を始める生徒たち。デンキはチャクラを使った壁登りに苦労し、イワベエは教科書の内容が理解できずにいた。そんな2人のため、ボルトたちが修行や勉強に付き合うが…。

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母・サクラに代わり、入院中の女の子にお気に入りのぬいぐるみを届けることになったサラダ。ところが、うっかりして「雷車」の中にぬいぐるみの包みを忘れてしまい、慌てて後を追い掛けることに。

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ボルトの妹・ヒマワリが風邪を引き、うずまき家は大慌て。ボルトは、前にもヒマワリのせいで大変なことがあったと思い出す。それは、父・ナルトの火影就任式の日のこと、ヒマワリが白眼を覚醒させて…。

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いたずらをして父親に追い掛け回されるボルトの姿を見たサラダは、物心ついた時から会ったことのない父・サスケのことを思い、寂しくなる。そんな中、サスケと若い女性が写った写真を見たサラダはある疑惑を抱き…。

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極秘任務で各地を旅しているサスケから、うちは一族特有の血継限界「写輪眼」を持つ者の情報を受け取ったナルトは、急ぎサスケに会うことにする。二人が会うことを知ったサラダはチョウチョウと共に後を追うが…。

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父・サスケのいる「峠塔」にたどり着いたサラダだが、やっと出会えた父の思いもよらない行動と言葉に深く傷ついてしまう。父と娘の気まずい雰囲気の中、ナルトとチョウチョウが何とかしたいと考えていると…。

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シンの術によってサクラが連れ去られ、呆然とするサラダ。ナルトの能力を使っても居場所が掴めない中、サスケはシンの腕に埋め込まれた無数の写輪眼に注目。一同は禁術の研究をしている大蛇丸の研究所を訪れる。

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サクラの救出を決意したサラダは、サスケやナルト、チョウチョウと共にシンの下へ向かう。苦戦しながらサクラの下へたどり着いたサラダは、ずっと離れているのに信頼し合っているサスケとサクラの姿を不思議に思う。

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会談のため、忍五大国にある忍者の里の長たち「五影」が集まることになり、木ノ葉隠れの里は大賑わい。そんな中、ボルトはいつもよりも厳重な警戒をかいくぐって、火影岩への落書きを成功させようと考える。

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アカデミー初の試みとして、修学旅行で「水の国」にある「霧隠れの里」へやって来たボルトたち。優秀な忍者・枸橘の案内で里を見て回ることになったボルトたちは、近代的な里に魅せられるが…。

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かぐらと六代目水影・長十郎の案内で霧隠れのアカデミーを見学することになったボルトたち。里では剣術に力を入れていて、迫力の授業風景に興奮するボルトを見た長十郎は、かぐらとの手合わせを提案するが…。

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かつてかぐらと一緒にアカデミー時代を過ごした蜂谷釣糸が、目ざわりなボルトたちを誘い出すためデンキをさらった。かぐらと共に蜂谷の下へ向かったボルトたちは、一斉に襲い掛かって来る相手と戦うことに。

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ボルトたちと出会ったことで迷いの晴れたかぐらが、長十郎からヒラメカレイを受け継ぐことを決意。嬉しそうにそのことを話すかぐらとボルトだが、そこへ平和な忍世界を快く思わない干柿屍澄真が現れる。

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かぐらによって保管庫が開かれ、屍澄真たちが里に伝わる妖刀を手に入れた。霧隠れをかつての血霧の里に戻すため、新たな忍刀七人衆による反乱が始まる。一方、ボルトはサラダと協力してかぐらを助けようとする。

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長十郎の案内で、ボルトとサラダが「新・忍刀七人衆」を名乗る屍澄真たちの下にたどり着いた。だが、屍澄真の術によって視界は遮られ、3人は分断されてしまう。サラダは女忍者・黒鋤文淡と戦うことになり…。

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友達としてかぐらを連れ帰ろうとするボルト。だが、かぐらはそれを拒否しボルトに斬り掛かってくる。呪縛に再び囚われた友達を救いたいボルトだが、かぐらは自分を惑わす屍澄真の言葉に逆らうことができず…。

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修学旅行が終わり、ボルトたちが木ノ葉隠れの里へ帰る日が来た。水影である長十郎も見送りに訪れるが、そこにかぐらの姿はない。無事我が家に帰り、ほっとするボルト。ところが、妹のヒマワリの様子がおかしく…。

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小さい頃から絵を描くのが好きだったいのじんの得意忍術は、絵に「命」を吹き込む「超獣偽画」。ところが突然、この術が使えなくなってしまう。困惑したいのじんは同じ術を使う父・サイに相談するが…。

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ボルトは幻の魚・エイエンゴイを釣り上げるため、クラスメートたちとキャンプにやって来た。卒業を控え、これがみんなで集まる最後の機会になると考えるボルトは、何としてもエイエンゴイを釣り上げようとするが…。

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卒業試験前に、それぞれの進路を確認する三者面談が行われることに。だが、「忍術科」で成績優秀なボルトは授業で苦労したこともなく、「忍者」になることに特にこだわりもなく過ごして来たことに気付く。

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いよいよ卒業試験が始まった。第一関門の筆記試験を終えたボルトたちは、次に実技試験に臨むことに。その内容とは、先代、六代目火影・カカシとアカデミーの先生たちを相手に行う実戦形式の「鈴とり」だった。

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試験官のカカシに戦いを挑んだボルトだが、動きを封じられたうえ、自分だけでなくクラスの仲間たちまで非難され悔しさでいっぱいになる。そこへ合流したクラスメートたちの手助けでボルトはカカシから逃れるが…。

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晴れて見習い忍者「下忍」としての第一歩を踏み出したボルトたちは、任務を行うための基本チームを組むことに。班分けはそれぞれの能力や相性によって行われるが、ボルトとサラダはその結果に不満で…。

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元は音隠れ出身だが、ボルトたちと出会い、木ノ葉隠れの忍者となることを決めたミツキ。そのミツキはかつて、全ての記憶を奪われ、自分が何者なのかも分からないまま、見知らぬ研究所で目覚めたことがあった…。

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「第七班」としてスリーマンセルのチームを組むことになったボルト、サラダ、ミツキが、上忍の猿飛木ノ葉丸の指導の下、初任務に就くことに。ところが、その任務は予定よりも厳しく難しいものだった…。

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盗賊を装った忍者に伎璃がさらわれた。本来、下忍であるボルトたちにはほかの忍者と戦うような任務は与えられないが、村人の依頼と木ノ葉丸の判断で、第七班の任務は「盗賊撃退」から「伎璃の救出」に変更される。

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初任務以来、任される任務は地味で簡単なものばかりだと不満気なボルト。そんなボルトと第七班に「銀行立てこもり犯人を捕まえろ」という任務が言い渡された。久しぶりに派手に活躍できると張り切るボルトだが…。

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木ノ葉隠れの里で、「白夜団」の仕業と思われる事件が起こった。義賊とはいえ、里を荒らす彼らに嫌悪感を抱くボルトはシカダイに同意を求めるが、シカダイは「善意で計れないこともあるのでは」と答える。

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木ノ葉隠れの里での白夜団の活動が活発化。義賊として彼らを英雄視する人々も現れるが、ボルトはどうしても納得できない。里の警戒も厳しくなる中、シカダイはリョウギという少年と出会い仲良くなる。

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「将棋」を通して知り合い、「友達」になったシカダイとリョウギ。ところが最近、リョウギが待ち合わせ場所に姿を現さなくなった。シカダイは最後に会った日のリョウギの態度が気にかかり、ひとり悩んでいた。

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白夜団がけしかけたことにより、デンキの父の会社「雷門カンパニー」を批判するデモが拡大。混乱を鎮めるため、下忍を含めた里の忍者たちに招集がかかる。そんななか、配置図を見たシカダイはあることに気付き…。

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里がデモで混乱するなか、忍者の道具「科学忍具」の研究と開発を行う遠野カタスケの研究所が白夜団に襲われる。白夜団は開発中の科学忍具を強奪して逃走。シカダイとボルトは逃走中の白夜団を追い詰めるが…。

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上忍の伊勢ウドンが担当する「第五班」のイワベエ、デンキ、メタルの三人に、火影直々の推薦で、「減少するアカデミー忍術科の生徒を増やすPRのためのドキュメンタリー番組に出る」という任務が言い渡される。

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ボルトの叔母・日向ハナビが担当する「第十五班」は、スミレ、ワサビ、なみだの女子3人チーム。その第十五班に、「何者かに開けられた自然公園内の檻から逃げ出した動物たちを捕獲する」という任務が言い渡される。

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各隠れ里から有望な「下忍」を集めて競わせ、その資質を見極める「中忍選抜試験」。幼い頃から共に任務をこなしてきた木ノ葉丸、ウドン、風祭モエギは、試験を前に、自分たちが指導している下忍のことを考えていた。

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若い下忍たちに父とのことで心ない言葉をかけられ、さらに自分の誕生日を父親にすっぽかされたボルトは、イラ立ちと寂しさを募らせていた。そんななか、ボルトたち第七班に強盗一味を捕まえる任務が言い渡される。

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雷車強盗一味が隠れていた廃坑を調べるボルトたち第七班。そこで一同は、高い戦闘力を持つ異形の“白ゼツ”に襲われる。今後のためにも遺跡を詳しく調べる必要があると考える第七班は、協力して白ゼツに立ち向かう。

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中忍試験が近づいていた。火影を目指すサラダはもちろん、シカダイたち猪鹿蝶トリオやほかの下忍たちも受験に意欲を見せるが、なぜかボルトだけは受験を拒む。そんななか、ボルトの妹・ヒマワリが誕生日を迎える。

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妹の誕生日まで台無しにした父への怒りが収まらず、直談判に向かう途中、サスケと出会ったボルト。ボルトは怒りに任せてサスケに攻撃を仕掛けるが、すぐ取り押さえられてしまう。サスケの強さを実感したボルトは…。

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何とか螺旋丸を完成させ、サスケの弟子となったボルトの修行が始まった。だがサスケは、父親の鼻を明かすことばかりを考えているボルトに厳しい。そんななか、イワベエやスミレたちが中忍試験を受けることを決める。

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いよいよ始まる中忍試験に向け、木ノ葉隠れの里に各里から期待の下忍たちが集まってきた。手強そうなライバルたちの登場に下忍たちが互いを探りあうなか、中忍試験の第一関門、ついに一次試験が始まる。

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一次試験が終わり、続く二次試験ではスリーマンセルによる“旗の取り合い”が行われることに。サラダやミツキが敵陣地に旗を奪いに行く間、ボルトはひとりで旗を守るが、霧隠れの撰歌三兄弟から一斉攻撃を受け…。

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なんとか二次試験をクリアしたボルトは、いつも忙しい父がわざわざ家に帰り、祝いの言葉をかけてくれたことが嬉しくて仕方ない。そしていよいよ三次試験。ボルトはトーナメント制の個人戦に臨む。

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チョウチョウVS砂隠れのシンキの試合が始まった。下忍とは思えない落ち着きと怖さを持つシンキに、珍しく本気を見せるチョウチョウ。戦いを見守る仲間の中には、次の試合で戦うことになるボルトとシカダイもいた。

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トーナメント戦もいよいよ大詰め。サラダVS砂隠れのアラヤ、ミツキVS砂隠れのシンキの対戦が始まる。サラダは得意の手裏剣術と写輪眼で攻撃を仕掛けるが、アラヤは動じずに攻撃をかわしサラダを追い詰める。

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トーナメント決勝戦。ここまで勝ち進んだボルトとサラダ、シンキによるバトルロイヤルが始まった。砂隠れでただひとり勝ち残ったシンキは、木ノ葉隠れのボルトとサラダに攻撃を仕掛ける。これに対しボルトたちは…。

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トーナメント会場に突如、大筒木一族のモモシキ、キンシキ、ウラシキが現れる。父・ナルトを狙うモモシキに向かって、科学忍具を使い次々と術を放つボルトだが、それらはモモシキの輪廻眼に吸収されてしまう。

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大筒木一族から人々を守ろうと、全力で戦ったナルトの姿が消えた。人々を想う父の強い心と自分の無力さを実感したボルトは、仲間たちが救護を手伝う姿を前にし、「忍者失格だ」という父の言葉の意味を痛感する。

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モモシキへの雪辱を果たし、連れ去られた父を助け出すため、ボルトはサスケや里長たちと異界へとやって来た。激闘のなか、今まですれ違ってばかりだったボルトとナルトは、やっとお互いに向き合うが…。

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ボルトが見守るなか、さらなる力を得たモモシキと、ナルト、サスケの戦いが始まった。かつて、モモシキと同じ大筒木一族のカグヤを倒した“英雄”2人が、その凄まじい強さでモモシキを追い詰めるが…。

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ナルトたち里の幹部が、大筒木一族による木ノ葉隠れ襲撃の最中に行方をくらましたウラシキの動向を気にかけるなか、里の生活は徐々に日常に戻りつつあった。一方ボルトは、モモシキの予言が気になっていて…。

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シカダイたち猪鹿蝶トリオの紅一点・チョウチョウは、秋道一族ならば当たり前のぽっちゃり体型でおいしいものが大好き。とはいえ、やっぱりお年頃。そろそろイケメンの彼氏が欲しいし、体型も気になるところで…。

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第七班と第十班が任務で訪れたドラマの撮影現場が、ガスマスクをつけた忍者に襲われ、その場にいた女優の1人がけがを負った。主演のトマルの指名で彼女の代役を務めることになったのは何とチョウチョウで…。

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ドラマの撮影中、先日のガスマスク姿の忍者がまたもや現れ、トマルを連れ去り身代金を要求してきた。いろいろあったものの、トマルのことが心配でたまらないチョウチョウは、上忍がいたなかでの失態に苛立つ。

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メタルが父であるロック・リーから、体術の究極奥義“八門遁甲”を会得するための修行をつけてもらうことになった。大切な修行で失敗しないようにと、メタルは緊張を和らげるためのアイテムを手に入れるが…。

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大筒木一族の襲撃後、初めての“五影会談”が“木ノ葉隠れの里”で行われることになり、現“五影”のほかに、先代の“影”たちも集まった。ところが会談に出席予定の先代・三代目土影・オオノキが現れず…。

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木ノ葉隠れの里への出入り口を警備していた忍者たちが何者かに襲われ、ミツキが姿を消した。そんなこととは知らないボルトとサラダは、任務が中止になったことを伝えようとミツキの自宅を訪れる。

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里が厳重警戒態勢に入るなか、ミツキを捜し出すためひそかに里を出たボルトとサラダは、ミツキの手掛かりを求めてミツキの“親”である大蛇丸の研究所へ向かう。見張りの隙をついて忍び込んだボルトが見たものは…。

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ミツキの手がかりを求め、大蛇丸から聞いた“龍地洞”に住む“白蛇仙人”のもとを訪ねることにしたボルトとサラダの前に、モエギ率いる第十班が立ちふさがる。第十班はボルトたちを何としても連れ帰ろうとするが…。

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白蛇仙人に会うため龍地洞を目指すボルトたち。だが、どこにあるのか、どんなところなのかもわからない場所を見つけ出すのは簡単ではない。疲労も空腹も限界に達した頃、ボルトたちの目の前に龍地洞が現れ…。

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白蛇仙人も手を焼く乱暴者の大蛇ガラガから“逆鱗”と呼ばれるウロコを奪い取ってくるよう言われ、龍地洞の中を進むボルトたちだが、目の前に現れたガラガの巨体と凶暴さに圧倒され、ピンチに陥ってしまう。

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何としても逆鱗を手に入れるため、協力してガラガを追い詰めようとするボルトたち。だが、相手を石に変えてしまう力を持つガラガに苦戦する。戦いの最中、ボルトたちはガラガの動きにある違和感を覚え…。

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「岩隠れの里」の忍者・コクヨウやセキエイらに連れられ、木ノ葉隠れの里を出発したミツキは、彼らの故郷「土の国」を目指していた。一方、白蛇仙人の力によってミツキの情報を手に入れたボルトたちも動き出す。

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ミツキを追うボルトたちの前にコクヨウが立ちふさがった。強くなることだけを求めるコクヨウは、木ノ葉隠れの里が放った上忍たちをも倒し、一方的にボルトたちを追い詰める。そこへ頼れる助っ人が現れて…。

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自分を連れ帰ろうとするボルトたちと里には帰らず、ミツキはそのままコクヨウたちと行動を共にする。そんななか、セキエイの体の具合が悪くなる。苦しむセキエイは、ミツキに「人間について教えてほしい」と言う。

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ミツキを連れ戻すことができないままボルトが負傷し、ボルトとサラダはシカダイたちと一旦避難する。安全のため、付近の様子を探りに行くいのじんとチョウチョウは、その途中でおかしな生き物（？）になつかれる。

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緊急事態が起きた時のためにいのじんを残し、岩隠れの里を目指すことにしたボルトたちは、五影会談の時に知り合った先代の土影・オオノキを頼ることに。何とかしてオオノキの居場所を探ろうとするが…。

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やっとのことでオオノキのところにたどり着いたボルトたちだったが、なぜかオオノキに協力を拒まれてしまう。それだけでなく、突如現れた“芥”たちと「空」と呼ばれる人物の襲撃によって離れ離れとなり…。

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空たちの襲撃を受けバラバラになったボルトたちは、それぞれいのじんが待つ集合場所に向かう。ところが、オオノキを連れて集合場所を目指すことになったボルトが、岩隠れの忍者たちの修行場へと迷い込み…。

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結界から抜け出すため、必死で心の石を探すボルトだが、石はなかなか見つからない。そこへ、先日の中忍試験に来ていた岩隠れの下忍“玄武三人衆”の1人・セッキが現れる。セッキも自分自身の心の石を探しており…。

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何とか修業場の結界から抜け出すことができたボルトは、オオノキに連れられてある場所を訪れる。オオノキにとって特別な場所であるここで、オオノキはボルトに、自分自身が願う未来の実現について語って聞かせる。

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ボルトとオオノキのもとにコクヨウやセキエイの仲間・カコウが現れた。空の指示でオオノキを迎えに来たカコウを相手に戦うことになるボルト。しかし、珍しい“塵遁”を使うカコウに苦戦を強いられる。

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拘束されたボルトたちとオオノキが里の中心部に戻るが、里は空たちに制圧され変わり果てていた。絶句し、空たちをとがめるオオノキだが、空はオオノキには従わず、コクヨウや彼らの仲間がボルトたちに襲いかかる。

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シカダイたちと別れたボルトとサラダの前にキララが現れた。幻術を得意とするキララは、サラダが“写輪眼”を使う間も与えず、ボルトとサラダをキララの思い通りに動く“人形”にし、互いに殺し合うよう命じる。

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ミツキから突然攻撃され、大きなダメージを負った空が、その場から逃げ出した。空を追うボルトとサラダだが、ボルトたちの行く手をキララが阻む。一方、一部始終を見ていたセキエイは混乱してしまい…。

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ボルトたちの前に再び空が現れた。何があってもミツキを信じようとするボルトを嘲笑した空は攻撃を仕掛けようとするが、それを止めたのは…。その頃オオノキは、何とかして空のもとへとたどり着こうとしていた。

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ボルトたちがミツキとともに木ノ葉隠れの里に帰ってきた。だが、今回の事件に自らの意志で関わり、事情を知らないボルトたちを巻き込むことになったミツキはひとりだけ隔離され、長時間の事情聴取を受けることに。

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木ノ葉隠れの里に“親子の日”という祝日が設けられた。忙しい親が子供と一緒に過ごせるようにと設けられた休日で、ボルトも妹のヒマワリも期待に胸を膨らませる。当日、父のナルトが帰ってきて嬉しいボルトだが…。

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“親子の日”の特別企画として里の人気食べ物店が共同で開催する、親子参加の“大食い大会”の会場にやってきたボルト。だがこの催しには、参加者たちも知らない主催者側のとんでもない策略が隠されていて…。

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“親子の日”のイベントでにぎわう里を1人で散策するボルト。その途中ボルトは、久しぶりに里に帰ってきた師匠のサスケと出会う。“親子の日”について聞いたサスケは、サラダと一緒に過ごすことにする。

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第十五班のなみだは、大音量の“泣き声”で相手の聴覚を麻痺させたり、失神させる特別な術が使える。だが術をうまく制御できず、このままでは任務に支障を来たすと、なみだは“泣く”ことをやめると決意する。

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シカダイに一族の長老から、奈良一族の名を上げるために忍者を辞めて政治家になれとの話があった。戸惑うシカダイだが、長老から口うるさいことを言われている父・シカマルの立場も考え、この話を受け入れることに。

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“火の国”の外れの村で、村人が凶暴化した鳥に襲われる事件が起き、ボルトたち第七班とスミレたち第十五班が共同で調査任務に就くことに。だがボルトたちには、鳥たちの身に何が起きているのかわからず…。

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村人たちの証言を頼りにたどり着いた場所で、ボルトとサラダは、以前サラダが大蛇丸の研究所で出会った重吾の姿を見つける。だが重吾は“呪印”の影響を受け凶暴なバケモノへと変貌し、襲いかかってくる。

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原因不明のまま呪印の力に支配された鳥が次々と発見され、ボルトたち第七班は鳥類学者のトサカや、呪印の力を吸収することができる重吾と共に奔走していた。そんななか、鎮静剤が全て紛失する事件が起きる。

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呪印によって凶暴化した鳥たちのことを調べていた“川の国”の調査団に重吾が捕らえられてしまった。ボルトたちはこれ以上呪印の被害を増やさないためにも、重吾の力が必要だと訴えるが、取り合ってもらえず…。

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呪印の力を利用する計画を、手分けして阻止することにしたボルトたち。ところが、重吾のもとに向かったボルトと水月がわなにはまりピンチに。一方、陽動作戦に出たサラダと香燐が敵と交戦し。苦戦を強いられる。

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呪印の力を活性化する薬の影響に苦しむ重吾を助けたいボルトと水月だが、鎮静剤を盛られたせいで動くことができない。そんななか、渡り鳥の旅立ちの時が訪れ、呪印の力を宿した鳥たちが飛び立とうとしていた。

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正体不明の宝石泥棒を捕まえる手伝いをすることになったボルトたち第七班。ところが追跡中、すんでのところで犯人を見失ってしまう。そのかわりに（？）目の前に現れた1匹の猫を、ミツキがしばらく飼うことに。

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ミツキが体の不調を訴え、大蛇丸の研究所にやってきた。大蛇丸とログは原因を探るためミツキから話を聞くことに。ミツキの話によると、以前は“夢”を見なかったのだが、最近よく“夢”を見るようになったそうで…。

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木ノ葉丸の従妹・猿飛ミライが、先代である六代目火影カカシとその友人でライバルのガイを護衛して、温泉地をめぐることになった。慰安旅行に見せかけた重要な任務と推測したミツキは、功績を挙げようと張り切る。

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“火の国”と“湯の国”の国境付近にある温泉街にやってきたミライたちだが、任務中は温泉でゆっくりすることもできない。そんな折、この温泉街で“犬猫祭り”もしくは“猫犬祭り”と呼ばれる祭りが行われることに。

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ミライは宿まで荷物を届けてくれたガイの元教え子・テンテンと温泉で疲れを癒やしていた。ところが、ガイが「幽霊が出た！」と大騒ぎ。呆れるミライだが、カカシによるとおかしなできごとも起こっているらしく…。

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任務中、母の供養のために温泉めぐりをしている少女・タツミと出会ったミライは、一緒に旅をすることに。そんな一行は“秘湯”と呼ばれる温泉がある村を訪れるが、肝心の“秘湯”は巨岩の下敷きになっていた。

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タツミが突然「“死者に会える温泉”がある」と言い出した。彼女の目的は母の供養ではなく、その温泉で亡くなった母にもう一度会うことだった。彼女に気持ちを突き動かされたミライは、その温泉に行くことにする。

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任務中、無断でタツミと宿を出たミライは、たどり着いた温泉で「亡くなった人に会いたい！」と願う少女たちに出会う。彼女たちと共に、“死者を蘇らせる術”を会得したという龍奇と対面するミライだが…。

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木ノ葉隠れの里の里長、火影として忙しい日々を送るナルトは、相談役のシカマルと共に中忍試験の結果の検討に悩んでいた。ひとりひとりが真剣に試験に取り組んでいたことを思うと、納得のいく結論にたどり着けず…。

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シカダイを隊長に、ボルト、イワベエ、ワサビが臨時でチームを組むことに。4人に伝えられた任務は、「決まったわずかな時間しか咲かない珍しい“花”を摘んで持ち帰ること」。簡単な任務のはずだったが…。

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歴代の有名な“忍び”をモチーフにしたカードゲーム“激・忍絵巻”、通称“ゲマキ”のカード集めに躍起になっているボルトたち。そんななかボルトたちは、まだカード化されていない隠れた実力者の存在に気づく。

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フリージャーナリストのスケアに変装し、郵便局にやってきたカカシ。実はカカシは、郵便局の仕分けを手伝う任務についている“第二十五班”の様子を見にきたのだった。だが、班のチームワークはバラバラで…。

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ある日、ボルトと木ノ葉丸は、何者かに追われていた若い女性・宵村レモンを助ける。観光のため木ノ葉隠れの里を訪れたというレモンから話を聞いたボルトと木ノ葉丸は、護衛も兼ねてレモンと里を散策することに。

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ボルトと木ノ葉丸が、先日出会った女性・レモンが住む村を訪れた。ところが、レモンは先日とは打って変わった様子。実はレモンは、“走馬”というバケモノから代々村を守ってきた一族の末裔で…。

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カンキツのことを調べていた木ノ葉丸が捕まり、木ノ葉隠れの里へ強制的に送り返されることに。木ノ葉丸と別行動を取っていたボルトは、何事もなかったようにカンキツがひとりでいるのを見て嫌な予感を覚え…。

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木ノ葉丸が、“走馬”に奪われた記憶を取り戻したボルトと共に、再びレモンを救うために動きだす。ところが一足遅く、封印を解かれた“走馬”が復活を遂げる。ボルトと木ノ葉丸は何とかして止めようとするが…。

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中忍試験の折、サスケの弟子になったボルトだったが、留守がちでなかなか修行をつけてくれない師匠の帰りを待ちわびていた。そんな時、里にサスケから伝言が届く。こっそり内容を盗み聞きしたボルトは…。

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サスケのもとにたどり着いたボルトの目の前で、大筒木一族のウラシキが使う不思議な力によってサスケの姿が消えた。サスケは、風影・我愛羅やその養子シンキらとともに、ウラシキと戦っている最中だった。

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我愛羅の兄・カンクロウをリーダーに、守鶴を守りながら木ノ葉隠れの里を目指すボルトとシンキ。しかしその途中、大筒木一族が造った傀儡が現れる。相手が強敵だと感じ取ったカンクロウは、ひとりで敵に立ち向かう。

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風影から重要な役目を任されているにもかかわらず、反発しあうボルトとシンキはついに別行動を取ることに。そんななか、シンキの前に大筒木一族の傀儡が現れる。1人で戦闘に臨むシンキだが、苦戦を強いられ…。

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シカダイ母子と別れたボルトとシンキは、託された役目をやり遂げるため、2人で木ノ葉隠れの里を目指していた。そんななか、守鶴の行方を突き止めたウラシキが立ちふさがる。ボルトたちは何とか追跡を逃れるが…。

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作戦を実行したボルトたちだったが、ウラシキに追いつかれてしまう。守鶴のチャクラを手に入れようと容赦ない攻撃をしてくるウラシキに立ち向かうため、ボルトとシンキはそれぞれ得意な術を駆使して共闘するが…。

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ボルトたちが木ノ葉隠れの里に連れてきた守鶴が、しばらくうずまき家で過ごすことに。ウラシキの目を逃れるため、小さな茶釜に入ったままうずまき家を訪れた守鶴を見たヒマワリは、すっかり気に入った様子だが…。

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父・ナルトのかつての師匠・自来也の話を聞いたボルトは、自来也について知りたくなる。そんななか、師匠のサスケに修行をつけてもらおうと、うちは家を訪ねたボルトがサラダにそのことを話すと…。

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尾獣のチャクラを狙うウラシキが木ノ葉隠れの里を襲撃。多くの忍者がチャクラを奪われ戦闘不能に陥った。下忍たちにも任務が与えられるが、先日ウラシキと接触し命を狙われたボルトには任務に出る許可が下りず…。

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ウラシキを追う途中、大筒木一族が使う奇妙な道具の力に巻き込まれたボルトとサスケは、ボルトが生まれるずっと前、“過去”の木ノ葉隠れの里にやってきた。だが、そこにウラシキの姿はなく…。

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ボルトとサスケは、少年のナルトや自来也の監視のもと木ノ葉隠れの里で過ごすことに。ところがサスケと自来也がどこかに行ってしまい、ボルトはナルトとふたりきりに。何となく居心地の悪さを感じるボルトだが…。

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ナルトが秘める“九尾”のチャクラを奪うため、ついにウラシキが少年のナルトの前に現れた。ところがなぜかチャクラを奪えず、ウラシキはナルトを連れ去る。ボルトとサスケは自来也と共にウラシキを追うが…。

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自来也の提案で、ボルトと少年のナルトが“お互いのチャクラを同調させる修行”をすることに。ところが思った以上に難しく、なかなか先に進まない。さらに、ふとしたきっかけで2人は気まずくなってしまい…。

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自来也からの課題をやり遂げるため、ボルトと少年のナルトは再び修行を開始。徐々に成果も出始め嬉しい2人だが、そんななかボルトは思い切ってナルトに、仲間だったサスケがなぜ里を抜けたのかを聞くことにする。

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“九尾”のチャクラを狙うウラシキから少年のナルトを守るため、再び激闘を繰り広げるボルト、サスケ、自来也。だが4人は、「未来を見通せる」と豪語し、どんな攻撃でも見切ってしまうウラシキに追い詰められる。

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ボルトの機転でウラシキの「未来を見通す」からくりは暴かれ、何とかダメージを与えることに成功したボルトたち。だが、再び立ち上がったウラシキがさらなる奥の手を繰り出し、またもや窮地に立たされることに。

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ウラシキとの死闘を終え、ボルトとサスケが本来いるべき場所へと帰る時がやってきた。共に戦った自来也や少年時代のナルトとの別れを惜しむボルトだが、そんななか、自来也は、サスケにあることを依頼する。

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スミレが念願の“科学忍具班”に行くことになり、ワサビとなみだだけになった第十五班。新しいメンバーとして、“侍”と呼ばれる者たちが暮らす“鉄の国”から来た少女・鉄（くろがね）ツバキが入ることに。

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ボルトの祖父・ヒアシの誕生日が近づき、身近な家族でお祝いをすることに。孫としてプレゼントを用意することになったボルトだが、祖父がどんなものを喜んでくれるのかがわからない。仕方なく日向家を訪ねるが…。

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第四十班として日々任務に励む呉越ドウシュ、糸井つる、鬼熊えんこは、ボルトの元クラスメイトで同期の下忍。鬼熊えんこは、幼い頃に呼び寄せた口寄せの獣にとりつかれ、凄まじい力を発揮できるようになったが…。

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母・いのが使う“心転身の術”を会得しようと両親に相談するいのじん。チョウチョウにも手伝ってもらい、早速修行をすることになる。父のサイも見守るなか、母との修行を開始したいのじんだが…。

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“草隠れの里”が管理する脱獄困難な刑務所“鬼灯城”に、ボルトとミツキが送られることに。2人はそこで凶悪な盗賊集団“狢（ムジナ）強盗団”を裏切って逃げ出したコクリと接触し、彼を刺客から守る任務に就く。

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コクリを守るため、何とかして同じ監房に入ることができないかと考えるボルトたち。ところが、看守長のベンガにそれを阻止されてしまう。困ったボルトたちは、ベンガの弱みを握るため情報を得ようとするが…。

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医療監房への部外者の侵入を防ぐために用意された“木札”が何者かに盗まれたことがわかり、看守たちによる犯人捜しが始まった。囚人は同房に犯人がいた場合、連帯責任としておのおの懲罰房に送られることになる。

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コクリの護衛を始めて数日、ボルトたちは何とか順調に任務を進めていたが、コクリが何か隠し事をしている気がして仕方がない。そこで、「コクリは信用できるのかを確かめる」というもうひとつの任務を進めることに。

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コクリが「第二鬼灯城」に移送されることが決まってしまった。このままコクリが移送されれば護衛任務ができなくなると考えたボルトたちは、その前にコクリを連れて脱獄しようと計画を立てるが…。

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脱獄準備を整えているはずのサラダから合図がないまま、脱出用の船の到着時間が迫っていた。この機会を逃せば計画は台無し、中止するわけにはいかないと考えるボルトは、サラダを信じ、計画を進める決意をする。

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船を待つボルトたちの前に、「狢強盗団」No.2の実力を持つといわれるツキヨが立ちはだかる。コクリを守るために戦うボルトたちだが、相手の影を操り分身として戦わせるツキヨの「月影の術」に苦しめられる。

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大筒木一族のモモシキを倒したボルトの掌に現れた不思議な“印”。久々にその時のことを夢に見たボルトは、気になってしまい任務に集中できずにいた。そんなある日、ボルトは火ノ国の大名の息子・テントウに出会う。

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新たな任務としてボルトがテントウの護衛をすることに。「ゲマキ」集めに夢中のテントウは、忍者に興味を持つようになったと言い、ボルトに忍者の修行をつけてくれと頼む。早速手裏剣の使い方を教えるボルトだが…。

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テントウの護衛任務を終え、サラダやミツキと共に新たに高難度の“Bランク”任務に就くことになったボルト。大張り切りのボルトだが、ポケットの中から欲しかった“ゲマキ”のレアカードを見つけ…。

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テントウの救出に駆けつけたボルトの前に、貉強盗団の頭領・ショジョジが立ちふさがった。ボルトは、姿形だけでなく、記憶や能力まで奪うショジョジの「屍分身の術」を避けながらテントウを守って戦うが苦戦し…。

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「医療忍術」の講習会が行われることになり、各班から代表1人が講習に参加することになった。第七班からはサラダが参加することになるが、医療忍術があまり得意ではなく、上達もしていないサラダは焦ってしまう。

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“科学忍具班”に異動になったスミレに代わり、第十五班に“鉄の国”から来たツバキが加わった。だが、任務の成績は思ったよりも振るわず…。そこで、ツバキの提案により、誰が一番活躍できるかを競い合うことに。

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将来の夢がたくさんあるヒマワリが“忍者学校”の一日体験会に参加することに。だが、ヒマワリはすでに将来忍者になることを決めている参加者の海苔巻エホウから、興味本位で体験会に参加したことを批判されて…。

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ある雨の日、ネコのミカヅキに導かれ、けがを負った男を助けたミツキ。ミカヅキに懐かれた男は木ノ葉隠れの里で働く妹に会いにきたと言い、ミツキとも親しくなる。そんななか、第七班は護衛任務の協力を頼まれる。

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父・チョウジとの修行を終えたチョウチョウが、父子で甘味処へとやってきた。ところが、小豆を使った甘味は全て品切れ。実は最近、運搬中の小豆を奪って高額で売りさばく盗賊が現れるようになったそうで…。

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狢強盗団の頭領・ショジョジからの情報をもとに、サスケとサイは“雨隠れの里”にある謎の組織「殻」のアジトと思われる場所へ向かう。そこは立ち入り禁止となっている地下水路で、2人は調査を開始しようとする。

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ボルトたち第七班に「行方不明になった医療メーカーの研究員を捜す」という任務が言い渡された。だが依頼主は遠く離れた国に住んでおり、さらにこの研究員は各地で医療技術に役立つ新しい材料を探しているそうで…。

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ボルトたちはようやく行方不明の研究員を見つけ出すが、その姿はすっかり変わり果て、自我も失っていた。力任せに暴れる相手と戦いながらも何とか無事に依頼主のもとに連れ帰りたいボルトたちだが…。

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ムギノの知りあいの医師・ユビナのもとにミツキを残し、事件の手掛かりを求めて“黙の国”にあるブラックマーケットへとやってきたボルトたち。だが黙の国は治安が悪く、忍者崩れの悪人たちが集まる無法地帯だった。

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初代火影・千手柱間の体から採取され、生体エネルギーを爆発的に活性化させる力を持つが、扱いによっては危険なものとなる“柱間細胞”。それが黙の国の“俘囚城”で暮らす大富豪の手元にあることが判明する。

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俘囚城で起きた強奪事件に巻き込まれ、犯人にされたばかりか追われる羽目になったボルトたち。何としても本当の強奪犯を捕らえたいボルトたちだが、次々と襲い来るならず者に邪魔され、真犯人を追うことができない。

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ならず者たちから逃れた第七班とムギノが強奪犯を追う途中、手練れ揃いの忍者の小隊と遭遇し、互いに事情がわからないまま一触即発の状態に。一方、ボルトたちは追跡中の犯人の情報を入手し、再び追跡を開始する。

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ボルトたちがついに本物の強奪犯、霞の国の忍者兄弟に追いついた。ところがボルトたちは、兄弟の1人・ユウガが禁術によって呼び出したバケモノと共に、強力な結界の中に閉じ込められてしまう。

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ユウガの結界から抜け出したボルトたちだったが、今度は兄弟の次男・ヒルガに足止めされる。任務のためならばどんな方法を使ってもやり遂げようとするヒルガの術により、ボルトたちは動きを封じられてしまう。

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何としてもディーパより先に霞の国の忍者の長兄・アサカに追いつきたいボルトたち。やっとのことでアサカのもとにたどり着くが、一足遅れて到着したディーパから不意に攻撃され、その驚異的な戦闘力に翻弄される。

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ディーパとの戦いで重傷を負ったボルトたちが里に帰ってきた。ボルトとサラダは医療班で、ミツキは大蛇丸のもとで治療を受ける。ディーパに全く歯が立たなかったボルトとサラダは、悔しさを胸にある決意をする。

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自分たちの力不足を実感し、もっと強くなるために修行を積むことにしたボルトとサラダ。ボルトは今使える最強の術”螺旋丸”をより強力なものにしようと、螺旋丸が使えるもう1人の人物・カカシのもとを訪ねる。

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シカダイ、いのじん、チョウチョウの第十班が、砂隠れの里のシンキ、ヨド、アラヤと合同で任務を行うことになった。その内容は、以前シカダイが戦った大筒木一族の傀儡の残骸を捜索、回収することだった。

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修行励むボルトのもとにシカダイがやってきた。行き詰まりながらも必死で突破口を見つけようとするボルトだが、先日の任務でディーパと戦い、その恐ろしさを実感したシカダイからは再戦は無謀だと言われる。

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カカシの指導を受けながら、自分なりのやり方で螺旋丸を強化することに成功したボルトがその成果を見せることに。一方、サラダは父・サスケに代わり、母のサクラから実戦による修行をつけてもらうことになる。

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修行の反動で入院することになったボルトの見舞いにきたイワベエ、デンキ、メタルは、この病院に入院している少年・糸引ナットウに出会う。彼に振り回された揚げ句、ある人物の“サイン”をもらうよう頼まれ…。

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任務でヴィクタの会社を偵察中の木ノ葉丸とムギノが、ヴィクタの会社に“谷の国”の大名が査察に訪れるとの情報を入手。これを利用し、限られた人間しか立ち入ることができない研究施設の奥を探ることにする。

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ヴィクタの研究施設で起きた異変に気づいたボルトとサラダ。現場で目にしたのは、付近にいる人間のチャクラを奪いながら成長するおぞましい植物だった。木ノ葉丸と合流した2人は植物の暴走を止めようとするが…。

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ボルトたちと引き離され、ヴィクタと戦う木ノ葉丸は、その場に現れた人物と思いがけず共闘することに。だが、ヴィクタが使う“自己再生術”によって相手に決定的なダメージを与えられず苦戦する。

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木ノ葉丸たちの報告から「殻」には外部協力者がおり、ひそかに“忍び五大国”の中にまで入り込んでいる可能性があることが判明。報告を聞いたナルトは、“火影”として里を守る責任を感じながらも決断を下せず…。

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「山中一族」が新たな感知システムを導入するための試験が行われることになり、いのじん“山中一族”を中心に新たな感知システムが作られることになり、新システム導入のための試験が行われることになった。いのじんは“探索班”として、ボルトとシカダイは“侵入者役”として、それぞれ試験に参加する。

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多大な犠牲が出た“第四次忍界大戦”の殉職者たちを偲ぶ慰霊祭が行われることになり、多くの関係者が集まった。そこには、最後まで任務を全うし、残った者に未来を託して散った父たちを想うシカマルといのもいた。

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父のナルトから、谷の国での任務の功績をほめられただけでなく、褒美として直接手合わせすることを約束してもらったボルトは嬉しくて仕方がない。 一方、謎の組織「殻」の内部ではある計画が進みつつあった。

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木ノ葉丸が急な任務で里を離れることになり、それが終わるまで第七班の任務は、ボルト、サラダ、ミツキの3人だけで行うことに。そんななか、ボルトは街で偶然ムギノに出会い、彼の自宅に行くことになる。

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「殻」の悲願達成に必要な“器”を移送中の飛行船が消息を絶ち、急遽「殻」の中枢メンバーによる会合が開かれた。目論見は外れ、移送責任者として追及されたヴィクタは弁明するも、リーダーのジゲンは一蹴する。

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中忍試験の後で現場復帰したカタスケが火影に呼ばれてやってきた。試験の時のことを思い出し、腹立たしく思うボルト。そんなボルトに、「カタスケの護衛と科学忍具の輸送をする」という任務が言い渡される。

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ボルトたち第七班が、護衛任務の対象者であるカタスケと共に“先端技術研究所”にやってきた。ボルトたちはそこで懐かしい人物と出会うことになる。無事に任務を終え帰ろうとするボルトだが、任務には続きがあり…。

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任務中に消息を絶った木ノ葉丸とムギノの捜索のため、第七班が、カタスケや“忍犬”の茶丸と共に通信が途絶えた場所へとやって来た。ボルトたちはそこで謎の傀儡たちに襲われ、戦うことになる。

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敵対することになった青の攻撃から逃れるため、捨て身の戦法に出たムギノのおかげでその場から撤退することができたボルトたち。だが、目の前で起こったさまざまな出来事にショックを隠し切れないでいた。

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互いに決着をつけようとする第七班と青の戦いが始まった。第七班は連携して澱みない攻撃を仕掛けるが、青を倒すのは簡単ではない。これに対抗するためボルトも科学忍具を利用。やっと追い詰めたかに見えたが…。

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青との戦いを終えたボルトたちの前に、「殻」のメンバー・果心居士が現れた。“封印術”でボルトたちを拘束した居士は、任務遂行のために全員を葬り去ろうとするが、木ノ葉丸が術を解き一対一の戦いに突入する。

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ボルトの身に起きた異変に興味を持った居士がいったん撤退。何とかその場をしのいだボルトたちは里に帰る途中、気を失って倒れている謎の少年・カワキを見つける。その掌にはボルトと同じような“印”があった。

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「器」と呼ばれる少年・カワキを連れ帰ろうとする「殻」のアウター・我婁(ガロウ)とカワキの戦いが始まった。激しい戦いが続くなか、すでに消耗していたカワキは徐々におされ、ついには捕らえられてしまう。

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ボルトたちが、再び気を失ったカワキを連れ先端技術研究所へと戻って来た。手当てを受けることになったカワキを研究所で働くスミレが世話するが、カワキはそんなスミレにも敵意を見せ、研究所からの脱走を企てる。

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大けがを負ったまま先端技術研究所から逃げ出したカワキ。“竜胆”の研究所を出て繁華街へとたどり着いたカワキは、消耗した体力と空腹を補うため、何とかして食べ物を手に入れようとしていた。

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七代目火影・ナルトにより、カワキの身柄は木ノ葉隠れの里へと移された。意識を失って倒れたカワキを幼い頃の“悪夢”が苦しめる。父親から暴力を受けながら必死で生きていた幼いカワキのもとに、ある人物が現れる。

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掌に「楔(カーマ)」と呼ばれる奇妙な印を持ち、「殻」から「器」と呼ばれる謎の少年・カワキ。その処遇について“五影”が話しあい、カワキの身柄は七代目火影・ナルト監視の下、木ノ葉隠れの里が預かることに。

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ボルトとカワキのうずまき家での同居生活が始まった。初めての普通の生活に戸惑いながらも、どこか安心するカワキ。一方ボルトは、妹のヒマワリが母に贈った花瓶をカワキが割ってしまったことに怒りが収まらず…。

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割ってしまった花瓶のかわりに新しいものを用意することにしたカワキが、ナルトに連れられて街にやって来た。途中で出会ったサラダも加わり、一緒に、いのが経営する“山中花店”に向かうが…。

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「楔(カーマ)の研究になるかもしれない」とのナルトの提案で、ナルトとボルト父子の手合わせを見ることにしたカワキ。ボルトは得意の“影分身の術”などで父に挑むが、力の差はまだまだ大きく苦戦する。

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楔(カーマ)を使いこなすため、ボルトがカワキと実戦形式の訓練をすることに。ナルトとヒマワリが見守るなか、互いに楔を発動させたボルトとカワキが対峙する。一方、カワキを追う果心居士と合流したデルタは…。

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カワキを連れ戻そうと里に侵入したデルタがボルトたちの前に現れた。ボルトたちを守るため、デルタの前に立ちはだかるナルト。「殻」の幹部の1人であるデルタは、科学忍具で改造された体を使いナルトを攻撃する。

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ナルトとの戦いに勝つために卑怯な方法を使い、カワキを“モノ”として扱うデルタにナルトの怒りが爆発。ナルトはデルタの“破壊光線”をも恐れず、巨大な“螺旋丸”でかき消し、術をより強力にして押し込んでいく。

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デルタとの戦いで片腕を失ったカワキが、ナルト用の義手を譲ってもらうことに。本来ならナルト本人のチャクラでないと動作しないが、ナルトが自身のチャクラを分け与えることでカワキにも義手が使えるようになる。

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眠っているナルトのそばで、割ってしまった花瓶を修理していたカワキの前に、九尾の尾獣・九喇嘛が姿を現した。ナルトの中に封印されこれまで共に生きてきた九喇嘛から、昔のナルトに似ていると言われたカワキは…。

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飛行船墜落現場より木ノ葉丸が持ち帰ったデータから気になる情報を得た“暗部”の長官・サイに依頼されたサスケが、“時空間忍術”を使いとある場所を訪れた。そこで“大筒木一族”に関する驚くべきものを目にする。

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ナルトとうずまき家にいたカワキの楔に異変が起き、突然「殻」のリーダー・ジゲンが現れた。ナルトやカワキだけでなく、カワキの監視を続けていた果心居士も驚くなか、ジゲンは抵抗するカワキを連れ戻そうとする。

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ジゲンの能力によって異空間に連れ去られたナルトの前にサスケが現れた。ナルトとサスケはジゲンを倒すために協力しあい激闘を繰り広げるが、高い戦闘能力を誇り、不可解な術を使うジゲンに苦戦する。

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突然現れた敵と共に七代目火影・ナルトが姿を消し、火影の補佐役・シカマルがうずまき家を訪れた。カワキが「殻」のスパイである可能性を捨てきれないシカマルは、ナルトの失踪時にそばにいたカワキを疑う。

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ボルトとカワキの楔を使った“時空間忍術”で、ナルトが連れ去られた異空間へとたどり着いたボルト、サラダ、ミツキ、カワキの4人。そこでは、ナルトを封印した椀型の柩を監視する「殻」のボロが待ち構えていた。

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新生第七班の渾身の攻撃がボロを捉え、反撃は成功したかと思われたが、ボロは自らの再生能力で復活。ミツキの機転でボロが放出する“黒いモヤ”から身を守れるようにはなったものの、ボロを倒す方法は見つからず…。

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新生第七班の攻撃で大きなダメージを受け、怒り狂うボロの反撃で再び全滅の危機に陥ったボルトたち。ところが、ボロの攻撃で気を失ったボルトの意識を乗っ取り、突然、大筒木一族のモモシキが蘇る。

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カワキは、ボルトや自分の身に起こった異変への恐怖、そして思った以上に楔が危険なものであることを実感し、「殻」がつけ狙う自分がいることで、木ノ葉隠れの里がさらに大きな危機にさらされると思い始める。

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「殻」の幹部と接触がありながら、いまだに組織の詳細をつかめていない木ノ葉隠れの里。そんななか、ボルトたちが戦ったボロが大筒木一族の術“無限月読”による救済を求める教団の教祖だったことがわかり…。

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何者かによって、木ノ葉隠れの里の忍者たちのデータが盗まれる事件が起きた。里の感知システムに異常がなかったことから、内部にスパイが紛れ込んでいる可能性もあると考え、里では警戒を強めるが…。

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「殻」の主要メンバーで“研究開発技術部”を取り仕切っていたアマドが、シカダイを人質にとり、木ノ葉隠れの里への亡命を求めてきた。アマドは見返りに知っている情報の提供を約束し、火影自ら交渉に応じることに。

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木ノ葉隠れの里への亡命の見返りとして、アマドから知っている情報を聞くことになった七代目火影・ナルトやシカマルたち。アマドは「殻」のリーダー・ジゲンを欺いていたことを告げるとさまざまなことを語り始める。

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「殻」のアジトで果心居士とジゲンの戦いが始まった。ジゲンが大筒木一族としての力を取り戻せば、なす術がなくなってしまう。そうなる前にイッシキの本体を引きずりて出し倒すため、居士は次々と術を仕掛ける。

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ついに正体を現したイッシキが、自身の新たな“器”となるカワキを手に入れるため木ノ葉隠れの里を襲撃。人知を超えた存在である大筒木一族に唯一対抗できる者として、ナルトとサスケが迎え撃つ準備を進める。

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決戦のためボルトがイッシキを異空間へと引きずり込み、それを追ってナルトとサスケも異空間へ。イッシキからカワキと里を守るための戦いはボルトたち3人に委ねられ、里に残された者たちはその無事を祈るのだった。

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激闘も空しくイッシキに追い詰められるナルトとサスケ。状況を打開するため、ボルトも決死の駆け引きを試みるも失敗、もはや打つ手はないと思われた。その時、ナルトがすさまじいチャクラを発しながら立ち上がった。

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イッシキとの戦いで疲弊したナルトたちの前で、突然ボルトがサスケを攻撃。モモシキに意識を乗っ取られたボルトが敵として立ちはだかった。ボルトの意識を取り戻そうと必死で呼びかけるカワキだが…。

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イッシキとの戦いを終え、ボルトたちが里へと帰還した。ボルトたちの活躍で里の安全は守られたものの、ボルトは戦いの最中、再びモモシキに意識を乗っ取られてしまったことに強い恐怖を感じていた。

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大筒木一族に楔(カーマ)を刻まれた者が、徐々に心と体を乗っ取られていく“大筒木化”。深刻なボルトの大筒木化と、「殻」の幹部・コードの動向について話しあうため、ナルトの呼びかけで五影会談が開かれる。

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七代目火影・ナルトの提案で、木ノ葉隠れの里の“下忍”を対象とした“中忍試験”が行われることに。この試験には、ボルトや同期の下忍たちのほか、目標に向かって“中忍”昇格を目指す下忍たちが大勢集結する。

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中忍試験の最終試験が実戦形式の個人戦であることが発表された。前回は最終試験まで残れなかったボルトの同期の下忍たちも今回は多数残っており、それぞれ強い決意のもと最後の準備に取り掛かる。

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いよいよ始まった最終試験。実戦形式の個人戦の第一試合は、いのじんVSホウキ。ホウキたち第二十五班は、同期の中では珍しくこれまで“暗部”の任務に関わってきたために、手の内がわからず…。

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最終試験、今度の試合はイワベエVSワサビ。普段はぶつかりあうことが多いふたりだが、珍しく元気のないワサビにイワベエは困惑する。実はワサビは、“伊豆野一族”の代表としてプレッシャーを感じていて…。

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実戦形式で行われる最終試験は、お互いに全力を出しあって戦う好勝負が続いていた。そしてサラダVSチョウチョウの試合が始まる。今回の試験で“本気の勝負”を約束した2人の戦いを、誰もが息を飲んで見詰める。

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最終試験となる個人戦の勝者が続々と決まり、試合も残すところあとわずかとなった。ところが、いまだにボルトとミツキは会場に現れない。このままでは2人とも“失格”になってしまうと焦るサラダだが…。

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サラダを隊長に今後は、ボルト、ミツキの3人で任務を行うことになった第七班。木ノ葉丸がいないことに少しの寂しさを感じる3人だが、そんななか、木ノ葉丸と任務に出ていたミライが瀕死の状態で里に戻って来る。

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カワキが“下忍”になるため、通常行われている“忍者学校”の卒業試験とは異なる特別な試験を受けることに。それは最低難易度である“Dランク任務”が遂行可能であれば同等の資格が与えられるというもので…。

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下忍の資格を得るための試験がうまくいかなかったカワキは、自分は忍者に向いていないのではないかと思い始める。そんなカワキに七代目火影から、最後のチャンスとしてある任務が言い渡される。

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謎の忍者に襲われチョウチョウが負傷。モズクの大切な荷物が奪われてしまった。これがただの護衛任務ではなく、忍者に狙われる危険な任務だと悟った隊長のシカダイはいったん里に引き返すことを決断するが…。

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旅の商人が強盗に襲われる事件が起き、調査のため事件現場へとやってきたワサビ、なみだ、ツバキの第十五班。ツバキはそこで、故郷“鉄の国”の“侍”が関わっていると思われる痕跡を見つける。

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デンキを隊長に、第五班が鉱山用の“自律型傀儡”を“水の国”にある鉱山の島まで搬送し、試運転や動作データの解析をする任務を行うことに。緊張しながらもチームメイトたちと任務に取りかかるデンキ隊長だが…。

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カワキを加えた“新生第七班”が“水の国”で行われる式典に招待されたカタスケの護衛任務に就くことに。アカデミーの修学旅行以来の水の国訪問で、その時友達になったかぐらと会うことをボルトは楽しみにしていた。

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水の国で行われている式典の最中、飛行船が爆破される事件が発生。事件を知り急ぎ現場へ向かおうとするボルトだが、突然、訪問中の刑務所を何者かが襲撃。ボルトは所長のかぐらと共に敵を迎え撃つことになる。

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水の国付近の海が海賊たちに占拠され、デンキたち第五班が任務中の鉱山の島“ドトウ島”とも連絡が取れなくなってしまう。島の人々の救出と第五班の援護のため、新生第七班はかぐら率いる隊とドトウ島へ向かうが…。

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ドトウ島付近を警戒中のボルトたちの前に、突如巨大な移動要塞が姿を現した。かぐらの指示で、カワキ、文淡と共に移動要塞に忍び込み、情報を集めることになったボルト。3人がそこで目にしたものは…。

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強力な兵器を備えた移動要塞によって、島の人々と彼らの避難を急ぐ木ノ葉隠れの仲間が危険にさらされることがわかり焦るボルト。そんななか、かぐら、蛇苺、巨峰が援軍として、ボルト、カワキ、文淡のもとに現れる。

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救出したドトウ島の人々を安全な場所に送り届けるため調達した船の中で、殺人事件が発生。遺体の状態から巨峰が犯人として疑われるが、本人は全く心当たりがないと言う。かといって犯人ではないという確証もなく…。

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船体のトラブルで、ボルトたちやドトウ島の人々を乗せた船が海上で動かなくなってしまった。そこに船大工のカジキと弟子のイカダが通りかかり、2人が暮らす造船の島で修理をしてもらえることに。

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船の修理に必要な部品がある工場を目指し、イカダが操縦する船で共に出発したボルトはイカダの操縦の腕前に感心する。家族に反対されながらも家を出たイカダは、船に関する仕事を探すなかで親方のカジキと出会い…。

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船の修理が終わり、ボルトたちが造船の島からたつ日が近づいた。友達になったボルトにいつか夢を叶えて会いにいくと約束するイカダ。ところが、そんなイカダの前に姉の青煉が現れ、強引に家に連れ戻そうとする。

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テンマの移動要塞を破壊したボルトたちに報復するため、海賊が造船所の島に上陸。忍者と海賊の戦いが始まった。霧隠れの里との交渉材料のためにかぐらを生け捕りにしようと、舟戸一族配下のフナムシが襲いかかる。

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フナムシが残していったと思われる暗号文から、霧隠れの里に危機が迫っていることが判明。かぐらは敵の進路の途中にある村でその動きを止めるという作戦をボルトたちに伝え、一行は急ぎ現地に向かうことに。

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ボルトたちが着々と作戦の準備を進めるなか、敵の部隊の一部が一足先に村に向かっていることがわかる。まだ準備が整わないうちは村を危険にさらすことになるため、ボルトたちは人々の避難を急ぐ。

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フナムシ率いる本隊が村に近づき、ボルトたちはわなを使って敵を足止めしようと、それぞれの場所で待機することに。ところが、どういうわけか敵に作戦を見抜かれ、いきなり本格的な戦いに突入してしまう。

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苦戦を強いられながらも、何とかフナムシの部隊を撤退させることに成功したボルトたち。だが、その代償はあまりに大きく…。一方その頃、水の国付近の海では、霧隠れの里の忍者と海賊たちのにらみあいが続いていた。

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フナムシの部隊との戦いで大きな損害を被ったボルトたち。被害を顧みないフナムシの戦い方に今度こそケリをつけるとボルトたちは決意する。フナムシもまた、ボルトたちへの復讐の念を心の奥で煮えたぎらせる。

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食料調達に出かけたデンキとイワベエが村の子供たちをかばって逃がし、フナムシたちに捕まってしまった。あのフナムシに捕まれば無事でいるわけもなく、ボルトたちもまた打倒フナムシに向け、復讐の念を募らせる。

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何とかフナムシに勝利することができたボルトたち。しかし、勝利を喜ぶどころか、デンキとイワベエが捕らえられてから数日がたち、ボルトたちはみんな、2人の無事を信じることができなくなっていた。

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ボルトが復讐の連鎖に困惑するその数日前、イカダは姉の青煉が戦いで重傷を負ったことを知り、久しぶりに家に戻っていた。連日、看病を続けるそんなイカダのところにフナムシの息子・コブナがやってくる。

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これまでの戦いで家族や多くの部下を失い怒るアラウミが、水の国に対して本格的に宣戦を布告した。これを受けた水影・長十郎もまた徹底抗戦の姿勢を取り、水の国付近の海の緊張感は高まっていく。

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サラダやミツキと共に水影・長十郎に会いにいくことにしたボルト。ボルトたちは海賊たちとの戦いの場に向かった長十郎を追いかけるため、イカダの師匠である船大工のカジキに力を貸してもらうことにする。

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水の国と敵対して戦うことになったイカダのもとに向かい、再会したボルト。イカダに“友達”として語りかけ、戦いをやめるよう訴えるが、ボルトは姉・青煉の敵であり、イカダはその言葉に耳を傾けようとしなかった。

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イカダの心を変えることができなかったボルトが、水の国と海賊たちの戦いを止めるため自身の命を差し出す覚悟を決めた。もしも自分が死んでも怒りに駆られて戦ったりしないようにサラダとミツキに言うボルトだが…。

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水の国を揺るがした海賊たちの反乱も治まり、仲間と共に木ノ葉隠れの里へと帰ったボルトは、イカダのその後が気になっていた。かぐらの嘆願書によって文淡たちは無罪放免となるが、イカダの処遇は決まらず…。

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チョウチョウといのじんが、任務で知りあった元・抜け忍でラーメン屋の店主・熊野ジンゴのラーメン作りを手伝うことになった。チョウチョウといのじんに味は悪くはないものの、何か物足りないと言われたジンゴは…。

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人気の忍映画シリーズの撮影に“七代目火影・本人役”で出演を依頼されたナルトの代役として、木ノ葉丸が出ることに。初めての映画出演、しかも尊敬する七代目火影役ということで張り切る木ノ葉丸だが…。

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ボルト、カワキ、そしてナルト、ヒナタ、ヒマワリが家族旅行で温泉にやってきた。5人は家族で卓球を楽しみ、旅館の食事と温泉を堪能して大満足。出発前は遠慮していたカワキもボルトたちと楽しい時間を過ごす。

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最近、ネコのミカヅキが姿を見せなくなり、少し心配なミツキ。そんななかミツキは、ボルトやサラダと共に、奇妙な連続襲撃事件の捜査に難航する警務部からの依頼によって、里内のパトロールに協力することに。

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カカシと街を歩いていたボルトが何やらもめている人々と遭遇。険悪なムードのなか、浮かない顔をする若い男女を見かけたボルトは、2人が結婚を約束しているものの、互いの祖父に言い出せずにいることを知る。

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カワキが新入生として、ヒマワリたちと共に“忍者学校”に入学することに。だがそれは表向きのことで、実は他国から留学中の王女・雪割カエを、本人にも悟られないように刺客から守る極秘の護衛任務だった。

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慣れない学校生活に苦労するも、護衛対象のカエと友達になることに成功したカワキ。そんななか、ヒマワリたちクラスメイトともっと仲良くなりたいカエが、みんなを屋敷に招いてお茶会を開くことに。

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ボルト、サラダ、ミツキがアカデミーで新入生のために特別講師をすることに。授業に立ち会ったクラス担任のハナは、派手な術で生徒の目をくぎづけにするボルトたちを見て、自分の未熟さを痛感し落ち込んでしまう。

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クラスで話題になった“忍者学校の七不思議”を確かめるため、ヒマワリたち数人のクラスメイトが夜のアカデミーを探検することに。メンバーの中にはカエもいることから、カワキは仕方なく探検に加わるが…。

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カワキやヒマワリたちのクラスが、アカデミー近くの森で実技実習をすることに。生徒たちは“三人一組”のチームを組んでそれぞれ実習を行うことになるのだが、カワキは護衛対象のカエと別の班になってしまう。

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ヒマワリが大女優の母を持つクラスメイト・鎌倉オスカを狙った身代金誘拐事件に巻き込まれてしまう。さらに、ヒマワリが“火影の娘”だと知った誘拐事件の首謀者はヒマワリまでをも利用しようとたくらみ…。

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カワキやヒマワリたちのクラスが学園祭で“伝説の三忍”の劇をやることに。生徒たちは劇の小道具として持ち寄った手作りの“額当て”をつけて稽古に励むが、カワキが本物の額当てを持っていることを知った風魔は…。

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アカデミーの学園祭が始まった。学園祭にはボルトたち卒業生をはじめ大勢の人々が集まり大賑わい。先日、カエを狙う暗殺者と思われる人物と遭遇したカワキは、そのことを気にしつつもカエを見守ることにするが…。

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アカデミーの学園祭で起きた爆破事件に紛れ、カエが命を狙われた。これを受け、暗殺者の存在に気づいていながら報告を怠ったとしてカワキが護衛任務を解かれることに。一方、事件によってカエの帰国が早まり…。

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学園祭での爆破事件でけがをしたクラス担任のハナと、再びカエの護衛をすることになったカワキがクラスに戻り、アカデミーは元の生活に戻りつつあった。そんななか、ハナは爆弾騒ぎの最中にカエが狙われたと知り…。

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学園祭が中止となり残念に思うカエとの新たな思い出を作ろうと、カワキやヒマワリたちのクラスは野外授業で無人島にやってきた。ところが、この島にはさまざまな噂があるばかりか、次々とハプニングが起こり…。

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カエの命を狙う暗殺者がついにその正体を現した。これまで何度か戦い、相手が強敵であることを知っているカワキは、これ以上生徒たちを危険な目に遭わせないよう、1人で暗殺者を追うことにするが…。

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連れ去られたカエを救うため、“忍者”として危険な暗殺者に挑むカワキ。その戦いをヒマワリがサポートする。2人は連携攻撃で敵を追い詰めようとするが、“暗殺者”になるためだけに生きてきた敵は手ごわく…。

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連絡用の鷹を手に入れようとするサスケと共にボルトが鷹の訓練士のところにやってきた。ボルトたちはそこで、珍しい動物を売りさばいて金儲けをしている人物がいると聞き、その人物について調べてみることに。

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ボルトが仲良くなった動物好きの少年・ツヅラがかわいがっていた鷹が、突然人手に渡ることになった。まだけがが治りきっていない鷹を手放したくないツヅラだが、そんなツヅラにさらに衝撃的な言葉が告げられ…。

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雷車でウトウトしてしまったボルト。ふと目覚めると、同じ雷車に乗り合わせていた乗客たちと共に見知らぬ場所にいた。戸惑う乗客たちは、“謎の人物”オウガによって“命がけの実験”に参加させられることになる。

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危険な実験により次々と被験者が脱落するなか、ボルトは全員が無事の生還を果たせる方法を探る。そんなボルトたちが次に課せられたのは、自らの“生命”と直結しているというロウソクを手に先へと進むことだった。

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オウガの実験で誰もが疲弊するなか、被験者の1人が自身の夢を口にしたことがきっかけで、ボルトたちは生還後の夢を語り合う。場が少し和やかになったのも束の間、ボルトたちは新たな実験に参加させられることに。

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ボルトたちがオウガの実験に強制参加させられていた頃、ボルトの行方を捜すサラダたちは怪しげな人物の存在にたどりついていた。一方、被験者の中にオウガの手下が紛れ込んでいる可能性があると聞いたボルトは…。

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自身の命の危険も顧みずほかの被験者たちに先を急がせ、オウガの手下の可能性がある人物との対決に挑むボルト。だが、被験者たちにはこれまでとは違う感情が芽生えており、ボルトと共に疑惑の人物と戦う決意をする。

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再び目覚めたボルトは、なぜか最初に目覚めた場所に戻っていた。ボルトは「何も信じるな」というかつての被験者が残した言葉を手掛かりに、オウガを倒すことで実験を終わらせ、被験者たちを救い出そうとする。

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病にかかったナルトを救うため、サスケが“烈陀国”にある古い天体観測施設“タタル天文学研究所”へとやってきた。ここではなぜか絶滅したはずの生き物“竜獣”の一種、“瑪瑙”が闊歩していて…。

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研究所の監視役・瑪瑙に襲われて窮地に陥るサスケ。そんな彼を救ったのは妻のサクラだった。医師として研究所に潜入したサクラは、サスケに任務の変更とこれを補佐することを伝え、夫婦による潜入捜査が始まる。

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極粒子についてさらなる情報を求めるサスケとサクラは、宰相の使者が訪れる機会を狙い、研究所の所長・ザンスールの部屋にある地下室を探ることに。サクラが時間を稼ぎ、サスケが地下室へと潜入しようとするが…。

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協力し合い極粒子に関する情報を集めるサスケとサクラ。だがいまだに謎は多く、そのありかを見つけられずにいた。そんななか、サスケは同房の囚人の言葉から極粒子のありかを示す手掛かりを掴む。

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タタル天文学研究所に突如竜獣の大群が出現し、研究所は大混乱に陥る。所長のザンスールが恐ろしい野望を抱いていることを知ったサスケとサクラは、二手に分かれてこれを阻止しようとするが…。

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大筒木イッシキを崇拝する「殻」の幹部・コードが、元幹部・ボロの教団施設を訪れた。イッシキの“器”となる者を選別する実験で生き残ったコードは、イッシキを破滅させたボルトやカワキたちへの復讐を誓っていた。

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復讐を目論むコードに対抗する力をつけるため、カワキを誘い、サラダやミツキと共に修行に励むことにしたボルト。ところが、ボルトたちはすぐにでも強くなりたいと焦るカワキと修行方針でもめてしまう。

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楔が消えたことで力を失ったカワキは、今のままではナルト自身や里を守れないと焦っていた。挑発的なアマドにカワキはいら立ち、その場に居合わせたスミレは、アマドが何かたくらんでいるのではないかと不安になる。

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コードから命を狙われる危険があるため、ボルトとカワキに監視役がつくことに。連日見張られていることにうんざりするボルトだが、一方のカワキは、監視の目と里の感知システムをかいくぐる方法を思いつき…。

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カワキのもとにたどりついたボルトがカワキを助け、共にコードを倒すことを決めた。高い戦闘力を持つコードに対抗するため、カーマを発動させるボルト。これに対しコードも自身のカーマを発動する。

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激闘の最中、カワキの不安が的中し、突如ボルトがモモシキに意識を乗っ取られてしまった。“大筒木モモシキ”としてコードを圧倒するその力に目を見張るカワキ。そこにシカマルを伴ってナルトが到着する。

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二度とモモシキに意識を乗っ取られないためにある覚悟を決めたボルト。一方カワキは、アマドの施術によって蘇ったカーマを使いコードを追い詰めていく。カワキのその戦いぶりに、シカマルとコードは圧倒される。

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