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1千年後の日本。ここはかつて茨城と呼ばれていた地域にある人口3千人ほどの神栖66町。和貴園と呼ばれる小学校に通う早季は、潜在的に人間に備わった超能力「呪力」の発現のため、隠れ寺・清浄寺での儀式に臨む。

引用元：U-NEXT

全人学級では何事もなかったかのような平穏な日々が続いている。突然姿を消した麗子など、最初から存在しなかったかのような雰囲気だ。その1カ月後、学校の恒例行事「搬球トーナメント」の時期が近づいていた。

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7日間、カヌーで利根川をさかのぼる全人学級最大のイベント「夏季キャンプ」が始まる。自分たちの力だけで自然を探索する野外実習で、班ごとに日程がずらされているため、同じ班のメンバー以外とは会わないのだ。

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夏季キャンプにやってきた早季たちは、霞ヶ浦のさらに奥の山中で、悪魔のミノシロと恐れられる未確認生物・ミノシロモドキと遭遇。だがそれは生き物ではなく、自らを「図書館」と名乗る旧時代の遺物だった。

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霞ヶ浦奥の山中でミノシロモドキを発見し、人類の真実の歴史を聞いてしまった早季たちは、清浄寺の僧侶・離塵に拘束される。そして、規定に反すると知りながら情報を引き出した罰として、呪力を凍結されてしまった。

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外来種のバケネズミから逃れ、人間に従順な塩屋虻コロニーにかくまわれた早季と覚だが、命の危機は続いていた。そんななか、塩屋虻コロニーは土蜘蛛の毒ガス攻撃を受け、早季たちは大混乱に陥ってしまう。

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早季の機転によって覚の呪力が戻り、土蜘蛛への反撃が開始される。しかし、同じバケネズミとは思えない異様な変異種たちと、張りめぐらされたさまざまなわなを前に、孤軍奮闘する覚は徐々に消耗していく。

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壮絶な冒険旅行となった夏季キャンプから町に戻ってきた5人。離塵によって凍結されていた呪力も早季の機転によって回復し、何事もなかったかのように元の生活に戻っていった。そして、2年の月日が流れた。

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瞬は「夏季キャンプ以来、僕らはずっと監視されていた。単に処分を保留されていたに過ぎない」と早季に警告を残し、学校から消えた。それから4日が過ぎ、早季、覚、真理亜、守の4人は瞬を捜すべく動きだす。

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大人たちが瞬を「処分」する準備を進めていると真理亜から聞いた早季は、真相を確かめに松風の郷へと向かう。暗闇の中で瞬の行方を捜す早季だったが、背後には音もなく巨大な猫の化け物・不浄猫が迫っていた。

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全人学級で冬の恒例行事が行われる。「当番委員の振り分け」という名目の、日直をはじめとする作業のペア分けだが、男女が互いに相手を指名するため、実際は大人たちが管理する「公的な恋人選びの場」だった。
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早季、覚、真理亜が倫理委員会の議長・朝比奈富子から呼び出される。1人ずつの面談で、最初に話をすることになった早季は、そこで思いがけない構想を聞く。早季をいずれは自分の後継ぎにしたいと富子は言うのだ。

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降り積もる雪の中、町から姿を消した守を捜すため早季、覚、真理亜は捜索を開始。守が使っていると思われるソリの跡を見つけるが、それは八丁標の外にまで続いており、3人は意を決して深い雪山へ入っていく。

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守と再会を果たすも、早季は自分たちの置かれている状況が絶望的なものだと改めて知る。夢中で捜索している間は守を町に連れ戻せば何とかなると考えていたのだが、ここで大きな問題点に気づくのだった。

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早季と覚は、守と真理亜を連れ戻すため再び雪山へ向かったが、2人の姿はなかった。それでも諦めることなく広大な雪山を捜し回るが、遠くから自分たちを監視しているらしいバケネズミがいることに気づく。

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早季と覚は野狐丸への不信感を拭い去れないまま、守と真理亜の行方を知っていると思われるスクォンクを捜すため木トウ蛾コロニーを訪問。だがスクォンクは2人の行方は全くわからないと言い、あるものを差し出す。

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守と真理亜が雪山に消えてから12年後。26歳になった早季は、保健所の異類管理課でバケネズミの実態調査と管理を行う職に就いていた。大人になった早季は複雑な思いを抱きながらも、日々の職務をこなしていた。

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奇狼丸率いる大雀蜂コロニーと、野狐丸率いる塩屋虻コロニーの2大勢力が決戦の時を迎えた。武力と数で優位に立っていたはずの大雀蜂だったが、塩屋虻の本隊によって壊滅させられたという知らせが入る。

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神栖66町の人々は野狐丸率いるバケネズミの急襲を受けたが、鏑木肆星の強力な呪力によって一気に形勢が逆転する。その後、肆星の指揮のもと5人一組の即席のチームに分かれ、バケネズミ掃討作戦が始まった。

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病院で悪鬼と遭遇した早季と覚は、船でその場を脱することに成功するが背後から悪鬼が迫っていた。それでもすぐに襲ってこないのは、仲間の所まで案内させて皆殺しにしようと考えているからだと思われた。

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野狐丸の策略により町は壊滅状態に陥り、かろうじて生き残った人々も刻一刻とその数が減っていた。富子との再会を果たし、悪鬼の出現を報告する早季だったが、もはや町を救う手立てはなかった。

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覚と合流した早季は、富子の遺志を継いで清浄寺に向かった。そこには1週間前に塩屋虻コロニーの駆除に向かったはずの鳥獣保護官・乾がおり、驚きの真実、野狐丸の真の狙いを話して早季を驚がくさせる。

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悪鬼を倒す唯一の手段であるサイコバスターを求め、東京にたどり着いた早季、覚、乾、奇狼丸。4人が野狐丸の追跡をかわすため地下洞窟に潜入すると、そこには見たこともない奇怪な生物がうごめいていた。

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サイコバスターを手に入れた早季は、その「唯一の希望」を手に覚たちと合流。目指す悪鬼が、わずかな護衛と共に自分たちを追っている今こそがチャンスと考えた一行は、悪鬼を洞窟の一本道に誘い込むわなを張る。

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サイコバスターを失った今、悪鬼に対抗する手段は尽きたかと思えたが、早季は幻影の中に現れた最愛の人物に導かれ、起死回生の策を思いつく。それは、呪力とそれにまつわる性質を逆手に取るような作戦だった。

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