9月27日、岩手県が「コミックいわてWEB」にてマンガの配信を開始した。創刊記念として、池野恋さんの『星のおくりもの』、月子さんの『かえり道』が掲載されている。
集英社は、10月4日に発売される『黒子のバスケ』24巻（著：藤巻忠俊）と『暗殺教室』6巻（著：松井優征）の初版発行部数が、それぞれの作品で初めて100万部を突破することを明らかにした。
10月6日よりTOKYO MXなどでアニメ『メガネブ！』が順次放送開始する。9月28日には、お台場シネマメディアージュにて第1話の先行上映会が開催された。
アスキー・メディアワークスの新人賞・電撃大賞が、第21回より新たに電撃コミック大賞の応募受付を開始した。電撃コミック大賞は、オリジナルコミック／コミカライズ／コミック原作を募集する。
コミックゼノン11月号にて、『疾風（かぜ）の軍師―義風堂々!!黒田官兵衛―』の新連載がはじまった。脚本をTVドラマ『半沢直樹』の脚本家八津弘幸さんが担当する。
9月20日、手塚治虫の作品世界を楽しむことが出来るスマートフォンサイト「Tezukanizer」がリリースされた。
9月25日に『11人いる！』、『闇のパープル・アイ』、『やじきた学園道中記』のドラマCDが発売される。いずれも少女マンガを代表する名作だ。
10月20日（日）に東京ビッグサイトで開催される自主制作マンガ誌即売会「COMITIA106」内で行われる「第2回 海外マンガフェスタ」について、その概要が記者発表会にて明らかとなった。
9月20日、高知県は「まんが王国・土佐」の公式サイトを開設した。他県に先駆けてマンガを発信してきた高知県が、満を持して自県の取り組みをアピールする。
日本以外の地域で生まれたマンガ、米国のコミックスやフランスのバンドデシネ、さらにアジア各国の作品を紹介する企画、ガイマン賞が2013年も開催される。
小池一夫の対談から選りすぐりの15本を一冊にまとめた本が発売された。「小池一夫対談集～キャラクター60年～」である。
集英社が運営するふたつのデジタルマンガ雑誌が、新たにマンガ賞を設立した。ジャンプLIVEと となりのヤングジャンプが主催するジャンプ次世代マンガ賞である。
季刊文芸誌「小説トリッパー」2013年秋季号が9月18日に発売される。「少女漫画への招待」と題した特集ページを掲載する。表紙は『ベルサイユのばら』で知られる池田理代子さんの描き下ろしイラストを使用した。
10月12日に発売される「週刊少年ジャンプ」46号に、荒木飛呂彦さんの読み切り作品『岸辺露伴は動かない ～エピソード6 密漁海岸～』が、掲載にされることが決定した。
大学のマンガ研究会、サークルがお薦めするマンガを紹介する「東京マンガラボ出張コラム部」の第5回。今回は、女子美術大学漫画研究部が登場。お薦めは「ミノタウロスの皿」と、「恋と軍艦」、「虹ヶ原ホログラム」。
アメリカンコミックスと関連トイの専門店BLISTER comicsが、秋葉原に登場する。現在の日本橋浜町での営業を9月7日で終了、9月28日に秋葉原の新店舗をグランドオープンする。
『サイボーグ009』のアメコミ版『サイボーグ009 USAエディション』が7月19日にリリースされた。本作はアメコミにイメージソングを付けるという世界初のプロモーションを行った。9月6日にはそのミュージックビデオの配信がスタートした。
9月4日に西野カナさん初のベストアルバム「Love Collection ～pink～」と「Love Collection ～mint～」が2枚同時リリースされる。それを記念してマンガ家の桜沢エリカさんとのコラボレーションが実現した。
