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慶応３年（１８６７）土佐・佐川村。造り酒屋の跡取り息子として生まれた槙野万太郎（森優理斗）は草花が大好きな男の子。生まれつき病弱ですぐに熱を出して倒れてしまうため、祖母のタキ（松坂慶子）や母ヒサ（広末涼子）に心配をかけてばかり。春、万太郎が楽しみにしていた酒蔵の祝宴の日がやってきた。立派なごちそうの数々を目にしてうれしくなった万太郎は…。

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万太郎（森優理斗）は、親戚の豊治（菅原大吉）らが「万太郎は産まれてこない方がよかった」と話しているのを聞き深く傷つく。病床の母ヒサ（広末涼子）のもとへ向かい問い詰めるも、納得がいかず、ついには家を飛び出してしまう。心を痛めたヒサに、タキ（松坂慶子）はこれまで秘めてきた思いを語る。そのころ、万太郎は裏山の神社で自らを“天狗”と名乗る謎の武者（ディーン・フジオカ）と出会う。

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坂本龍馬（ディーン・フジオカ）との衝撃の出会いを果たした万太郎（森優理斗）。龍馬からの言葉に生きる希望をもらった万太郎は、母ヒサ（広末涼子）と白くて小さな花・バイカオウレンを見つけ、いっそう草花への思いを強くする。一方、番頭の息子・竹雄（井上涼太）は、タキ（松坂慶子）から万太郎の目付け役を命じられる。ある日、佐川領主深尾家の家臣・塚田昭徳（榎木孝明）が訪れ、万太郎に学問所への進学を勧める。

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秋、今年も酒造りの季節がやってきた。万太郎（森優理斗）は、相変わらず草花に夢中。しかし、体が弱いため、近所の子どもたちと遊ぶことは許されない。そのことで竹雄（井上涼太）とけんかをした万太郎は、怒って酒蔵の中に入ってしまう。追いかけた姉の綾（太田結乃）も蔵に足を踏み入れるが、「おなごは蔵に入ってはいけない」と杜氏から厳しく言い渡される。一方、病床の母ヒサ（広末涼子）の容体は思わしくなく…。

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万太郎（森優理斗）は病床で生死の境をさまようヒサ（広末涼子）を元気づけようと、ヒサの好きなバイカオウレンの花を探しに行く。だが裏山の神社には見当たらず、立ち入りを禁じられた山の奥深くへと足を踏み入れてしまう。異変に気付いた綾（太田結乃）と竹雄（井上涼太）も万太郎を追いかけて裏山へ。雪が降り始めるなか、ついにその花を見つけた万太郎だったが…。

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９歳になった万太郎（小林優仁）は、当主としての期待を一身に背負っていた。町人ながら、武家の子らが通う学問所への入学も許されたが、野山の草花に夢中な万太郎は気が進まない。祖母のタキ（松坂慶子）に引きずられ、ようやく学問所に向かうも、門前で謎の男（寺脇康文）に水をかけられ、教室では雰囲気になじめず、しまいには武家の子らに目をつけられてしまう。どうする万太郎！？

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入学初日から武家の子らにいじめられた万太郎（小林優仁）は、授業を放棄して帰ろうとする。門前で謎の男（寺脇康文）に「今こそ変わるときだ」と声をかけられ、心がざわつくのだった。一方、姉の綾（高橋真彩）は酒造りへの興味が抑えられず、当主だけが受け継ぐことのできる帳面を読みふけっているところをタキ（松坂慶子）に見つかってしまう。

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勇気を出して学問所に向かった万太郎（小林優仁）。しかし、武家の子らにいじめられたことを思い出し、ひるんでしまう。そこへ現れたのは学問所の学頭である池田蘭光（寺脇康文）だった。蘭光は万太郎に植物の不思議な生態について話し始める。話に引き込まれる万太郎は、初めて学ぶ楽しさを知るのだった。

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学問所に通い始めて３年がたち、万太郎（小林優仁）は１２歳になった。右に出る者はいないほどの学力を身につけたが、造り酒屋の当主としての自覚が足りないことに、タキ（松坂慶子）は心配を募らせる。そんな中、新政府による小学校の開校にともない学問所は廃止され、蘭光（寺脇康文）も佐川を離れることになった。蘭光は落ち込む万太郎を最後の課外授業にいざなう。万太郎たちを待っていたのは、雄大に流れる仁淀川だった

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学問所が廃止され、新政府による小学校が開校した。初めて女子の入学も認められ、万太郎（小林優仁）は綾（高橋真彩）とともに小学校へ通うこととなった。しかし学問所で高度な学問にふれてきた万太郎にとっては、授業内容が簡単すぎてつまらない。授業を聞かずに教室の壁にかかっていた植物図や校庭の草花に夢中になっていると、ついに先生にこっぴどく叱られてしまう。そこで、万太郎は思いもよらない決断をする。

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１８歳になった万太郎（神木隆之介）は、植物採集のさなか、見たことのない美しい花・ジョウロウホトトギスと出会う。姉の綾（佐久間由衣）は縁談より酒造りに興味があり、蔵人の幸吉（笠松将）に造り方を教えてもらうことに。奉公人の竹雄（志尊淳）は立派な働き手として万太郎を支えながら、綾に密かな思いを寄せていた。ある日、峰屋の酒を東京で開かれる博覧会に出品しないか、との話が舞い込む。

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東京行きが決まった万太郎（神木隆之介）は、憧れの植物学者に会えると舞いあがる。一方、綾（佐久間由衣）はせっかくの縁談を破談にし、タキ（松坂慶子）をがっかりさせてしまう。酒造りへの情熱を捨てられない綾は、蔵人の幸吉（笠松将）にある相談を持ちかける。春になり、万太郎は竹雄（志尊淳）を伴い、いよいよ東京へと旅立つ。

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汽車や蒸気船を乗り継ぎ、ようやく東京へ着いた万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）。二人が訪れた上野の博覧会会場には、見たことのない華やかな世界が広がっていた。万太郎は峰屋の当主として酒の品評会に参加するが、下戸なのに無理して酒を飲んだため酔っ払ってしまう。会場の外に飛び出した万太郎は、ある女性と出会う。それはのちに人生の伴侶となる寿恵子（浜辺美波）だった。

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万太郎（神木隆之介）は、ついに旅の最大の目的である博物館を訪れる。子どもの頃から憧れていた植物学者の野田基善（田辺誠一）と里中芳生（いとうせいこう）に出会い、「日本の植物にはまだ学名がつけられていないものや発見されていないものがたくさんある」と知った万太郎は、大きな刺激を受ける。竹雄（志尊淳）は生き生きとした万太郎の姿を見て、万太郎の心が峰屋から離れていくことに不安を感じるのだった。

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東京で憧れの植物学者たちと出会い、植物の研究にますます心を惹かれる万太郎（神木隆之介）。そんな万太郎に、竹雄（志尊淳）は不安な心のうちをぶつけ、二人は口論になってしまう。東京滞在の最後の夜、万太郎は博覧会会場で出会った和菓子屋の娘・寿恵子（浜辺美波）のことが忘れられず、もう一度会いたいと願うが…。

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東京から高知に帰ってきた万太郎（神木隆之介）は、道すがら自由について演説をする男（宮野真守）を見かける。帰宅した万太郎は峰屋の面々に博覧会の報告をするが、当主らしく立派になった姿に、綾（佐久間由衣）、市蔵（小松利昌）たちも安堵（ど）するのだった。さらに万太郎はタキ（松坂慶子）に植物の研究はやめると告げる。しかし、竹雄（志尊淳）は万太郎の本心に気づいていて…。

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竹雄（志尊淳）は東京滞在中に、万太郎（神木隆之介）を追い詰めてしまったことを悔いていた。竹雄から話を聞いたタキ（松坂慶子）は、万太郎の植物への情熱を改めて思い知り、ある決心を固める。その決心とは、万太郎と綾（佐久間由衣）を夫婦にすることだった。タキから話を聞いた二人は、受け入れられるはずもなく…綾は家を飛び出してしまう。
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万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）は、綾（佐久間由衣）を探しに高知へと向かう。綾がいたのは、自由民権運動の結社「声明社」の集会場。集会では、リーダーの早川逸馬（宮野真守）が観衆の楠野喜江（島崎和歌子）たちに、国民の自由と権利について訴えていた。ひょんなことから演台に上げられた万太郎は、草花の力強さについて話し始める。
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「自由」とは何かを知りたい万太郎（神木隆之介）は、綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）を残し、早川逸馬（宮野真守）が率いる「声明社」へと向かう。互いに語り合う中で、万太郎のことをますます気に入った逸馬は、ある人物のもとへ万太郎を連れていく。そこにいたのは、ジョン万次郎（宇崎竜童）だった。一方、綾と竹雄は高知で夜祭りに参加。綾は竹雄に心の内を明かす。

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逸馬（宮野真守）と共に、ジョン万次郎（宇崎竜童）のもとを訪れた万太郎（神木隆之介）。「人の一生は短い。後悔はせんように」という言葉が、胸に深く刺さる。決意を新たにし、心を奮い立たせる万太郎に、万次郎はある物を贈る。一方の綾（佐久間由衣）は、大きな決断を下す。竹雄（志尊淳）はそんな綾と万太郎を一生支えると誓うのだった。

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佐川に帰る道すがら、万太郎（神木隆之介）は燃えるように鮮やかな花・キツネノカミソリを見つける。無事に峰屋についた万太郎と綾（佐久間由衣）は、改めてタキ（松坂慶子）に、自分たちが進みたい道について伝える。綾は自ら新しい酒を造って峰屋をもっと大きくしたい、そして万太郎は植物学の道に進むため東京に行かせてほしい、と。タキの答えは…。

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万太郎が演説会に参加し、収監されてしまった。逸馬のもとに連れていかれ、仲間だと認めろと問い詰められる。タキらは、竹雄から話を聞き、万太郎を助けるために高知の警察署へと向かう。そこで、彼らは警察官たちと激しい口論を繰り広げるが、最終的には万太郎を解放することに成功する。彼らの勇気ある行動は、多くの人々に感銘を与え、社会に大きな影響を与えることになる。

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タキは、綾と万太郎の夢を応援すると同時に、自分たちが築き上げた峰屋の伝統を守ることも大切だと伝える。彼女は、綾には新しい酒を造ることを許し、万太郎には東京で植物学を学ぶことを勧める。しかし、彼らが自分たちの夢を追い求める中で、峰屋の品質や伝統を忘れてはならないと強調する。タキは、彼らが自分たちの夢を追いかけることで、峰屋がより大きく、より強くなることを期待している。

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秋、今年も酒造りの季節がやってきた。万太郎（神木隆之介）は峰屋の面々に、春になったら東京へ行き植物学の道へ進むこと、峰屋は綾（佐久間由衣）に任せることを伝える。分家に野次をとばされるも、綾は酒造りへの想いを懸命に語る。それから半年。万太郎と竹雄（志尊淳）は「土佐植物目録」を作るため、植物採集に明け暮れていた。いよいよ万太郎の旅立ちが近づいたある日…。

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万太郎（神木隆之介）に「東京にはついてこなくて良い」と言われた竹雄（志尊淳）。戸惑う竹雄は、タキ（松坂慶子）に相談するも、「自分で決めたら良い」と言われさらに悩む。自分の気持ちを見つめ直し竹雄は、綾（佐久間由衣）のもとへ向かい、今まで秘めてきた想いを告げるのだった。そして春。いよいよ万太郎が東京へ旅立つ日がやってきた。竹雄が下した決断は！？

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東京に着いた万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）は、野田基善（田辺誠一）らがいる博物館へと足を運ぶ。野田から東京大学への紹介状をもらった万太郎は、名教館時代の学友・広瀬佑一郎（中村蒼）の元へ。佑一郎に下宿先を紹介してもらっていたのだが、植物標本などの荷物が多すぎるから捨ててほしいと言われてしまい…。

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東京の町をさまよう万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）。なかなか下宿先が見つからず途方に暮れる。さらには、神社でお参りをしている隙に標本が入ったトランクを盗まれてしまう。質屋へ行くと万太郎のトランクを持った女（成海璃子）が現れ…。トランクだけは取り戻せたものの、肝心の標本がなくなっていた。探し歩いた二人がたどり着いたのは、ドクダミだらけの長屋。そこにいたのは、トランクを盗んだ男（大東駿介）だった。

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たどり着いた長屋の軒先で、倉木（大東駿介）が植物標本を燃やそうとしていたところをギリギリ止めた万太郎（神木隆之介）。金を払うから標本を返してほしいと交渉しているところに、倉木の妻・えい（成海璃子）がやってきて、倉木をとがめる。その後、福治（池田鉄洋）ら長屋の住人たちの誘いで、夕食をご馳走になった万太郎と竹雄（志尊淳）。万太郎は、長屋に空き部屋があると聞き…。

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十徳長屋に住むことを決めた万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）。差配人のりん（安藤玉恵）や住人・福治（池田鉄洋）たちの手を借りて、部屋に荷物を運び入れる。そして、植物標本が手元に戻った万太郎は、改めて倉木夫婦（大東駿介・成海璃子）を訪ねるのだった。東京での新生活、いよいよスタート！

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万太郎（神木隆之介）は、東京での生活が落ち着いたことをタキ（松坂慶子）と綾（佐久間由衣）に手紙で報告。そして、竹雄（志尊淳）と共に近所の和菓子屋・白梅堂を訪ねる。寿恵子（浜辺美波）が働く店かもしれないと、僅かな希望を抱きながら…。しかし、そこにいたのは、職人の文太（池内万作）だった。店先でがっかりしていると、目の前に寿恵子が現れて…！　一方、まつ（牧瀬里穂）の元には、妹のみえ（宮澤エマ）が訪れる。

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寿恵子（浜辺美波）は叔母のみえ（宮澤エマ）から、鹿鳴館の開館に向けてダンスを習わないかと誘われる。反対する母まつ（牧瀬里穂）をよそに、寿恵子はまだ見ぬ世界に憧れを抱く。一方、万太郎（神木隆之介）は、東京大学に行く準備を進めていて…。

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万太郎（神木隆之介）は、博物館でもらった紹介状を手に、ついに東京大学植物学教室の門を叩く。青長屋とよばれる校舎に足を踏み入れた万太郎は、植物研究の最前線を目の当たりにして大興奮。しかし、助教授の徳永（田中哲司）や講師の大窪（今野浩喜）にはあまり相手にしてもらえず…。するとそこに、植物学教室の初代教授、田邊（要潤）が現れる。

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万太郎（神木隆之介）は、東京大学植物学教室の教授・田邊（要潤）に大学へ出入りさせてもらえないかと懇願する。万太郎が小学校中退だと知った助教授・徳永（田中哲司）と講師・大窪（今野浩喜）は猛反対。教室は不穏な空気に包まれる。そんななか、万太郎の「土佐植物目録」を見た田邊は万太郎に興味を示し…。どうなる万太郎！？

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万太郎（神木隆之介）は大学への出入りを許され、竹雄（志尊淳）も仕事が決まり、一安心の二人。万太郎から報告を受けた大学落第中の堀井（山脇辰哉）は、にわかには信じがたい様子だったが、大学にいていい間は頑張れ！とエールを送るのだった。翌朝、万太郎は菓子を買うため白梅堂に立ち寄る。万太郎は寿恵子（浜辺美波）に好きな植物を尋ね、「ボタン」だと教えてもらい…。

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東京大学植物学教室に通うことになった万太郎（神木隆之介）は、学生たちの前で植物標本の製作をそつなくこなす。手際のよさと植物の知識の深さに、皆は驚くばかり。さらに、万太郎はボタンの花を描き始め、その巧みさに大窪（今野浩喜）たちは衝撃を受けるのだった。田邊（要潤）はさらに万太郎を気に入り、徳永（田中哲司）の不満は増すばかり。帰り道、万太郎は、ボタンの絵を持って寿恵子（浜辺美波）の元へと向かう。

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万太郎（神木隆之介）からボタンの植物画をもらった寿恵子（浜辺美波）。やりたいことはやるべきだと万太郎に背中を押され、まつ（牧瀬里穂）に「鹿鳴館へ行ってみたい」と打ち明けるが、反対されてしまう。一方、東京大学植物学教室に通い始めた万太郎は、学生たちと植物の話がしたいのだが、波多野（前原滉）や藤丸（前原瑞樹）に受け入れてもらえず…。

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万太郎（神木隆之介）は、植物学教室の皆と仲良くなりたいと願うが、よそ者扱いされ孤立してしまう。そこへ教室に出入りする画工・野宮（亀田佳明）がやってくるが、野宮も相手にしてくれず。すっかり元気をなくしてしまった万太郎は、りん（安藤玉恵）を誘って竹雄（志尊淳）が働く西洋料理屋へ行く。一方、寿恵子（浜辺美波）は、万太郎が白梅堂に来ないかと気にしていて…。

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万太郎（神木隆之介）は、竹雄（志尊淳）とりん（安藤玉恵）に励まされ、気持ちを新たにする。東京の植物をもっと知ろうと考えた万太郎は、倉木（大東駿介）に案内を頼み植物採集へと出かけることに。生き生きと植物に向き合う万太郎の姿を見た波多野（前原滉）と藤丸（前原瑞樹）も、少しずつ万太郎に興味を持ち始める。一方、寿恵子（浜辺美波）は、みえ（宮澤エマ）からあるお願いをされて…。

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万太郎（神木隆之介）は波多野（前原滉）と藤丸（前原瑞樹）から、田邊（要潤）の知られざる一面を聞く。その後、白梅堂に立ち寄った万太郎は、寿恵子（浜辺美波）から新作の和菓子を見せてもらう。それは、万太郎が描いたボタンの画をもとに文太（池内万作）が作ったものだった。嬉しくなった万太郎は、次々と植物画を描いて寿恵子に見せる。寿恵子の喜ぶ姿を見て、万太郎にひらめきが！

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万太郎（神木隆之介）は、寿恵子（浜辺美波）と話す中で、「日本中の植物を載せた植物図鑑を作る」という壮大な目標を見つける。万太郎は、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）、丈之助（山脇辰哉）と夢を語らい、まずは植物学の雑誌を作ろう、と盛り上がる。一方、寿恵子は、みえ（宮澤エマ）に頼まれ、元薩摩藩士の実業家・高藤（伊礼彼方）の元へ菓子を届けに行く。そこには田邊（要潤）の姿もあり…何かが動きだす予感！？

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植物学雑誌の創刊を目指す万太郎（神木隆之介）は、田邊（要潤）から創刊の許可を得たいのだが、話しかけるタイミングがなかなかつかめない。一方、寿恵子（浜辺美波）は、和菓子を届けに行ったことをきっかけに実業家・高藤（伊礼彼方）に気に入られ、舞踏練習会に参加してほしいと誘われる。最初は断るが、そこへ現れたアメリカ人ダンス講師・クララ（アナンダ・ジェイコブズ）の優美な姿に魅了されて…。

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酒への課税が重くなり、役人から厳しい目を向けられる峰屋。タキ（松坂慶子）も身体が弱くなってきているが、峰屋やタキの事情を万太郎（神木隆之介）には知らせないよう、綾（佐久間由衣）に口止めするのだった。一方、植物学雑誌創刊の許可を得るため田邊（要潤）と話す機会をうかがっていた万太郎は、西洋音楽の演奏会に田邊と同行するチャンスを得る。

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倉木（大東駿介）と植物採集に行った万太郎（神木隆之介）は珍しい水草を持ち帰る。ゆう（山谷花純）に「故郷ではヒルムシロと呼んでいた」と教えてもらい、竹雄（志尊淳）の心配をよそに夜な夜な研究に没頭する。そんななか、田邊（要潤）に同行し演奏会に参加した万太郎。なんとそこに、寿恵子（浜辺美波）の姿を発見し…！

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演奏会でドレス姿の寿恵子（浜辺美波）と遭遇し、びっくり、うっとりの万太郎（神木隆之介）。二人で演奏会を抜け出し別室で話していると、そこへ高藤（伊礼彼方）がやってくる。間一髪、物陰に隠れることができた万太郎だが、高藤に抱きかかえられる寿恵子の姿を見てしまい、今まで感じたことのない思いがこみ上げる。そんな中、思わぬ流れで田邊（要潤）から植物学雑誌創刊の許可を得ることに成功。しかし、万太郎の頭の中は…。

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寿恵子（浜辺美波）のことが頭から離れず調子の出ない万太郎（神木隆之介）。話を聞いたりん（安藤玉恵）、えい（成海璃子）、ゆう（山谷花純）は、それぞれが経験した恋の話をして万太郎を励ます。勇気をもらった万太郎は、白梅堂へと走り出す！

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植物学雑誌の創刊に向け、万太郎（神木隆之介）は大畑（奥田瑛二）が営む印刷所へと向かう。描いた絵の筆遣いをそのまま印刷できる“石版印刷”の技術を習得したい万太郎は、大畑と妻・イチ（鶴田真由）に働きながら学ばせてほしいとお願いする。授業料も支払うという万太郎に、大畑とイチは驚きながらも承諾するのだった。一方、寿恵子（浜辺美波）は、白梅堂にはしばらく来ないと言った万太郎のことが気になっていて…。

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大畑（奥田瑛二）の印刷所で見習いとして働くことになった万太郎（神木隆之介）。仕事を終え砂まみれで帰宅すると、竹雄（志尊淳）は怒りだす。峰屋の当主が見習いとしてこき使われること、自分がついていながら万太郎を守りきれないことが情けなくて、悔しくて…。一方、白梅堂では、寿恵子（浜辺美波）がまつ（牧瀬里穂）に、もしも万太郎が来たら渡してほしいと、八犬伝の本を預ける。

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竹雄（志尊淳）は、ちゃんと寝て、食べて、笑顔でいることを条件に、万太郎（神木隆之介）の夢を応援すること、これからは峰屋の若ではなく、万太郎と呼ぶことを宣言する。万太郎は、昼間は大学で研究し、夕方からは印刷所で働くというハードな生活を送り始める。一方の寿恵子（浜辺美波）は、舞踏練習会の発足式に向けてダンスを特訓する毎日。そんな中、高藤（伊礼彼方）から人生のパートナーとして迎えたいと伝えられ…。

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万太郎（神木隆之介）が大畑（奥田瑛二）の印刷所に通い始めて３週間が過ぎ、季節はノアザミが咲く夏に。寿恵子（浜辺美波）は、万太郎に会えず悶々（もんもん）としていたが、意を決して大学へと向かう。植物学教室をのぞくと、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）らと楽しそうに笑う万太郎の姿があり…。一方、万太郎はついに石版印刷を教えてもらうことに。

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万太郎（神木隆之介）は、画工の岩下（河井克夫）から石版に絵を描くことを許され、ヒルムシロを描く。出来は今一つだったが、“本物を伝えるために描きたい”という万太郎の想いを理解した大畑（奥田瑛二）はその情熱に感心する。ある日、寿恵子（浜辺美波）はダンスの練習の帰り道に、ノアザミに話しかける万太郎を見かけるが、思わず身を隠してしまう。そのまま二人はすれ違い…。

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万太郎（神木隆之介）は、昼間は大学で研究、夕方からは大畑（奥田瑛二）の印刷所で仕事に打ち込み、雑誌創刊のための技術を日々磨いていた。できるかぎりの速さで寿恵子（浜辺美波）を迎えに行くために―。そんなある日、竹雄（志尊淳）が働く店に寿恵子と高藤（伊礼彼方）がやってくる。高藤家に寿恵子を迎えたい、返事は舞踏練習会の発足式の日に、という話を聞いてしまった竹雄は、慌てて万太郎に伝えにいく。

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万太郎（神木隆之介）の石版印刷の技術は、ついに万太郎自身も納得のいくレベルになり、刷り上がりを見た竹雄（志尊淳）も驚く。万太郎は、大畑（奥田瑛二）とイチ（鶴田真由）に植物学雑誌の印刷を注文する。一方、田邊教授（要潤）は、万太郎に雑誌を作る許可を与えたものの、出来が悪ければ全て燃やすつもりでいた。それを知った助教授の徳永（田中哲司）は…。

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万太郎（神木隆之介）を忘れたい寿恵子（浜辺美波）は、贈られたバラの絵を破ろうとするが、破ることが出来なかった。ダンスの練習にバラの絵を持っていくと、それを見たクララ（アナンダ・ジェイコブズ）は、心のままに生きるよう、寿恵子に伝える。その頃、万太郎の雑誌作りも佳境を迎える。講師の大窪（今野浩喜）ら、植物学教室メンバーの論文も集まり、ついに万太郎は、石版に自らの手で植物画を描く。

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万太郎（神木隆之介）は、石版に自らの手で植物画を描いて印刷し、ついに植物学雑誌は完成。田邊教授（要潤）もその出来栄えを認めるが、徳永助教授（田中哲司）らは田邊の言葉に違和感を覚える。その夜、牛鍋屋で雑誌創刊を祝った後、万太郎と竹雄（志尊淳）は、大畑夫婦（奥田瑛二・鶴田真由）に一世一代の依頼をする。万太郎から釣書を受け取った大畑は、張り切って白梅堂へ向かおうとするが…。

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いち早く万太郎の釣書を持っていきたい大畑（奥田瑛二）だが、仏滅の日では縁起が悪いとイチ（鶴田真由）に止められ、翌日、大安の日の早朝に白梅堂へと向かう。この日は、舞踏練習会の発足式でもあった。高藤家でダンスを披露した寿恵子（浜辺美波）は、高藤（伊礼彼方）の申し入れをきっぱりと断り、会場を飛び出す。寿恵子が向かった先は…。

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ドレス姿の寿恵子（浜辺美波）が万太郎（神木隆之介）の家にやってきて、十徳長屋は大騒ぎ！　万太郎は寿恵子に、「日本中の植物を明らかにして図鑑を作る」という目標と、彼女への愛をまっすぐに伝える。寿恵子は、必ず図鑑を完成させるよう万太郎に約束させ、共に大冒険を始めることを決意する。ようやく気持ちを通わせた二人に、竹雄（志尊淳）、丈之助（山脇辰哉）ら長屋の住人たちも大喜び。万太郎、寿恵子、おめでとう！

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白梅堂へ挨拶に行った万太郎（神木隆之介）。心配するまつ（牧瀬里穂）に、寿恵子（浜辺美波）を必ず幸せにすると約束する。寿恵子を送り出す決心をしたまつは、ふるさとに帰ることになった文太（池内万作）について行くと明かす。それから半年。万太郎、寿恵子、竹雄（志尊淳）は高知へ里帰りをすることに。その頃、峰屋の綾（佐久間由衣）は、酒税に苦しめられていて…。

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万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、竹雄（志尊淳）が峰屋に到着すると、蔵の前で綾（佐久間由衣）が役人に厳しく詰め寄られていた。万太郎が役人を諭し、どうにかその場は逃れたものの、万太郎は酒屋の厳しい現状を目の当たりにする。さらに、タキ（松坂慶子）の体調が思わしくないことを聞いた万太郎は…。

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タキ（松坂慶子）は、体調の悪いなか平静を装い、寿恵子（浜辺美波）に百人一首の勝負を挑む。しかし、タキの異変に気づいた万太郎（神木隆之介）は、勝負を中断。タキは痛みをこらえながらも、二人に祝福の言葉を伝えるのだった。その夜、宴会で盛り上がる中、綾（佐久間由衣）は一人、峰屋のこれからを考えていた。それに気づいた竹雄（志尊淳）は、綾を一人きりにはしないと、改めて思いを告げる。竹雄の一途な思いは届くか！？

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タキ（松坂慶子）は医師の鉄寛（綱島郷太郎）に病気を治してほしいとお願いするが、難しいと言われてしまう。鉄寛はタキに、東京に戻らずそばにいてほしいと万太郎（神木隆之介）に伝えてみては、と話す。そんな中、万太郎に手紙が届く。それは、マキシモヴィッチ博士が、万太郎が送った標本の中からマルバマンネングサを新種と認めた、という知らせだった。竹雄（志尊淳）と寿恵子（浜辺美波）も大喜び。その話を聞いたタキは…。

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万太郎（神木隆之介）の発見した植物が世界に認められたと知ったタキ（松坂慶子）は、祝言を急いで、早く東京に戻るよう万太郎に伝える。タキは呉服商・仙石屋の義兵衛（三山ひろし）を呼び、寿恵子（浜辺美波）に花嫁衣装を選ばせる。義兵衛から、仙石屋のヤマザクラが病気だと聞いた万太郎は、どうにか助けたいと考えるが…。一方、綾（佐久間由衣）は、土佐中の酒屋で組合を作ることを計画。竹雄（志尊淳）を伴い出かけていく。

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綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）は酒屋の組合を作ろうと奔走するも、誰からも相手にされず悔しい思いをする。帰り道に立ち寄った神社で綾は弱音を吐くが、そんな綾を竹雄は愛情深く励ます。一方、万太郎（神木隆之介）はヤマザクラの病気を治そうと研究に没頭。夕飯にも顔を出さず寿恵子（浜辺美波）にも冷たく当たってしまい…。

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竹雄（志尊淳）の提案で横倉山へやってきた万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）。竹雄は万太郎の助手の役目を引き継ぐため、寿恵子に植物採集や標本作りの作法を教える。山を歩く中で寿恵子と竹雄にもらった言葉をヒントに、万太郎はヤマザクラの病気を治すべく田邊（要潤）や野田（田辺誠一）に手紙で助けを求める。

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竹雄（志尊淳）は、綾（佐久間由衣）と夫婦になりたいと思っていること、そしてもう東京には戻らないつもりであることを、万太郎（神木隆之介）に話す。万太郎は竹雄を祝福し、これまでそばで支え続けてくれたことに心から感謝する。そして迎えた、万太郎と寿恵子（浜辺美波）の祝言の日。タキ（松坂慶子）や峰屋の面々、大畑夫妻（奥田瑛二・鶴田真由）、まつ（牧瀬里穂）らが見守る中、いよいよ花嫁姿の寿恵子が登場！

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万太郎（神木隆之介）は祝言の席で、今後、槙野家の一切を綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）に譲ると伝える。納得のいかない分家の豊治（菅原大吉）たちに、タキ（松坂慶子）はこれまでの態度をわび、これからは互いに手を取り合い、商いに励んでほしいと話す。後日、万太郎は、タキを連れてヤマザクラを見に仙石屋へと向かう。

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万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）、いよいよ十徳長屋での新婚生活が始まる。そして、大学も新学期を迎え、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）は新４年生に。万太郎は、高知で採集してきた珍しい植物の標本を徳永（田中哲司）、大窪（今野浩喜）に見せようとするが、突然、田邊（要潤）が制止する。田邊は万太郎に、今後採集してきた植物は最初に自分に見せること、そして、その標本を持って家に来るよう命じる。

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結婚祝いをしたいという田邊（要潤）の提案により、万太郎（神木隆之介）は寿恵子（浜辺美波）を連れて田邊家へと向かう。食事の後、大事な話をするからと、田邊の妻・聡子（中田青渚）と寿恵子は席を外すように言われる。別室で二人きり…ぎこちない空気になるも、寿恵子は持ち前の明るさで場を和ませ、内気な聡子は、そんな寿恵子に心を開き始める。一方、田邊は、万太郎が持ってきた植物標本を見て、ある提案をする。

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田邊（要潤）は万太郎（神木隆之介）に、田邊専属のプラントハンターになることを提案する。田邊のために植物を探し、新種の発表は田邊がするということに納得のいかない万太郎は、その話を断る。自分の力だけでは植物の名付け親になれないのかと落ち込む万太郎に、寿恵子（浜辺美波）は一人で頑張らなくてもいいと、明るく励ますのだった。笑顔を取り戻した万太郎は、家に帰ると早速、新種を明かすための研究に打ち込む。

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佑一郎（中村蒼）が、万太郎（神木隆之介）を訪ねて十徳長屋へとやってくる。佑一郎から、ミシシッピ川の治水工事の技師としてアメリカに行くと報告を受けた万太郎は、蘭光（寺脇康文）と３人で仁淀川へ行ったあの日に思いを馳（は）せるのだった。万太郎は、佑一郎に田邊（要潤）とのことを相談するが、「教授だけがすべてではない」と励まされる。一方の寿恵子（浜辺美波）は、えい（成海璃子）に内職の相談をする。

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万太郎（神木隆之介）は、新種の名付け親になる方法について相談をしようと、里中（いとうせいこう）がいる博物館へ向かう。すると、たまたま居合わせた伊藤孝光（落合モトキ）を紹介される。シーボルトの助手を務めた伊藤圭介の孫と聞き、万太郎は大盛り上がり！　しかし、会話の流れで田邊が発表しようとしている“トガクシソウ”の話をすると、孝光は怒って部屋を出ていってしまう。トガクシソウを巡って波乱の予感！？

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植物の名付け親になるべく、誰もが認める図鑑を作り始めようと決意した万太郎（神木隆之介）。そのため、昼間は大学で研究、夜は大畑（奥田瑛二）の印刷所に通うことになると寿恵子（浜辺美波）に伝える。寿恵子は了承するものの、万太郎の身体が心配で…。一方、田邊（要潤）は動物学教授の美作（山本浩司）に、実績を出せていないことについて嫌みを言われ、いら立つばかり。そのいら立ちを大窪（今野浩喜）にぶつけてしまう。

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図鑑作りに向けて動きだした万太郎（神木隆之介）。寿恵子（浜辺美波）は、万太郎と伴走するつもりが何もできずにいる自分が情けなく、福治（池田鉄洋）に相談するが、身の丈に合わない望みは不幸になると言われる。一方、万太郎は、大畑夫妻（奥田瑛二・鶴田真由）に図鑑作りの相談をするが、印刷所は大忙しで印刷機がいつ空くか分からない状況。そこへ突然寿恵子がやってきて、ある提案をする。

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寿恵子（浜辺美波）は、高価な印刷機を買いたいと言いだす。突然の申し出に、万太郎（神木隆之介）、大畑夫婦（奥田瑛二・鶴田真由）は驚くが、寿恵子なりの熱い思いもあり、印刷機購入へと踏み出す。そして、長屋では印刷機を置くための大リフォーム計画が始動。倉木（大東駿介）、丈之助（山脇辰哉）らも万太郎の夢を応援するのだった。そこへ、大窪（今野浩喜）、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）の３人がやってきて…。

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万太郎（神木隆之介）が高知で採集してきた植物を共同研究させてほしいと頭を下げる大窪（今野浩喜）。万太郎は大窪を受け入れ、植物学雑誌での発表を目標に、二人で研究することになる。二人を見守ると決めた徳永（田中哲司）は、田邊（要潤）に報告。納得のいかない田邊に対し、徳永はこの研究に関わらなければ植物学教室は実績を出せないと伝える。連日連夜、研究に励む万太郎と大窪。そして…ついに！？

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万太郎（神木隆之介）は、新種の植物を「ヤマトグサ」と名付ける。大窪（今野浩喜）と論文を書き上げ、ヤマトグサを載せた植物学雑誌がついに完成。二人の発表は、日本で植物学が始まって以来の快挙となった。雑誌と並行して作っていた万太郎の図譜も完成し、寿恵子（浜辺美波）や長屋の面々も大喜び。しかし、この時、田邊（要潤）が研究していたトガクシソウを巡って植物学会を揺るがす大事件が起きていた。

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田邊（要潤）が発表の準備をしていたトガクシソウを、留学中の伊藤孝光（落合モトキ）が、突如イギリスの雑誌に発表。田邊の名を冠した学名は幻となる。新種の発表は一刻を争うもので、一手負ければそれで終わり。それが学者の世界なのだと徳永（田中哲司）は言うが、藤丸（前原瑞樹）は、そこまでして新種発表や名付けを競うことに耐えられないと、教室を出て行ってしまう。万太郎（神木隆之介）は藤丸の言葉が心に深く刺さり…。

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つわりで食欲のない寿恵子（浜辺美波）。何か食べさせたいと、万太郎（神木隆之介）が困っていると、そこへ藤丸（前原瑞樹）がやってくる。藤丸のすすめで揚げ芋を作ると、寿恵子はおいしく食べることができ、ひとまず安心。その後、丈之助（山脇辰哉）、ゆう（山谷花純）、福治（池田鉄洋）らも交えて井戸端で残りの揚げ芋を食べていると、突然、藤丸が、大学を辞めたいと言いだして…。

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植物をめぐる競い合いに苦しんでいた藤丸（前原瑞樹）に、万太郎（神木隆之介）は、大学を辞めるのではなく、少し休んで、自分に合ったやり方を探してみてはどうかと伝える。胸のつかえが取れた藤丸は、田邊（要潤）に休学する旨を伝え、万太郎の植物採集や図譜の刊行の手伝いを始める。そして、ヤマザクラの画が載った『日本植物志図譜　第二集』が完成する。

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寿恵子（浜辺美波）に見送られ、万太郎（神木隆之介）と藤丸（前原瑞樹）は、植物採集の旅へと出かける。その頃、ヤマザクラの画が載った『日本植物志図譜　第二集』が、野田（田辺誠一）や里中（いとうせいこう）、そして、田邊（要潤）の元に届く。田邊は、画工の野宮（亀田佳明）に万太郎のような植物画を描くよう命じる。途方に暮れる野宮は波多野（前原滉）に顕微鏡での観察法を教えてほしいと相談し…。

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寿恵子（波辺美波）は、万太郎（神木隆之介）から送られてくる植物標本を乾燥させる作業や、イチ（鶴田真由）から預かった内職をしながら、万太郎の帰りをお腹の子と待っていた。季節は秋に―。ついに寿恵子は、えい（成海璃子）、りん（安藤玉恵）らの協力の元、無事に女の子を出産。帰ってきた万太郎も生まれたてのわが子と対面を果たす。この子の人生にありとあらゆる草花が咲き誇るようにと名付けた名前は…。

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万太郎（神木隆之介）が植物採集の旅から帰ってきた日、寿恵子（浜辺美波）は無事に長女の園子を出産。新しい家族が増え、幸せな日々を送っていた。ある日、万太郎、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）の３人は、久しぶりに集まり牛鍋を囲んでいた。植物採集旅行の話や、園子の話で大盛り上がり。一方田邊（要潤）は、万太郎の作った図譜を見ていて…。

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竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）の元に園子誕生の知らせが届き、二人は大喜び。園子は、寿恵子（浜辺美波）、万太郎（神木隆之介）、そして長屋の面々にもかわいがられ、すくすくと成長していった。ある日、ゆう（山谷花純）に誘われて、万太郎と倉木（大東駿介）、福治（池田鉄洋）らは４人で出かけることに…。道中、大きな池を見つけた万太郎は大興奮で植物採集を始める。

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楽しそうに植物採集をする万太郎（神木隆之介）を見た福治（池田鉄洋）は、ゆう（山谷花純）に自分の胸の内を明かす。二人が話し込んでいると、倉木（大東駿介）の肩に乗って柳の実を採っていた万太郎が、バランスを崩し池に！！！と、その時、偶然にも不思議な水生植物を見つける。一方田邊（要潤）は、画工の野宮（亀田佳明）から植物画家として万太郎を雇ってほしいと言われる。

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万太郎（神木隆之介）は水生植物「ムジナモ」を、植物学教室へ持っていく。徳永（田中哲司）、大窪（今野浩喜）たちが興味津々で見ていると、そこへ田邊（要潤）がやってくる。すると田邊は、それが日本でまだ発見されたことのない食虫植物であることを万太郎に教え、論文と植物図を書いて世界に向けて報告をするよう命じる。万太郎は、田邊に認められたい一心で夢中になってムジナモの研究を始める。そんなある日、ムジナモが！？

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ムジナモの開花から４か月―。徳永（田中哲司）はドイツへと旅立ち、大窪（今野浩喜）は助教授となった。田邊（要潤）は、恩人である森有礼（橋本さとし）が文部大臣になったことで、女学校の校長に就任。槙野家では、寿恵子（浜辺美波）が第２子を授かり、園子が元気に動き回る中、万太郎（神木隆之介）はムジナモの研究に没頭。そしてついに、精密に描かれた植物画と論文が完成。それを見た田邊（要潤）は…。

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万太郎（神木隆之介）の書いたムジナモの論文に激怒した田邊（要潤）は、大学の出入りを禁ずる。大窪（今野浩喜）、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）は、どうにか万太郎を許してほしいと懇願するが、田邊は追い打ちをかけるかのように、土佐の植物目録と標本５００点を大学に寄贈するよう万太郎に命じる。とにかく論文を書き直そうと急いで帰った万太郎。話を聞いた寿恵子（浜辺美波）は納得がいかず…。

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文部大臣・森有礼（橋本さとし）の号令のもと、東京大学の理学部は帝国大学理科大学と改められ、田邊（要潤）がその初代教頭に就任した。一方の万太郎（神木隆之介）は、大窪（今野浩喜）の協力を得ながら、ムジナモ発見の論文を書き直すが、田邊の気持ちは変わらなかった。大学への出入りを禁じられ落ち込む万太郎に、寿恵子（浜辺美波）はいつも通り明るく接する。そして、万太郎はもう一度、田邊の元へと向かうが…。

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万太郎（神木隆之介）は、野田（田辺誠一）と里中（いとうせいこう）の元を訪れていた。田邊（要潤）を怒らせてしまった経緯を話し、博物館で研究をさせてもらえないかと二人にお願いするのだった。しかし、大学と博物館は協力関係にあるため難しいと断られてしまう。万太郎を応援したい二人は、君の才能を認めている人は他にもいると背中を押す。家に帰ると、寿恵子（浜辺美波）がある人物から届いた手紙を万太郎に渡す。

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万太郎（神木隆之介）は、自分のことを認めてくれるマキシモヴィッチ博士の元で研究をしようと、寿恵子（浜辺美波）と娘を連れてロシアへ行くことを決める。そして、峰屋に渡航費の相談をしようと考えていたやさき、峰屋では腐造が起こってしまい、綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）は窮地に立たされていた。そして…さらなる苦難が万太郎と寿恵子を襲う。

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春、ヒメスミレが咲く頃―。長女・園子が天国へと旅立った。悲しみに暮れる万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）の元へまつ（牧瀬里穂）がやってくる。一方の綾（佐久間由衣）も、峰屋をたたむことに心を痛めていた。そこへ豊治（菅原大吉）らがやってきて、竹雄（志尊淳）と綾に労（ねぎら）いの言葉をかける。二人は峰屋の土地を売り、再出発することを誓う。そして、万太郎と寿恵子も園子の幸せを空に祈るのだった。

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長女・園子を亡くした悲しみから、なかなか立ち直れない万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）。まつ（牧瀬里穂）、りん（安藤玉恵）、倉木夫婦（大東駿介・成海璃子）らも心配していて…。万太郎は、いつか自分たちが園子のところへ行くときに図鑑を持っていこうと寿恵子と約束をする。

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まつ（牧瀬里穂）に支えられ、寿恵子（浜辺美波）は第二子を出産。万太郎（神木隆之介）は、赤ちゃんの長寿を願い千歳と名付けた。そんなある日、ロシアからマキシモヴィッチ博士が亡くなったとの知らせが届く。ロシア行きを断念した万太郎は、今、自分がやるべきことをやろうと決心する。まずは大学に寄贈する標本五百点を用意しようと意気込んでいるところに、竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）がやってくる。

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万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、竹雄（志尊淳）、綾（佐久間由衣）は久しぶりに再会。いばらの道を行く万太郎を心配する竹雄だが、寿恵子と共に夢に向かう姿を見て安心する。綾もまた、長屋の面々が自由に楽しく生きる姿を見て、元気をもらうのだった。そして、竹雄と綾は高知へ帰り、万太郎も植物採集の旅へと出かけていく。ある日、寿恵子は中尾（小倉久寛）の質屋で見かけた新聞小説の内容に衝撃を受け…。

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卑劣な内容の新聞小説に胸騒ぎがした寿恵子（浜辺美波）は、田邊（要潤）の妻・聡子（中田青渚）の元へと向かう。田邊家の周りはやじ馬だらけで、警察が来るほどの騒ぎとなっていた。そんな中、駆けつけてくれた寿恵子に、聡子は心から感謝するのだった。そこへ、田邊が帰ってきて…。一方の万太郎は、高知の山で植物採集の真っ最中。ある日、山奥で虎鉄（寺田心）という少年と出会い、彼の案内で珍しい植物を発見する。

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珍しい植物を持ち帰った万太郎（神木隆之介）は、早速、研究を始める。ある日、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）が長屋へやってくる。万太郎は、二人を巻き込んでさらに研究を進め、その植物が新種であると認定。「ヤッコソウ」と名付けた。数か月後、虎鉄（寺田心）からたくさんの標本が送られてくる。植物を通じて人と繋がれると、ワクワクしている万太郎を見て、寿恵子（浜辺美波）は安堵（ど）するのだった。

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虎鉄（寺田心）との出会いをきっかけに、万太郎（神木隆之介）の元には土佐の小学校教師らから植物について尋ねる手紙が届くようになる。それから三年。寿恵子（浜辺美波）は幼い子どもを二人育てながら、お腹に新しい命を授かっていた。万太郎は、全国の植物愛好家たちと手紙のやりとりをするようになっていた。ある日、波多野（前原滉）と藤丸（前原瑞樹）がやってくる。再会を喜んでいると、そこへこわもての男が…！？

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槙野家にやってきた借金取りの磯部（六平直政）。万太郎（神木隆之介）の研究費で、借金が膨れ上がっていたのだ。磯部の相手をするのは寿恵子（浜辺美波）。万太郎、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）は息を潜めて待つ。寿恵子は、万太郎の研究が将来性のあるものだと熱弁。話に引き込まれる磯部は、なぜか、追加資金をして帰っていくのだった。一方、田邊（要潤）は森有礼（橋本さとし）の暗殺に心を痛めていて…。

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アメリカから帰国した佑一郎（中村蒼）が長屋を訪れ、万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）は無事の帰国を喜ぶ。佑一郎は、仕事は順調だったが人種差別を目の当たりにしたと話す。そして、草花に一切優劣をつけない万太郎の姿を改めてたたえる。一方、田邊（要潤）の元に突如、女学校廃止の知らせが届き…。

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失意の底にいた田邊（要潤）は、妻・聡子（中田青渚）に背中を押され、植物の研究に本腰を入れるようになる。夏、田邊は学生たちと植物採集旅行へ出かけ、新種かもしれない花と出会う。生き生きと研究する田邊の姿に、大窪（今野浩喜）、波多野（前原滉）、野宮（亀田佳明）も熱を感じて…。同じ頃、虎鉄（寺田心）から万太郎（神木隆之介）の元に植物標本が届く。それはなんと、田邊が巡り合ったのと同じ花だった。

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田邊（要潤）は、今後は欧米の学者に頼らず日本人自らが学名を与え発表すると、西洋の植物学者たちに宣言。新種かもしれない花の研究に一層打ち込むようになる。一方、期せずして同じ花と出会った万太郎（神木隆之介）も研究に没頭。新種かを見極めるためには果実の標本が必要だが、ついに田邊がそれを手に入れ新種と認定。「キレンゲショウマ」と名付ける。一歩及ばなかった万太郎だが、田邊を心から祝福する。しかし田邊は…。

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大学を離れた田邊（要潤）は聡子（中田青渚）や子供たちと穏やかな日々を過ごしていた。万太郎（神木隆之介）は、日本植物志図譜を十一集まで作り上げたが、未（いま）だ版元は見つからず、槙野家の家計は苦しいまま。寿恵子（浜辺美波）はついに、大切にしていた八犬伝を中尾（小倉久寛）の質屋に入れにいく。その時、ふと目についた新聞記事に衝撃が走って…。

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田邊（要潤）が亡くなったという知らせに、驚きを隠せない万太郎（神木隆之介）、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）。数か月後、長屋へ聡子（中田青渚）がやってくる。田邊の遺言を万太郎に伝えにきたのだった。一方、寿恵子（浜辺美波）は、家計を助けるため、また図鑑を作る夢をかなえるために、久々にみえ（宮澤エマ）に会いに行く。

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寿恵子（浜辺美波）は、お金の相談をするため、料亭「巳佐登」にいる叔母・みえ（宮澤エマ）を訪ねる。高藤（伊礼彼方）の一件で憤慨していたみえだったが、内心は寿恵子のことをずっと心配していた。みえは、寿恵子にお金を貸す代わりに、料亭で仲居として働かせることにする。早速、店に出ることになった寿恵子。その日は、得意客の岩崎弥之助（皆川猿時）がやってきて…。

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みえ（宮澤エマ）の料亭「巳佐登」に、岩崎弥之助（皆川猿時）や陸軍大佐の恩田（近藤公園）らがやってくる。人気芸者の菊千代（華優希）も呼ばれて大盛り上がり。岩崎は、キクを持ち寄って“菊くらべ”をしようと提案する。一等に選ばれたキクは、岩崎が高値で買い上げると言うのだ。寿恵子（浜辺美波）たち店の者も参加できるとのことだが…。その頃、万太郎（神木隆之介）は寿恵子の八犬伝が質に入れられていたことを知る。

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寿恵子（浜辺美波）は植物採集へ出かける万太郎（神木隆之介）にキクを探してきてほしいとお願いする。そして迎えた“菊くらべ”当日。みえ（宮澤エマ）や菊千代（華優希）らが持ち寄ったキクを岩崎（皆川猿時）が品評する。華やかなキクが並ぶ中、最後に寿恵子が差し出したのは白くて小さな「ノジギク」。寿恵子は花の魅力を堂々と語り出す。その言葉は岩崎の胸に響いて…。

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徳永教授（田中哲司）に正式な助手として迎えられた万太郎（神木隆之介）は７年ぶりに植物学教室に戻る。徳永からは教室内の標本を充実させることだけを命じられる。万太郎にとってはありがたい仕事だが、この時、徳永らが目指していたのは顕微鏡の奥の世界。万太郎の研究は古いと大窪（今野浩喜）にも言われてしまう。

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大窪（今野浩喜）は大学を去り、細田（渋谷謙人）が助教授に就任。みえ（宮澤エマ）の料亭は景気がよく、寿恵子（浜辺美波）は持ち前の度胸と愛嬌で仲居として大活躍していた。そんなある日、植物学教室へ陸軍大佐の恩田（近藤公園）と里中（いとうせいこう）がやってくる。徳永（田中哲司）から万太郎（神木隆之介）に出された指令は…。

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里中（いとうせいこう）や岩崎（皆川猿時）からの推薦で、万太郎（神木隆之介）は学術研究員として台湾へ行くこととなった。恩田（近藤公園）から護衛用にピストルの購入を命じられるが、万太郎は納得できない。徳永（田中哲司）からは帝国大学の人間としていくことを自覚するよう注意を受ける。万太郎から話を聞いた寿恵子（浜辺美波）は、ピストルの代わりに「日本植物志図譜」をお守りに持たせ、台湾へと見送るのだった。

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万太郎（神木隆之介）が台湾に旅立った後、見たことのない青年が長屋を訪ねてくる。なんとそれは、万太郎の書生となるため土佐から上京してきた虎鉄（濱田龍臣）だった。りん（安藤玉恵）から空き部屋を紹介してもらい、虎鉄も長屋に住むことに。一方、寿恵子（浜辺美波）はみえ（宮澤エマ）から商売を始めないかと言われて…。

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台湾から戻った万太郎は、寿恵子（浜辺美波）や虎鉄（濱田龍臣）と「オーギョーチ」を食べながら、台湾での出来事を話し始める。寿恵子が持たせてくれた「日本植物志図譜」のおかげで命が救われたことなど―。一方、波多野（前原滉）と野宮（亀田佳明）はついにイチョウの精虫を発見。世界に向けて発表されることになる。万太郎は二人の快挙を喜びつつ、自分の研究に戻っていくのだった。

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牛久（住田隆）が真打ちとなり、長屋を出ていく日。竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）が高知を引き払い東京へやってきた。二人は屋台「土佐」を開業。竹雄は“いつか新しい酒を造る”という綾の夢を、一緒にかなえたいと考えていた。万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、波多野（前原滉）、藤丸（前原瑞樹）もかけつけてにぎやかな夜になる。

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竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）の屋台では故郷の味が食べられるとあって、万太郎（神木隆之介）と虎鉄（濱田龍臣）は大喜び。箸休めに出された高知のヤマモモの甘露煮に寿恵子（浜辺美波）も感動するのだった。竹雄は、波多野（前原滉）と藤丸（前原瑞樹）に、いつか新しい酒を造るために醸造の研究をしている先生を探していると話す。話を聞いた藤丸は…。

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大学に辞表を提出した野宮（亀田佳明）は、東京を去る前に長屋を訪れ、生まれたばかりの千鶴を含む槙野家の肖像画を描く。寿恵子（浜辺美波）は、図鑑作りの夢をかなえるため商いを始めたいと万太郎（神木隆之介）に話す。万太郎は、新しい冒険に出る寿恵子を応援。寿恵子は、以前みえ（宮澤エマ）に勧められた地、渋谷へと向かう。

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寿恵子（浜辺美波）は初めて渋谷に降り立つ。農村地帯が広がり、通りは汚く、居酒屋の店主・荒谷（芹澤興人）にここに来るのはやめた方がいい、と言われてしまう。しかし、荒谷の店で買ったお握りがとてもおいしく、りん（安藤玉恵）や子どもたちにも大好評。その夜、万太郎（神木隆之介）が植物と向き合う姿を見て、寿恵子は、渋谷をもっと観察しようと心に決める。

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再度、渋谷へ向かった寿恵子（浜辺美波）。弘法湯で身を清めてお参りに行く人に出会ったり、茶屋で出されたボーロに感動したり、芸者たち（入山法子・実咲凜音）の話を聞いて、渋谷の町に魅了されていく。そして、弘法湯の佐藤（井上順）、荒谷（芹澤興人）らを座敷に呼んだ寿恵子は、この町で人と人をつなぐ待合茶屋を開きたいと伝える。

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日本全国の植物を載せた図鑑がまもなく完成しようとしていた。しかし、未だに版元は見つからない。万太郎（神木隆之介）は、図鑑は本当に必要とされるのかと自信をなくしていた。そんな万太郎を虎鉄（濱田龍臣）は、きっと何百年も残り続けるものになると励ますのだった。一方、寿恵子（浜辺美波）の店には、相島（森岡龍）と小林一三（海宝直人）がやってきて…。

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寿恵子（浜辺美波）が待合茶屋を、竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）が屋台を始め５年。農科大学に通い、酵母菌の研究をしている藤丸（前原瑞樹）は、成果を竹雄と綾に発表する。一方、万太郎（神木隆之介）の元には、新種かどうか検定してほしいと標本が届く。送り主は南方熊楠。ただならぬ情熱に、虎鉄（濱田龍臣）は苦手意識をもつが、万太郎はいつか会ってみたいと喜ぶのだった。

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熊楠から送られてきた標本の中には、１２０年に一度しか咲かないと言われているハチクの花の標本があった。翌年、日露戦争が勃発。渋谷は、電車の開通で交通の要所として発展を遂げ、寿恵子（浜辺美波）の店は、ますますにぎわうようになる。ある日、植物学教室にも熊楠から手紙が届く。万太郎（神木隆之介）が、熊楠から手紙をもらったことがあると徳永（田中哲司）に伝えると…。

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徳永（田中哲司）から、国が推し進める神社合祀令に反対している熊楠に深入りするなと釘を刺された万太郎（神木隆之介）。しかし、野宮（亀田佳明）から神社の森の悲惨な現状を伝える手紙が届き、居ても立っても居られなくなる。一方、寿恵子の店には逸馬（宮野真守）がやってくる。逸馬は、万太郎に資産家の青年・永守徹（中川大志）を紹介する。

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逸馬（宮野真守）が連れてきた資産家の永守（中川大志）は、万太郎（神木隆之介）の図鑑の出版や標本の保存に投資をしたいと申し出る。そして、季節は夏から秋へ―。竹雄（志尊淳）、綾（佐久間由衣）、藤丸（前原瑞樹）は酒蔵を買い取り沼津へと移ることに。万太郎もある決意を固める。

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神社の森の植物を守るため、国が推し進める神社合祀令をどうにか食い止めたいと考えた万太郎（神木隆之介）は、大学を辞め一植物学者として生きることを決意する。寿恵子（浜辺美波）、千歳（遠藤さくら）、百喜（松岡広大）ら家族もそんな万太郎を応援するのだった。ある日、りん（安藤玉恵）は千歳にあるお願いをする。

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万太郎（神木隆之介）は徳永（田中哲司）に辞表を提出。植物学教室を去る日、佑一郎（中村蒼）が大学へやってくる。翌年度から教授となるのだ。それぞれ別の道を行く万太郎と佑一郎だが、目指す場所は同じなのだと確認しあう。そして時代が明治から大正へと変わる頃、千歳（遠藤さくら）と虎鉄（濱田龍臣）が結婚。万太郎、寿恵子（浜辺美波）は二人の幸せを心から祝福する。

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大正１２年９月１日。万太郎（神木隆之介）の図鑑はついに完成しようとしていた。万太郎は、永守がいる神戸に旅立つ準備を、寿恵子（浜辺美波）と千歳（遠藤さくら）は、いつものように昼食の準備をしていた。その時―、関東大震災が発生。火災も起き、各地で甚大な被害が出る。大畑印刷所で働く虎鉄（濱田龍臣）は、大畑（奥田瑛二）と共に消火活動に。万太郎、千鶴（本田望結）たちは持てるだけの標本をもって渋谷へと避難する。

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万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、千歳（遠藤さくら）、千鶴（本田望結）は、ようやく渋谷までたどり着く。渋谷一帯は被害が少なく、寿恵子の店も無事だった。地震から数日後、虎鉄（濱田龍臣）、百喜（松岡広大）、大喜（木村風太）、家族みんなの無事が確認でき安堵するが、長屋は、４０年かけて集めてきた標本や原稿が無残な姿となっていた。肩を落とす万太郎がふと地面に目をやるとムラサキカタバミが咲いていて…。

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震災からおよそ１か月。万太郎（神木隆之介）は、ムラサキカタバミの植物画を描いていた。こんな時だからこそ、たくましく咲いている植物を見てうれしかった。その気持ちを誰かに渡したいのだと、万太郎は寿恵子（浜辺美波）に話す。寿恵子は百喜（松岡広大）と大喜（木村風太）に広い土地を探してほしいとお願いする。そして、相島（森岡龍）にもある決意を伝える。

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寿恵子（浜辺美波）は渋谷の店を売ったお金で、東京郊外の大泉村に土地を購入。万太郎（神木隆之介）の夢と、万太郎の標本を守るために…。

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槙野家は、寿恵子（浜辺美波）が買った土地に屋敷を構え、万太郎（神木隆之介）、寿恵子、千鶴（本田望結）と幸せに暮らしていた。ある日、波多野（前原滉）がやってくる。

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波多野（前原滉）、徳永（田中哲司）の推薦で、万太郎（神木隆之介）は理学博士になることに。寿恵子（浜辺美波）は心から喜ぶ。

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寿恵子（浜辺美波）のために、万太郎（神木隆之介）は何としても図鑑を完成させると決意する。

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春、竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）が新酒を持って槙野家にやってくる。寿恵子（浜辺美波）、虎鉄（濱田龍臣）、千歳（遠藤さくら）、千鶴（本田望結）ら家族みんなで綾と竹雄の酒を味わいながら、楽しい時間を過ごす。そして季節は夏に―。３２０６種を載せた図鑑がついに完成。最後のページを飾ったのは「スエコザサ」。万太郎が見つけた新種のササに寿恵子の名を刻んだ。寿恵子への感謝と永遠の愛を誓って…。

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